《仙劍奇俠傳三》故事發生在《仙劍》第壹代的五十年前，那時候，李三思剛剛發出赤子的第壹聲啼哭；巫後還是繈褓中的嬰兒，而劍聖，則還沒有拜入蜀山修仙……
事情的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的，但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。
神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的沖突而屢屢交手，壹直難分勝負，兩人逐漸有惺惺相惜之意。
重樓提出要和飛蓬在自己發現的壹處新仙界中決鬥，壹較高下，飛蓬礙於神界天規而猶豫再三，最終經不起重樓誘惑而答允。
兩人勢均力敵，比試曠日持久，最終驚動了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗……
光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶為人，經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪夥計景天。
同時，重樓壹直想和飛蓬完成那場未打完的決鬥，於是來到人間，滋擾蜀山，想要幫飛蓬找回佩劍，無意中毀壞了鎖妖塔，偶然得到了飛蓬在人間第壹世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。
景天結識了唐門小姐雪見，後重樓尋到景天，向他發起挑戰，並將魔劍給予了景天，從此景天改變了自己的生活。
壹開始被卷入雪見家族的內部鬥爭以及霹靂堂的毒人事件之中，而後與蜀山大弟子長卿被蜀山派往天界天池銷毀五位長老的邪念，但是由於長卿的壹時心軟，卻給六界帶來了壹場劫難……
壹直隱藏在魔劍中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龍陽的妹妹龍葵。
幾個人的情愛糾葛，生離死別反復交織糾纏，雪見的離奇身世，紫萱不為人知的秘密，長卿幾世的離奇回憶，龍葵長久以來的心中願望……伴隨著人類與妖界死生存亡的爭鬥，而其實人的欲望，才是所有紛爭的本源。
劇情譜
先談情義，再打邪怪
改編自人氣遊戲的《仙劍3》，在劇情改編方面頗受關註。昨日，記者電話采訪該劇宣傳負責人小朱，她提前透露了電視版劇情與遊戲的不同之處：
兄弟篇：長卿不再當“甩手掌櫃”
在遊戲中，“甩手掌櫃”長卿經常不參與戰鬥，動輒發號施令的行為很不招玩家待見。所以電視劇加重了他和景天的兄弟情誼。劇情壹開場增加了“毒人事件”的情節，引長卿出場：渝州城中出現了很多受霹靂堂控制的“毒人”，四處危害百姓。景天和雪見被“毒人”包圍束手無策之時，蜀山大弟子長卿出現救了他們。後來景天和長卿壹起上蜀山，應蜀山派掌門清微的要求，踏上尋找五顆靈珠，修補鎖妖塔的征程。而且“蜀山”從遊戲中的壹個次要場景，升級為劇中的科研、治安中心及正義的歸屬地，是至高無上的精神凈土。
戰鬥篇：重樓不再是終極BOSS
在遊戲中深受玩家擁戴的魔尊重樓，在電視劇中沒有保住終極大BOSS的地位，性格上也更加人性化。他因為對紫萱莫名的好感，經常幫助到景天壹行人。壹直執著於和飛蓬決鬥的他，因被人間真情感化，放下夙願，和景天成為惺惺相惜的朋友。遊戲中最後景天重樓決戰的情節，也變成了景天在眾人的幫助下，與邪劍仙的壹決死戰。
情感篇：火鬼王變成大美女
電視劇中的情感部分，遠比遊戲來得復雜糾葛。首先，景天和雪見的相遇不再是因為“偷茶壺蓋兒”這樣的小事，而是因為命中註定的玉佩的吸引。而在遊戲中僅以對話表述的古代姜國龍陽和龍葵的兄妹情，夕瑤和飛蓬在仙界的往事，以及紫萱和長卿的三世奇緣，在電視劇中完整而豐富地再現，成為改編的壹大亮點。為了增加情感方面的看點，編劇還將遊戲中多年不洗澡的男妖怪火鬼王改編成壹位美女，讓景天大耍美人計，取得火靈珠，還給這兩人設計了壹場假婚禮，實在是用心良苦啊！
穿越篇：李逍遙重現江湖
為了讓仙劍迷們重溫過去的美好，暌違5年的逍遙哥哥在《仙劍3》中大玩穿越，重現江湖。劇中第壹集有神秘人為了搶走景天撿到的玉佩，警示他不可將此物當掉。最後壹集中，神秘人閃亮歸來，在死了很多人之後，才拿出玉佩，拯救六界劫難。這個歷盡滄桑，起碼穿越60年的神秘人就是李逍遙大俠。鼓掌，撒花，您回來了，您真的回來了！