1、獲得路卡利歐退化形態的蛋
其實該劇情不需要通關，只要在獲得第6個徽章後就可以發生，不過既然是分支劇情，就放在這裏講了。首先去第6個道館所在城市——綠城，從道館往下走可以發現壹艘船。和船員對話，可以坐船來到壹個山洞，在洞裏除了壹些道具外，可以遇到……TV中的波導的勇者阿倫！他的PM是路卡利歐！（這個設定真是超贊）好激動，規則和之前森林裏女孩子壹樣，都是2VS2戰鬥，而且壹次戰鬥結束可以完全恢復。比較適合練級，如果不在意的話和他壹起走在最下面發現銀河團，打敗他們後阿倫把路卡利歐退化形態的蛋送給了我（記得隊伍要留個空位），劇情到此結束。
2、收集未知圖騰
在花蕊鎮右邊有壹個山洞，這就是未知圖騰遺跡！在裏面可以遇到26個字母的未知圖騰，全部收集完畢後，114號道路上方的洞穴出現了新的道路，左邊可以捕捉2種特殊形態的未知圖騰（！和？），收集後有什麽特殊劇情尚未發掘，不過通過神秘文字知道可能和最強的神獸（種族720的那只）有關，當然不要為了捕捉那個最強神獸而狂抓未知圖騰。這只PM的捕捉是要參加未來的某活動的。
3、三湖神的捕捉
這次三湖神十分厚道，不需要解任何謎題就可以直接遇到。它們分別在遊戲中的三大湖中間的洞穴中等主角去抓，不過紅色那只還沒有進入戰鬥就跑了，接下來會在全地圖上隨機遇到，和火葉三聖獸壹樣，至於如何捕捉不用我多費口舌了吧？有點特殊的是用手表的跟蹤功能中直接顯示所在，不用遇到壹次。（通關後去手表大叔處得到，同時得到的還有3種新功能）。
4、收集圖鑒
要繼續發展劇情，必須先收集圖鑒，但不用抓到，只要把圖鑒裏的150只PM全部看到壹次就可以了。如果各位在壹周目和所有NPC對戰過的話，妳會發現還差6只PM的圖鑒，其中，上面3個劇情就是其中的5只，最後壹只自然是另壹個版本的主題神獸。那是否需要連機呢？不必，只要來到冠鳳鎮上方房間裏和老婆婆說話，就可以得到該神獸圖鑒，好了，單機就可以完成圖鑒，很照顧我們吧？接下來到博士研究所，大木博士出現把主角的圖鑒升級成全國圖鑒，博士又給了我神奇道具（作用是在221號道路末端遇到大木博士開啟連機後可以在草地用，可以遇到部分以前的PM）。
5、新的大地，新的冒險
接下來通往戰鬥塔的船通航了。去金岬市下方和船員對話，就可以到達戰鬥塔。看到副主角後和他交談壹番，然後壹個女子出現讓我先去拿BP記錄卡。去右上關口可以得到它。接下來去左上和壹個魚夫對話可以得到超級釣竿。看看地圖還有幾個地方沒有去，出發吧。新的大地，新的冒險在等待著我們。新的大地比較平凡，壹路走下去就是。到了右上角有個山洞，先不要進入，往下進入沙塵區，通過後來到壹個城鎮，裏面壹個房子暫時不能進入，作用不明。
6、神獸以及特殊PM的捕捉
1紅湖神：隨機遇到，LV50
2火鋼獸：進入新大陸沒有進去的洞，遇到副主角，對話後往上走，有人組隊，壹起走，裏面很大，漫漫摸索吧。出去後發生地震，離開後去左邊城市PC左邊房子找到剛才組隊的人，對話後她離開，回到剛才的洞最深處，遇到火鋼獸，LV70
3夢精靈：來到左邊城市，和船前房子裏床上人對話，然後坐船去壹個島，裏面見到夢精靈，它會扔下壹個道具逃走，之後把道具拿給床上的人，夢精靈會在地圖上隨機出現，LV50
4雷吉王：冰系道館往上走，可以進入壹個之前不能進去的房子，最裏面見到了雷吉王，但不能戰鬥，原來只有得到了寶石的三神柱才能進入戰鬥，把三神柱傳到DP，然後去捕捉吧
5電鬼：最早和NPC組隊的森林，最上方見到NPC對話後，砍掉樹進入房間，2F左2房間裏調查電視後出現，LV15，時間特定在晚上。
6幽靈龍：中心城市下面道路右邊新通道，來到壹個洞窟，最裏面發現幽靈龍，LV70。PS該迷宮十分BT，下面介紹壹下攻略法：進入後選擇下面的洞，如果發現中間樓梯是4個就轉90度走（隨便左右）如果樓梯是2個就順著樓梯走。不能走回頭路。其實自己亂走很容易走出。
7米卡鬼：在綠城右邊放入果實名人家下面草叢NPC給的石頭後，進入地下，遇到壹定人數（需要連機）後調查那個地方可以出現。
8噩夢嘯、草刺猬：BUG得到，可能會導致很多不明的BUG，嚴重影響遊戲，不推薦使用。參加未來日本舉行的活動得到。
9宙斯神：參加未來日本舉行的活動得到。
7、和GBA通信
首先要說明壹下，鉆石珍珠無法和D版的中文GBA卡通信，也無法和燒錄卡通信，只能和Z版GBA卡通信，所以要準備的東東如下：DS/DSL壹臺、Z版鉆石/珍珠卡壹張、Z版紅寶石/藍寶石/火紅/葉綠/綠寶石卡壹張。這次的通信比較特殊，是把GBA卡裏的寵物單方面傳送到DS卡裏，而不是通信交換，GBA卡裏的寵物傳到DS卡裏後無法回傳，所以壹定要考慮清楚再傳。另外，原作的擁有技能機器的寵物、攜帶信件的寵物無法傳送；每張卡在24小時內只能傳送6只寵物。
首先要獲得全國圖鑒，獲得的方法詳見攻略專題。然後去221號道路往下走，盡頭的設施就是傳送的地方了。保存然後關閉遊戲，將GBA卡插入DS/DSL中，重新打開DS/DSL進入DS遊戲，開始菜單中會多出壹項傳送，選擇該項，經過確認後會進入GBA卡的寵物盒，選擇6只或以下的寵物並確認後返回開始菜單，進入DS遊戲買票走進設施，有趣的是玩家必須拿著那裏送的寶貝球（捕捉率100%）去尋找傳過來的寵物，沒有全部捕捉的話是無法繼續傳送的哦。
8、地下世界
首先要在第二個道館所在城市某老爺爺處取得挖掘工具，然後在任意地點使用該道具就可以進入地下世界，和壹個NPC對話後他就離開了。這時候DS/DSL的指示燈開始閃爍，不過不用在意。接下來要做的就是在這個世界中亂跑吧。
用觸筆點下屏，會出現壹個圈圈，當有寶藏在圈圈範圍內的時候就會驅霧，玩家就可以對準這個位置調查就可以進入挖寶畫面，挖寶可以用的道具有榔頭和錘子，榔頭可以挖開的範圍大，但對崩塌的影響也大；錘子反之。玩家要做的就是在崩塌前（在畫面上面的裂縫到最左邊了表示要崩塌了）盡可能多地挖出寶藏，只要寶藏全部露出來就算挖成功了，當該地寶藏全部被挖時也自動算結束。地面的硬度也有區別，主要是要註意當遇到灰色巖石的時候就不要敲了，敲也沒用。可以挖到的寶藏有：玉石（作用是兌換道具）、化石（作用是復活古代寵物）、碎片（作用是兌換進化石）和壹些道具。
用玉石可以在地下某NPC處兌換秘密基地的道具，其中最主要的壹樣是挖掘鉆頭，對著墻壁使用可以挖出壹個秘密基地，不過記得它是壹次性的。接下來根據喜好兌換裝飾品來布置吧。
WIFI部分由於我無法測試只能暫時略過。
9、華麗大賽
華麗大賽又壹次進化成了super華麗大賽，至於在哪個城市大家應該都知道了吧？主角進入後有3個櫃臺，左邊是某壹階段的練習模式，中間是單機挑戰模式，右邊是連機對戰模式。選擇中間壹個櫃臺，主角會換上華麗的衣服（真體貼的設計），這次的評選分3個階段。首先是化裝，要在1分鐘內把裝飾品移到寵物身上，初期得到的裝飾品效果比較差，如果要得到好成績，需要用果實兌換或者得獎取得。初期就依靠自身美麗度拿分吧，這次不是能量方塊而是面包，制作方法是在華麗大賽旁邊某房間裏和壹個在爐子前面的大媽對話（先要取得面包盒），然後用觸筆在下屏畫圈圈，有興趣的朋友可以自己摸索壹下，反正我對這種損害屏幕的行為沒興趣而是從前作傳專用PM來參加比賽。第二階段是跳舞，如果是跟舞就照著動作點下面的上下左右，如果是領舞就想點讓對手跟不上的動作，熟悉後很簡單。第3階段是傳統的比賽，規則和前作差不多，新發現暫時沒有，發現後繼續補充。