絕密計劃水神計劃最初的目的是利用水的波動研制出新能源，但在實驗過程中卻打開了壹扇通往異世界的門，而那裏存在著壹個與我們居住的世界相鄰的平行世界。當確認出現這壹偶然情況時，計劃就被凍結並封鎖了起來。但是，有人盯上了這個計劃，他們巧妙地混入社會，通過用顯示器操縱信息來支配這個世界。DEUS特工神發現了隱藏在水神計劃後的陰影，試圖與情人艾麗亞壹起殲滅敵人。但是，他們失敗了，神與艾麗亞雙雙遭DEUS追殺，掉進了水神計劃的實驗地點——能朱湖。在那裏，他們聽到了來自另壹個世界的聲音。因為艾麗婭的企盼，神得到了賽文奧特曼X的力量，但是作為代價，賽文X的意識被封印了起來，而神也失去了所有過去的記憶。當神蘇醒時，他已對這個世界毫無印象。為了找回自己的記憶，神與同是DEUS特工的K與S合作，不斷與入侵地球的宇宙人作戰。最後，神等壹行人從艾麗亞口中得知這個世界正在被某些看不見的影子支配著，並準備炸毀水神計劃的實驗設施和操縱信息的管理設施，以消滅敵人。被宇宙人操縱的巨大蜘蛛怪獸出現了，為了保護艾麗婭，神毫不猶豫地變身為賽文奧特曼X。雖然壹度戰敗，但在艾麗亞的鼓勵下，神重拾信心，再次擊敗了怪獸，並消滅了黑暗中的支配者。
在能朱湖邊，神與艾麗亞、K與S團聚了。而賽文X也回他的故鄉去了。人們依然壹無所知地謳歌著和平，但我們始終不能忘記，壹位女性的心靈，拯救了世界的故事。