永樂年間，惠帝撤藩，燕王朱棣揮軍入京，惠帝失蹤，朱棣即位，是為成祖。二十年成祖勵精圖治，國泰民安。
繁囂的鬧市裏，壹少年哮喘病犯，壹女子為其壹針治愈！此女正是平壹姑！少年向其子初到京城，跪拜！坊眾即蜂擁上前讓壹姑醫病。原來青年乃壹姑的兒子平常。母以假醫術騙人，賺點小錢！賭坊裏，平常遇壹名骯臟似流浪漢的王九，三人結伴而行。 因街頭醫壹女子，平常假醫術被醫術高明的農草堂揭穿！ 段天命當街為成祖當前紅人太監鄭和醫病，令平常佩服不已！
第二集
平常費盡心思想拜天命為師，赫然發現，原來草堂正是天命之徒。 天命只醫官宦貴胄，且不收出身不好之徒！為了揚名聲，決定五日後考試！ 平常在天命醫館門外，遇到壹女子偷看館內情況，正是素問！兩人發生誤會，互相留下不好印象！
平常在王九暗助下通過考劾，進入了天命醫館。其實天命無心收他為徒，只安排他作雜務。 素問夜入天命醫館，被天常發現。原來素問乃天命女兒。天命喜見女兒，得知素問偶有夢遊！婆婆趕來，要帶素問離去！天命只感無奈！
第三集
天命再三懇求留下素問，但仍被婆婆強行帶走。 素問仍常偷偷來探訪，眾師兄弟當她是寶貝般逢承！草堂亦對素問留下印象。素問情?初開，對草堂亦有好感！ 平常夜遇素問，被跟平時性格完全不同的素問打個落花流水。 街上騎馬者意外受傷，草堂束手無策，王九將其治好！ 天命得知此事驚呆，冷然的謂∶他回來了！ 天命尋至王九居處！原來王九正是醫神的另壹弟子王宵！ 天命向王九討不死藥方，王九推說沒有。 王九被壹姑等盛情留下，其實壹姑只當王九是搖錢樹。
第四集
王九開起醫館，貧富遠近都來求診！王九對富人冷淡，對窮人贈醫施藥，令平常跟壹姑血本無歸！ 黃歧不服王九，帶眾師弟帶來挑釁，結果輸給王九，被天命懲罰。 平常被黃歧等耍弄撒藥，草堂夜送解藥，平常並不領情。 草堂夜回醫館途中遇素問，素問卻像不認識般冷然相對，草堂疑惑不解。 平常在天命醫館認識了來送藥且雙目失明的少女小豬！原來小豬自少便無父無母，由爺爺養大！師兄弟對這個眾人稱之為不祥人的小豬避之不及！平常卻不以為然。
第五集
小豬接近平常，平常屢次受傷。小豬只覺平常有趣及心地善良。 靈樞夜來發悶，常去找草堂出來陪伴，只把草堂弄得力竭筋疲！ 平常幫師兄治病人，被天命發現其天份，怒責之。 平常、草堂晚上跟蹤素問，被婆婆發現，早晨二人醒來卻赤裸郊外。 平常與草堂路遇素問，問及是否有雙胞胎姐妹，素問否認。婆婆謂不讓二人再惹靈樞。 素問戲弄平常與草堂，二人被婆婆救，婆婆卻因此受傷被帶至王九處，婆婆在他們的詢問中說出了素問的病況。
第六集
他們從婆婆口中得知素問、靈樞是同壹人，只是性格分裂。婆婆跪求王九醫治素問，王九也無醫療方法。 王九憶起離開芍藥與師父去煉不死藥事，感傷萬分，被平常調侃。 平常只覺在天命醫館裏，學不到甚麼，他更發現天命外表雖是醫學宗師模樣，實則喜歡弄權，人亦沒有器量，開始有點不滿！ 平常奉王九命夜去三裏坡采藥，巧遇小豬，平常對小豬有了進壹步了解。 某夜，平常跟眾師兄看星星，竟看到了壹條手臂！天命知道，平常在學醫方面極有天份。
第七集
平常找小豬去采藥，二人途中小豬被毒蛇所傷，平常將其帶至草堂處醫治。 此事為天命所知！天命曾下令，沒他的批準，徒兒們不得隨便醫人，天命遂把平常逐出醫館！ 原來，天命妒忌平常天份，他知道平常若在這裏待下去，不出數年便有小成，再加研習，更會威脅到自己的地位，因為忌才，才將平常趕走！ 小豬來探望平常，而平常和壹姑卻設計騙取了小豬的錢。 草堂來找平常，鼓勵他，二人成了朋友！ 某日，粟米妹妹不足來向王九討租，二人遂起爭執。
第八集
平常欣賞王九醫術，欲拜王九為師，王九當然不允！平常好話說盡終使得王九收他為徒！某日，天命接到了壹封壹名留學荷蘭之日本人竹利幸福的信。他要前來向天命問道。 渡頭，壹名身穿西服，壹臉冷竣的青年上岸，他正是竹利幸福！天命不願接戰，使計將竹利幸福送進大牢。 靈樞因草堂不赴約生氣，破壞丹藥，使草堂在師兄面前有驚無險。鄭和之子因不聽竹利幸福言，騎馬摔傷，鄭和與竹利幸福因醫人發生爭執。
第九集
天命不願接戰，因贏了對自己無好處， 輸了便成了笑柄， 遂把責任推了給王九！ 幸福登門造訪王九，向其問道，被王九毅然拒絕。 鄭和知道此事，氣謂不能讓外地之人小看中土醫術，決定讓王九及幸福公開比試！終於，王九贏了幸福的西方醫術！幸福對王九深表佩服，要拜王九為師，學習中國醫術！平常登時變了大師兄，雜務全交給了幸福！ 原來幸福外表冷竣，性格卻婆婆媽媽，且有潔僻，勸王九及平常註重清潔，醫館首重衛生等等，這令生活隨便的平常及王九深感不便！
第十集
幸福認識了小豬，對其遭遇深表同情，卻換來小豬的欺負，但幸福卻沒有介懷。 草堂不勝靈樞之煩，與平常合計耍走之，期間，靈樞突然變了素問，又突然變回靈樞，平常及草堂反被這個師妹弄至筋疲力竭，但同時，亦增進了二人之友誼。 不足常向王九追租，王九卻總是左閃右避，二人成了歡喜冤家。 情?初開的素問，情鍾草堂，但草堂對素問卻沒有感覺，反之，草堂跟靈樞接觸多了，感覺靈樞雖然自我中心，又動不動便出手打人，但其實亦很有正義感，對她漸有好感！
第十壹集
天命想出壹計，要把王九推下深淵，永不超生，就是舉辦天下醫館大賽┅┅
平常、幸福得知有天下醫館比賽，都希望王九參加，但王九卻不感興趣。 王九被逼無奈派平常去參加，平常為習醫大吃苦頭。 天命也決定派草堂出戰，草堂亦希望為天命醫館得到殊榮，更加倍努力研習。誰知靈樞卻不時前來捉弄草堂，令草堂無法專心，但草堂感到靈樞的出現，令自己生活添上不少生趣。 大賽之期終至，經過三局比賽，平常與草堂平局，但鄭和以王九醫館沒有執照，取消平常比賽資格，王九醫館被封。天命醫館取勝。
第十二集
王九雖被禁行醫，但街坊卻繼續前來醫館醫病、玩樂。天命也奈他莫何！草堂對素問坦白已有心上人，素問找到釣魚的平常哭訴，二人獨處壹宿，互生情愫。 素問與平常、靈樞與草堂彼此柔情蜜意，三人沈浸在戀愛的幸福之中。 京城第壹名妓曲池，暈到街中指定找天命診治。而天命診脈知此女有孕後則推給了王九，此女順利誕下嬰兒。王九卻因此被抓入衙門。 王九在眾人的依依不舍下將被衙役押出京城，鄭和的壹張令牌將他釋放。
第十三集
曲池與鄭和義子有壹段霧水之緣，誕下的是王爺的骨肉，鄭和對王九甚是感激，更賜下十二金針給王九，從此王九不需註冊，代鄭和行醫！ 王九醫館因鄭和賞賜金針而聲名大躁，不少達官貴人前來求醫。 壹姑乍然發覺草堂竟是自己之子，驚喜交雜，但怕影響草堂的前程，卻不敢相認。 原來當年農金匱幫壹姑順利產子，後金匱被惠帝追殺，壹姑有感對自己兒子有救命之恩，便與金匱兒子掉換，那即是說，平常是醫神農金匱之子！ 素問與靈樞的性格經常對掉，使平常與草堂互起紛爭，亦感到困擾。
第十四集
平常發覺草堂不能沒有靈樞，覺得不能再糾纏這段錯縱復雜的關系，忍痛與素問分手！ 幸福萌生了治小豬眼睛的念頭，小豬得聞自己可以重見光明，驚喜萬分！ 天命使手段將王九手部受傷，醫治小豬眼睛只有平常操刀，平常緊張的心態在王九的指引下，終使手術成功！ 原來王九受傷是假，考驗平常是真。小豬終於重見光明！小豬重見天日後，因對這世界上壹切皆是陌生，沒有安全感，對平常更是依賴。但這卻傷了兩個人的心∶暗戀小豬的幸福，以及對平常不離不棄的素問！
第十五集
壹姑想辦法接近草堂，對草堂好，但草堂並不領情。王九從粟米處得知不足手腳容易碰損，骨頭也很脆弱，但為了整個家族，遂不理標梅而過，仍留守家業，所以對錢看得特重！ 草堂對壹姑的好漸感煩厭，借壹小事把壹姑辭退。平常覺草堂過份，找草堂理論，壹姑終向平常與王九道出了平常與草堂的真實身份！ 平常答應壹姑不公開此事，謂壹姑仍是他的母親！壹姑大為感動。 天命發覺壹姑世身，威脅王九告知壹姑不準認回草堂，否則令草堂壹無所有，王九以讓壹姑繼續回天命醫館工作為交換條件應允。
第十六集
平常要煉不死藥，王九不肯再教平常醫術，平常據理力爭，眾人齊杯葛之，都孤立王九。實則王九內心痛楚借酒消愁。某日酒後，向不足道出農金匱為煉不死藥瘋死之謎，怕平常步其後塵，不足開解，二人酒醉，王九在不足處睡著！王九以平常不許再煉不死藥為條件決定再教他醫術，平常欣然答允。街坊對王九與不足事以訛傳訛， 粟米竟要王九跟不足成親，幸得不足解釋，但已累得王九苦惱不已，決定離開京城逃避不足。因為他始終無法忘記壹個最愛，就是天命妻芍藥。
第十七集
王九逃情失蹤，不足既感難過，又感自尊受損，不知如何自處┅┅ 王九路上碰到壹昏迷女子，帶回醫館調理。與此同時，不足得悉王九已回，既喜且氣，心情復雜。女子名叫雷蕾，因連賭十日十夜，倦極昏睡不醒。她為人圓滑，善於交際，煙視媚行，不單與四周的人建立良好關系，更令粟米拜到石榴裙下。 王九看穿雷蕾本性，希望她康復便離開，雷蕾卻假扮可憐，王九被四周人罵無情無義，壹姑更收雷蕾為乾女兒。雷蕾便可名正言順留住醫館。
第十八集
雷蕾騙了粟米的錢，輸個精光！不足得知遷怒於王九身上，雷蕾摟王九裝親密，不足生氣而走！王九感覺也許這樣了斷是最好的結局。靈樞及素問性格互相對掉，越來越混亂，病情也越來越嚴重了┅┅ 平常偶遇壹賣胭脂卻醫蔔星相無壹不曉的商人尹思仁！給平常留下深刻印象。 壹日素問看戲，在後臺壹角竟聽壹女聲指斥某人沒有醫德，壹聲慘叫後，竟然發現壹老名醫身死。戲院意外，傷者多人，與思仁同行的寒娘為救素問受重傷，可寒娘卻恢復甚快，王九驚愕！
第十九集
接二連三發生上年紀的名醫中毒身亡。 事件震動全城。天命卻在受成祖命驗屍時中毒，性命垂危┅┅ 平常及草堂多翻鉆研想得解藥。忽王九中毒昏迷，雷蕾細心照顧，不足吃醋。大家懷疑此事與思仁有關，分頭尋找線索卻壹無所獲。素問在寒娘面前犯病，被寒娘制服，素問開始懷疑寒娘的身份。 王九忽然轉醒，原來王九是以身試毒，終找出解藥，讓草堂轉交天命。在二十年前，壹王侯邀臣民***賀壽辰，眾人食物中毒，而名醫卻紛紛搶救座中權貴，百姓亡者甚多，兇手可能與當年死者有關。
第二十集
天命被王九配藥所救，氣極。 不足為王九空自擔心壹場，大為光火，幾乎與王九決裂。 平常憶起以前有壹女死因與現幾宗命案相同，其女遺壹孤女，聯想孤女即是寒娘。素問裝病揭穿寒娘即是殺手身份， 寒娘欲對素問下毒手，幸好草堂、天命及時趕來，救回素問，捉住寒娘，素問受刺激出現第三種性格暈倒當場。素問為寒娘下獄事傷感， 前往探望，寒娘不禁有些感動。夜裏發生連續縱火事件，縱火者竟是素問，是壹種暴戾兇殘的第三種性格。
第二十壹集
王九想到醫素問的方法，可大家還有想不通的地方，平常卻在思仁的提點下得解，王九不禁對思仁產生好奇。要治好素問的病，另壹種性格將會消失。素問知道了自己的病情，勇敢面對鏡子，鏡內出現靈樞，二人傾心交談。對於留舍素問與靈樞，平常、草堂掙紮，後決定擲銅錢！草堂輸了！手術之期快到，草堂跟靈樞作了生離死別┅┅ 素問因不忍心讓靈樞離去，第三種性格出現，病情惡化，促使馬上手術，手術後結果醫好了靈樞，素問卻消失了┅┅草堂失而復得，平常失去摯愛，只感痛苦難耐。
第二十二集
平常拼命幹活來麻醉自己，眾人視之萬分難過。靈樞對平常淡然。而與草堂出雙入對，平常更是傷心，故疏遠二人。小豬見平常過度傷心，前來安慰開解，可平常並不領情。眾人因平常事無精打彩，雷蕾提議去郊遊，不足對王九與雷蕾言行醋味十足。可出其勤快的雷蕾卻讓大家感覺有些反常。後來，大家方知道，雷蕾母親和婆婆在廿六歲都無緣無故死亡，所以，她相信自己得了絕癥，廿六歲便會死去！不足知道雷蕾事後，甚是同情，對雷蕾也勤加照顧！
第二十三集
雷蕾的病其實是在自己心理的陰影下造成的，在王九的醫治下，如鳳凰浴火重生般的雷蕾，人生觀改變，不再說謊，也不再賭錢，大家都感到欣喜。卻疑惑她與王九的關系怎樣發展下去之際，她卻在眾人依依不舍中決定離開！雷蕾離開，王九心情像是放開了些，跟不足的關系，有了壹點微妙的進展。太醫考劾之期將近，平常努力學習，進步神速。而草堂亦然，太醫之位，他壹定要得到，絕不能辜負所有人對他的期望┅┅ 靈樞對大家誤認素問的身份壹點不介意，而且與天命的關系也有所緩和。
第二十四集
經過連場的考試，平常及草堂雙雙進級。最後由成祖親自出題，二人仍不分高下，太祖破格把二人皆收入太醫館！平常以為太醫館裏是全國的大夫精英，必定大開眼界！原來太醫皆十分官僚，只顧守著官位，但求有功不求無過。平常做事從不照規矩，秉承自王九的醫道，以人為本，受到眾太醫的排擠。平常只感苦不堪言。草堂只因從小在天命身邊，對官場看多了，心內雖不悅，仍能撐下去，他只盼望，有壹天自己能掌大權，把太醫館作壹番改革！ 這時，成祖生了病，群醫診治，平常應允壹天將成祖治愈。
第二十五集
成祖久候平常，平常卻帶醉進宮，激怒成祖，成祖郁氣全 ，不藥而愈，成祖深慶得人，遂委派其幫天命研究「不死藥」！ 王九得知後，嚴禁平常涉足「不死藥」。平常假意應允，繼續研制！靈樞每遇平常，總有以前素問跟平常壹起時短暫的溫馨片段在腦海中飛過，只感忐忑。 天命怕平常超越自己，處處壓制，靈樞看不過眼，與其吵嘴，更憤而躲了起來。平常開解靈樞，二人關系好轉。 草堂病倒，吃過壹姑的藥病情好轉。可偶然發現壹姑竟有和自己同樣罕有的病，呆了。
第二十六集
草堂暗查發現了蛛絲馬跡，暗中起了壹姑丈夫骨查證，終證明與壹姑是母子，只感晴天霹靂。草堂病發，需要換血方有生機，可他特別的血型只有壹姑有此資格！換血手術壹姑隨時會有生命危險，可在壹姑的苦苦懇求下，平常終答應。手術成功，草堂救活，壹姑也無大礙。消息傳開，大家認為平常比草堂更厲害，這令草堂比死更難受。壹姑因手術後的並發癥忽然病倒，危在旦夕。平常知道只有不死藥才能醫好壹姑。天命借機向平常道出不死藥方在王九處。平常尋之， 王九否認，二人爭吵。
第二十七集
平常欲拿犯人做試驗，被王九阻止，王九道出當年農金匱為研不死藥親身試藥卻變得失去人性，暴力非常，還殺人並砍傷王九，後王九迫於無奈將金匱殺死！ 平常壹時接受不了王九竟是殺父仇人的事實！壹姑危在旦夕，在草堂拼命趕去的途中，壹姑去了┅┅壹姑的死，令平常經歷了人生的最低潮，將自己關起來，不見任何人。小豬前來安慰，平常隔窗對小豬表明了他跟小豬是不可能的！小豬撲入路過的幸福懷裏，痛哭起來┅┅平常沒能救壹姑，對自己失去信心，遂辭去官職，決定終生不再碰醫術。
第二十八集
平常賦閑在家，被粟米拉去籌辦皇上盛壽的巡回表演，過程中與靈樞頻頻接觸，越來越像素問的靈樞令平常茫然不已┅┅草堂為成祖醫病，成祖卻當面誇贊平常，草堂不是滋味。草堂因不順心，時時與靈樞爭吵，事業與愛情均受到挫折。平常與草堂的關系亦越來越疏遠┅┅小豬終於知道，最疼愛自己的是幸，二人開開心心的走到了壹起。平常到城郊 瘋山見到壹具屍體，向粟米報案！幸福見到平常從那人身上拿回來的錢袋外的壹個圖案，竟跟自己的壹個小錦盒上面的圖案壹樣┅┅
第二十九集
某夜，幸福被黑人捉去見 瘋山上的日本大將軍即自己的父親竹利義滿。原來幸福來中土目的不光是求醫道，而是「不死藥」！而此次竹利這番日本武士西渡中土，是要協助蟄伏民間，圖謀復位多年的惠帝推翻成祖！就在此時，草堂卻在暗裏跟思仁學起醫術┅┅思仁並要草堂將壹塊麒麟香木獻與皇上。成祖病重逼天命五天內研出不死藥，否則要天命死。思仁及惠帝出現，收買天命。天命向成祖表示，三日後藥可出爐，要成祖召集文武祭天後方可服藥。
第三十集
竹前義滿三天後要求幸福回去當附馬，幸福坦言為了小豬， 願意放棄壹切名譽地位，義滿氣極，幸福堅持，最後，兩父子斷絕關系！ 王九對思仁起疑，跟蹤到郊外，王九見到了惠帝，知道了壹切真相，惠帝為表自己王者之氣不殺王九，但王九唯壹求生的機會是與思仁比賽醫術。王九敗了，全身經脈被思仁封了，變成全身癱瘓┅┅三日之限終到，天命獻上不死藥，可此藥只要與皇上吸入的麒麟香木混合將成為劇毒，成祖及場中各大臣皆中毒。
第三十壹集
惠帝領兵出現，並讓眾大臣擁護自己登基，便給各人解藥！危在旦夕，幸福穿上太子服，答應竹利回日本成親，並繼承大業，向竹利求情┅┅竹利退兵。平常也以醫術贏得思仁換取解藥，惠帝功敗垂成，與思仁皆自盡┅┅經此壹役，成祖終明白所謂的不死藥根本就是逆天而行之事！並答應平常不殺天命及草堂，但二人被終身監禁。幸福因要對竹利履行承諾離開了！可最終還是與小豬走在了壹起┅┅平常治好了王九。時，王九帶著已懷孕的不足歸來┅┅靈樞突然暈倒，醒來後，竟記起素問的壹切，終於，與平常走在了壹起┅┅