現任北京大學血液病研究所所長、北京大學醫學部血液病學系主任、北京大學人民醫院血液科主任、造血幹細胞移植北京市重點實驗室主任、細胞治療北京市工程實驗室主任、北京大學-清華大學生命科學聯合中心臨床PI；並擔任亞太血液聯盟（APHCON）主席
2015年10月10日，北京大學人民醫院血液病研究所黃曉軍教授，當選為第九屆《中華血液學雜誌》編委會總編輯。