蜀山傳講述的是昆侖派弟子玄天宗受蜀山峨眉派掌門長眉真人委托，暫代峨眉派掌門，帶領峨眉弟子擊敗邪派首領幽泉血魔的故事。
昆侖派歷代只有壹師壹徒兩個門人，當代掌門為孤月大師，其弟子名叫玄天宗。雖然孤月大師已經年過數百，但容貌如同少女般年輕，且與弟子玄天宗互有情愫。三百年前，孤月大師預感到修煉千年的邪派首領幽泉血魔即將進攻昆侖派，為了保護玄天宗，她將鎮派之寶“日金輪”“月金輪”傳給玄天宗，然後命他離開昆侖山。玄天宗剛離開昆侖山，幽泉血魔就殺至昆侖，殺死了孤月大師，毀滅了昆侖派，令玄天宗目睹自己所愛的人死在自己眼前。
時光輪轉，三百年後，幽泉血魔再度出世，這次他選擇的進攻目標是蜀山峨眉派。玄天宗與幽泉血魔本就有大仇，血魔的出世驚動了兩百年來壹直潛修的玄天宗，玄天宗追著幽泉血魔的蹤跡，路上偶遇自己的朋友，亦是身為峨眉派大師兄的丹辰子，兩人聯手作為正道先鋒，對抗幽泉。丹辰子、玄天宗出戰幽泉血魔之後，峨眉派掌門長眉真人也適時出手對戰幽泉。幽泉貌似不敵長眉真人，倉皇敗走，長眉真人率領天機劍主李英奇、雷炎劍主長空無忌等壹眾峨眉弟子追繳幽泉，找到了幽泉的老巢。在隨後的伏魔過程中，眾人卻中了幽泉血魔的詭計，幽泉血魔利用眾人的力量開啟了傳說中的蚩尤血穴。蚩尤血穴是壹個藏在山腹之內巨大血池魔窟，它能吸收熔煉有形之物，比如修行者的靈氣、肉身、法寶等等。為了壹探蚩尤血穴的深淺，玄天宗、丹辰子主動進入血穴之中，但兩人修為受到血穴壓制，完全不敵幽泉。兩人落入下風之際，長眉真人沖入血穴之中進行援救，雖然他救下兩人，成功退出血穴，但在他分神救人之際，至寶“昊天鏡”被血穴吸走。退出血穴以後，長眉真人估測血穴已經深入到了蜀山地底，吞噬蜀山靈氣，危及整個蜀山的生死存亡，但以正道目前的力量並不足以對付藏在血穴裏的幽泉血魔，於是長眉真人讓大弟子丹辰子留下鎮守血穴入口，請玄天宗通知同屬蜀山壹脈的五臺山註意防範幽泉血魔，隨後率領眾弟子返回峨眉山。
另外，玄天宗與峨眉弟子李英奇相遇的時候，玄天宗發現她竟然與自己的師父孤月長得壹摸壹樣，且他們彼此竟然存在莫名的熟悉感。
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為了獲取打敗幽泉血魔的力量，天機劍主李英奇、雷炎劍主長空無忌冒險修煉峨眉派鎮派絕學天雷合璧，但在合璧的關鍵時刻，長空無忌心有所懼，導致修煉功敗垂成，肉身破碎，只剩元神，不得不轉生重修。
李英奇、長空無忌修煉天雷合璧失敗後，長眉真人找玄天宗密談，他言明要擊敗幽泉血魔需要三元合壹，三元就是精神的力量、宇宙的力量、重生的力量。精神的力量是長眉真人的元神“南明離火”，宇宙的力量則需要長眉真人飛升到第二宇宙後去進行尋找，重生的力量則需要玄天宗他們自己參悟。為了穩定軍心，長眉真人飛升前對外宣稱閉關，並囑咐玄天宗要對此事保密，在自己飛升後，由他繼任峨眉掌門之位。另外，長眉真人還對玄天宗講述了李英奇的真實身份，原來李英奇的元神就是孤月大師的元神，當年幽泉血魔毀滅了孤月大師的肉身，長眉真人及時救下了她的元神，幫助她轉生重修，成為現在的李英奇。這就是玄天宗與李英奇之間會有熟悉感的原因。
在天雷合璧失敗，長眉真人飛升後，鎮守血穴入口的丹辰子也出了意外。幽泉血魔有個叫赤屍神君的下屬，她是壹個魔界小精靈，非常擅長攻擊修煉者的元神，以及操控他們的元神。嬌小艷麗的赤屍神君來到血穴入口之外，被丹辰子打傷，但出於對弱小者的同情心，丹辰子放過了她。之後的時間裏，赤屍神君常來陪伴丹辰子，丹辰子逐漸對她失去了戒心，赤屍神君趁他大意，侵入了他的元神，徹底控制了他。
轉生之後的長空無忌叫廉刑，師父是李英奇。廉刑十分調皮，壹直不開竅，無法使用自己的“雷炎劍”，令李英奇十分苦惱。玄天宗希望自己能夠幫到李英奇，希望自己能夠獲得“雷炎劍”的認可，與李英奇合煉天雷合璧，對付幽泉血魔，而要得到“雷炎劍”的認可就必須與神劍壹同走入輪回之境，洗去人與劍所有的前塵往事，雖然玄天宗不想忘記孤月大師，他是唯壹了解孤月大師往事的人，如果他忘記了師父，孤月大師就等於永遠不會再存在了，但他還是選擇與“雷炎劍”壹起走向了輪回之境。在輪回之境的路上，玄天宗幾乎放下了自己所有的記憶，但在最後關頭，他還是放不下關於孤月的記憶，於是乎他失敗了，遭到“雷炎劍”反噬，被燒得焦黑。李英奇想救玄天宗，但玄天宗已經回天乏術，隨後李英奇掩埋了他。
玄天宗是峨眉掌門，掌門人死了，峨眉弟子方寸大亂。眾人決議巡回大師兄丹辰子、師姐李英奇，請他們領導眾人繼續對抗邪派。就在此時，丹辰子的屍體摔在了峨眉派殿前的廣場上，赤屍神君控制魑魅魍魎對峨眉弟子發起了進攻。峨眉弟子不敵魑魅魍魎，危急時刻，李英奇來到救場，很快打敗了魔兵。她見到大師兄丹辰子倒在地上，上前探尋，結果被潛伏在丹辰子身上的赤屍神君偷襲，吸走了元神，隨後丹辰子推倒了峨眉仙山。
倉皇之中的峨眉弟子闖入長眉真人閉關的大殿，卻發現師父並不在殿中，只見到師父元神所化的“南明離火”。這時候峨眉仙山倒塌，“南明離火”自山頂滾下，落在了玄天宗的埋屍之處。眾人眼見師父已去，大師兄丹辰子墮入魔道，師姐李英奇被抓，絕望之下便將怒氣傾瀉在玩世不恭的廉刑身上，怪他不開竅，身為雷炎劍劍主卻無法使用“雷炎劍”保護峨眉。廉刑自重生以來第壹次感受到了眾人的憤怒與傷感，竟在此時開竅，學會了駕馭“雷炎劍”。
廉刑揮灑雷炎劍的巨大劍氣，不小心掃中了長眉真人的元神“南明離火”，令眾門人大為憤怒，但被廉刑掃飛的“南明離火”打到了玄天宗的遺體上，玄天宗得“南明離火”相助，得以復生。恰在此時，已經飛升的長眉真人在第二宇宙找到了宇宙的力量，將蘊藏宇宙力量的“南明離火劍”送到了人間。玄天宗悟出三元歸壹，他吞下長眉真人留下的“南明離火”，讓“南明離火劍”貫入自己的身體，但他不僅沒有死去，反而與“南明離火劍”融為壹體。
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正道與邪派全面開戰的時機到了，玄天宗與廉刑決議先救回被赤屍神君抓走的李英奇，而抓走李英奇的赤屍神君就藏在蚩尤血穴內，蚩尤血穴能吸收熔煉壹切有形之物，玄天宗、廉刑只能以元神狀態進入血穴，他們將肉身安置在五臺山，交由五臺山僧人保護，然後攻入血穴。與此同時，幽泉血魔布置好了血雲大陣，漫天的血海壹點點撲向了蜀山。
玄天宗、廉刑的元神進入血穴對戰被赤屍神君控制的丹辰子，雖然此時的玄天宗已經三元合壹，修為比之過去高出太多太多，但丹辰子吸收了蚩尤血穴的邪力後，同樣十分強大，兩人在血穴內展開了壹場龍爭虎鬥的鬥法。廉刑趁著丹辰子被玄天宗拖住的時機，在血穴底下找到了李英奇的肉身，玄天宗又從丹辰子身上扯出了李英奇的元神，在兩人的幫助下，李英奇肉身與元神合壹，但身處在血穴之中的李英奇還是十分虛弱。玄天宗知道血穴能夠吸收熔煉有形之物，不能讓李英奇在血穴繼續待下去，他讓廉刑背著李英奇先逃出血穴，自己則留下來拖住丹辰子，與之作最終決戰。
如果修行者失去了肉身，除非放下過往所有的壹切記憶，轉生重修，否則元神也會隨著肉身的消亡而逐漸消亡，為了毀掉玄天宗的肉身，以徹底殺死已經成為心腹之患的玄天宗，幽泉血魔控制血雲大陣向五臺山發動了進攻。就在眾僧人撐不住，玄天宗、廉刑的肉身即將毀滅的時候，廉刑的元神、李英奇剛好回到了五臺山，廉刑的元神與肉身合壹，然後與李英奇用出天雷合璧，破了幽泉血魔的血雲大陣。
與此同時，蚩尤血穴內的玄天宗擊殺了丹辰子與赤屍神君。消滅赤屍神君後，玄天宗趕去五臺山。就在他剛到達五臺山的時候，他的肉身已經落在幽泉血魔的巨口之中，玄天宗沖入血魔的巨口中，與自己的肉身合為壹體，隨即以“南明離火劍”破壞了幽泉血魔的法相。為了防止幽泉血魔遁走，玄天宗、李英奇聯手夾攻血魔，李英奇附著到他身上，玄天宗以“南明離火劍”把他打爆，而李英奇受到“南明離火劍”的波及，雖然元神還在，但肉身隨之崩潰。在肉身崩潰前，她終於恢復了自己還是孤月時候的記憶。
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正邪大戰終於宣告結束，峨眉仙山得以重建。
孤月或者說李英奇的元神再次轉生重修，暫時失去了過去所有的記憶，過去是廉刑給她當徒弟，現在卻是她給廉刑當徒弟，不知道她何時能夠覺醒過去的記憶。
玄天宗曾答應師父孤月要重建昆侖，現在他已經成功擊敗幽泉血魔，大仇得報，是時候離開了，他拜別了廉刑，向著昆侖山所在的方向飛去，消失在了壹片晚霞中……
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《蜀山傳》這部電影在世界觀的塑造、分鏡、選角上都十分成功，足見導演徐老怪功力深厚與誠意滿滿。美中不足的是編劇水準不行，劇情太過細碎，來回切換角色線，如果不是有寫小說或有劇本功底的觀眾，只看壹遍的話，根本就看不懂故事的情節脈絡，另外臺詞也欠缺打磨。註意，永遠不要怪觀眾看不懂電影所講的故事，編劇的職責就是向觀眾講清楚壹個故事，觀眾看不懂編劇所講的故事，那是編劇失職，而非觀眾的錯，作家同樣如是。總的來說這部電影是壹流的導演與制作團隊，不錯的演員，三流的編劇，當年電影票房慘淡，主要就毀在編劇這塊上，與以前壹部叫《風雲決》的動畫電影是壹模壹樣的敗筆。