白胡子命令手下人全力援護路飛，閃電用自己剪剪果實的能力從地上剪開壹大片土地延伸到艾斯的處刑臺上。路飛沿著路壹直往上，卻被卡普擋在身前。路飛全力壹戰，卡普終於還是被親情左右，故意被路飛打中，從高空墜下。路飛來到艾斯面前，手銬鑰匙卻被黃猿擊斷，接著發現其中昏倒的壹個劊子手既然是Mr.3。此時戰國突然變身，身體巨大化，像壹尊大佛。路飛以“三檔”擋住戰國的攻擊，處刑臺倒塌。
Mr.3利用蠟燭能力打開了艾斯的手銬，艾斯“浴火重生”。艾斯和路飛壹同對抗海軍，艾斯更是用火擋住了青雉的冰。斯庫亞多帶領其海賊團準備掩護眾海賊撤退時，白胡子單手擋住船，並下達了最後的船長命令，命令全員撤退，自己留下，準備與海軍做個了斷。
赤犬要殺了路飛，艾斯擋在了他的身前，艾斯內臟被燒焦，在回憶中沒有遺憾的死去。白胡子發怒，給予赤犬重創，赤犬燒掉了白胡子半邊臉。白胡子給予赤犬的壹擊使海軍本部幾乎崩塌，赤犬吐血。此時，黑胡子帶領其海賊團登場，並帶來了LV6四個大囚犯：卡特裏娜·迪波，大酒之巴克斯·喬特，巨大戰艦 聖胡安·惡狼（船），惡政王--阿瓦洛·皮颯洛。
白胡子怒起，向黑胡子展開攻擊，黑胡子黑暗能力想封住白胡子的震動，卻被白胡子砍傷，白胡子將黑胡子按倒，黑胡子求饒，地裂。黑胡子未死，起身後命令其海賊團攻擊白胡子，白胡子在自己的回憶中閉上雙眼。被稱為“怪物”的白胡子當海賊的目的不是為了寶藏，而是為了家庭。死亡時，其身體仍然保持站姿。
黑胡子用“影之衣”蓋住了自己和白胡子的身體，出來之後竟奇跡般的擁有了白胡子的震震果實的能力。也就是說現在擁有黑暗果實和震震果實兩種能力。黑胡子利用震震果實能力震毀了海軍本部馬林福特，還揚言要沈了這座島。戰國發怒，變身以沖擊波攻擊黑胡子壹夥。黑胡子壹夥受傷。
赤犬重新站起追殺路飛，甚平抱著路飛想逃到海上，海水卻被青雉凍住。赤犬以熔巖之拳貫穿了甚平的身體，幸好甚平躲過要害。此時，克洛克達爾出現相救，將二人吹飛到空中，卻被巴基接住。赤犬緊追不舍，卻被白胡子海賊團下船攔住，即將壹戰。這時，海水裏冒出壹艘潛水艇，特羅法爾加·羅出現並要巴基將路飛交給他，說我是個醫生。
黑胡子的地震引發了海嘯，造成了世界的恐慌。克比見到不斷慘死的海軍，攔住了赤犬，希望他們停止這場戰爭。赤犬充耳不聞，準備攻擊克比。此時，紅發突然出現，擋下了赤犬的攻擊。貝克曼用槍指著黃猿，命令他別對羅出手。紅發撿起路飛掉下的草帽，要巴基交給路飛。
大將給羅的潛水艇以最後的攻擊，羅帶著路飛，甚平潛入海底。漢庫克欲尋找路飛而去。紅發希望各位給他個面子，帶走白胡子和艾斯的遺體，至此，黑胡子海賊團離開，海軍收手，白胡子海賊團收手，大事件結束。
各超新星在本部外觀看了整場戰鬥，基德道出最後壹個四皇叫畢古·麻姆，漢庫克追上羅的船，羅給路飛做了手術，漢庫克準備帶路飛去女兒國。甚平醒來，伊萬壹行準備去人妖國，也就是說可能遇到香吉士。白胡子以前某領地被茶胡子占領。監獄第六層逃出了很多囚犯，戰國欲發懸賞，被上層阻止。莫利亞被杜夫拉明高和PX機器人圍攻，命在旦夕。而杜夫拉明高卻說出了是受上層指使，可能是五老星。
大事件兩個星期後。伊萬壹行告別。羅和漢庫克來到女兒島，羅的船停靠在港口。路飛醒來，因艾斯的死陷入極度的悲痛之中，到處發泄。路飛回憶起了和艾斯的過去，卡普繼艾斯之後又將路飛交給山賊達旦撫養，路飛和艾斯至此相識。
路飛每天追隨艾斯，艾斯不予理睬，反而不斷阻攔。經過三個月，路飛終於找到了艾斯的目的地——“非確定物終點站”。艾斯和壹個叫薩波的小孩為了買海賊船出海，壹直在這裏存錢。因為怕路飛泄露出去，艾斯和薩波將路飛綁起來，可是都不忍心下手殺他。這時布魯傑姆海賊團船員珀爾舍米前來找麻煩，因為艾斯打了他們的人。艾斯和薩波躲了起來，珀爾舍米將路飛拎起，要他說出艾斯所在，路飛拒絕。
艾斯和薩波怕路飛說出寶物所在，將寶物全部轉移走。路飛被山賊殘忍毒打，可是依然什麽都沒有說。艾斯和薩波於是救下路飛。路飛要和艾斯他們做朋友，所以即使受到再大的痛苦，也不願出賣朋友。從此，三人壹起生活，名聲大漲，惡名已傳播到王國街道。而此時，天龍人即將來到這個國家。
薩波原來是貴族身份，因為不滿於家庭的生活方式而選擇離家出走。薩波為了救艾斯和路飛，選擇了和父親回去。王國決定要燒掉非確定物終點站，布魯傑姆海賊團被騙，和艾斯路飛壹起被關在了火焰之中。此時，龍出場，革命軍有所行動。而薩波乘著船出海。
達旦前往救助艾斯和路飛，終於逃脫了這場大火，達旦受傷。薩波的船被天龍人擊沈，薩波生死不明。艾斯要報仇，被達旦攔下。艾斯收到薩波航行前留給他的壹封信。
故事回到現實，卡普回到故鄉，達旦攻擊卡普，質問他為什麽不救艾斯。路飛悲痛之下和甚平對打，可是不敵，路飛深感自己實力不足，想起了他的夥伴。此時，雷利獨自壹人遊泳來到女兒島見路飛，還道出了熊的真實身份為革命軍幹部，加入七武海是有目的的。
索隆原來是被拍到鷹眼的領地，夥伴們得知路飛失去艾斯這件事後都急著想回去。熊又突然出現在香波地島上，不知是敵是友，還有無記憶。五老星開會，商議大事件。戰國向世界政府全軍統帥鋼骨提交辭呈，要辭去海軍元帥壹職，並推舉下任元帥為青雉。鋼骨要戰國像卡普壹樣把軍銜留在軍中，原來卡普也辭職了。斯摩格希望青雉讓他去新世界的海軍G5支部，克比似乎也領悟了壹些霸氣。
大事件結束不久，路飛，甚平，雷利突然又出現在海軍本部。先用軍艦航行壹周進行“水葬之禮”，接著敲響了“奧克斯大鐘”16聲，又向戰爭遺跡投去花束默哀。原來路飛是在雷利的指點下向夥伴們傳達信息，夥伴們全都領悟。
除羅和路飛以外，其余超新星全部進入新世界。德雷克攻擊凱多看中的島嶼，阿普被壹群野豬追，竟然能在空中奔跑。邦妮被黑胡子抓住，不肯屈服。後黑胡子發現了赤犬追了過來，帶領手下逃離，邦妮被赤犬抓住。莫利亞在被杜夫拉明高追殺時突然消失，原來杜夫拉明高是受政府壹個不知名的人要求，並非五老星。
夥伴們看到路飛報紙上的照片，手臂上紋有“3D2Y”的團，3D被打了壹個X，D代表DAY，Y代表YEAR，就是原定3天後集合改為2年後集合，路飛希望夥伴們各自提升實力。
夥伴們想起了路飛的恩情，喬巴進壹步研究醫學，香吉向伊萬學習能提升力量的料理，娜美學習新世界的氣象，布魯克譜寫新的樂曲，羅賓隨著革命軍要去見龍，弗蘭奇要進行更新的改造，烏索普要成為真正的“狙擊之王”，索隆跟著鷹眼學劍，而路飛在雷利的指點下了解了霸氣分為“見聞色”“武裝色”和“霸王色”。
劇情轉入兩年以後：香波地島上出現壹夥人冒充草帽團，並不斷招募船員。娜美留了長發，烏索普變的強壯起來，香吉士遮住眼睛的頭發換了邊，也留了小胡子，羅賓剪掉了劉海，布魯克開起了演唱會，弗蘭奇全身進行了改造，喬巴沒什麽變化，索隆左眼有壹道刀痕，路飛胸前多了兩道傷疤。戰桃丸準備帶著PX行動，抓捕草帽團，而假草帽團和路飛，娜美，烏索普起了小的沖突，要抓捕他們。
香吉士找到閑得無聊想釣魚的索隆，路飛誤入假草帽壹夥，戰桃丸帶領PX登場，解決掉假路飛，假草帽壹夥被揭穿，逃跑，PX5被路飛二檔加霸氣壹擊擊毀，索隆，香吉士出現壹擊解決PX7，路飛看到雷利說，我要成為海賊王……