9月11日早上，93號航班早上預定從紐華克國際機場飛往舊金山的舊金山國際機場。飛機上***有182個座位，但當天只搭載了37名旅客（33名正常乘客和4名劫機犯）、和7名機員：包括2名飛行員—正機長傑生·達爾（Jason M. Dahl）、和副機長洛伊·荷馬（LeRoy Homer），以及5名空服人員。由於有壹名乘客訂了兩個座位，稍早時還有人以為其實有38名乘客。4名劫機客都坐在飛機前半段的商務艙。
聯航93班機預定在上午8:00起飛，但由於當天早晨機場起降數量極大而延遲至8:42分才起飛[2]。假如當初準時起飛的話，聯航93班機將會和其他三架飛機在差不多相同的時間遭到劫機並且撞擊目標，飛機上的乘客也不太可能會有機會組織反擊了。
到了9:02，飛機到達了35,000英尺的巡航高度[3]。到了9:24，聯航93號班機從航空運輸管制中心那裏接獲了警告訊息：“小心任何駕駛艙入侵，有兩架客機已經擊中世界貿易中心了”，在9:26飛行員向航管中心要求證實以上訊息，這是航管中心從聯航93號班機所聽到的最後壹次訊息。
到了大約9:28的時候，在世界貿易中心的雙塔都已經被撞擊後，位於克裏夫蘭的空中管制中心聽到機長傑生·達爾大叫“滾出去”，隨之而來的則是駕駛艙內壹陣騷亂聲以及聽似尖叫的聲音[3]。在四十秒之後又有更多尖叫聲傳來，在這段期間裏飛機高度劇降了700英尺（200米），空中管制人員試圖連絡駕駛艙，但沒有收到任何回復。
機艙的通話錄音記載只會保留30分鐘的長度，因此聯航93號班機的通話紀錄最早是從9:32開始的。在9:32時空中管制中心聽到壹個帶有阿拉伯口音的男子—可能是齊亞德·賈拉透過無線電喊道：“各位女士和先生們，這是機長廣播，請留在妳的座椅上，保持坐下。我們在飛機上有壹顆炸彈，所以給我坐下。”（賈拉很可能是企圖將這段訊息廣播給客艙裏的乘客，但不曉得自己其實是在跟空中管制中心通話）。聯航93號班機接著調轉航向朝向東方，並且開始降低高度。在9:39時空中管制中心聽到賈拉說道：“噢，這裏是機長廣播，我希望妳們都坐在座椅上。飛機上有壹顆炸彈，我們現在正飛回機場，到時我們也會提出壹些要求…[無法辨識的聲音]…請保持安靜。”接著就再也沒有通話傳出了。