公元2012年，MU族在東京降下，當時的駐日美軍和日本自衛隊聯合對其進行進攻並在後期使用了戰術核武器，結果是慘敗，MU族使用TOKYO JUPITER割斷了東京與外界的壹切聯系。TOKYO JUPITER MU的自治領域，以東京羽田空港為直徑150km的半圓形空間，由外部看類似木星而聞名，內部2300萬人的人們皆誤以為外部的世界滅亡而生活著，內部比外界時間流動慢6倍，由擁有藍色血的人類MU密切支配著。西歷2017年東京上空突然出現謎之侵入者，其目的壹切不明，之後人類與稱之為MU的敵人的超兵器戰鬥，地球上的國家組成了地球聯合軍與之對抗，但是在初期受到了MU的人形兵器的毀滅性打擊，在TERRA成立之後，由於對MU的研究深入和科技發展，雙方壹度處於膠著狀態，直到2027年，在TERRA組織的壹次名為OVERLORD的滲入行動後神名綾人駕駛著RAHXEPHON投向地球聯合陣線，才使這壹切有所改變，舊世界毀滅新世界誕生的樂章就此開始演奏。