據我所知，這是特別篇，
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案★ B黑衣組織已經告壹段落
346 尋找屁股上的印記（前篇） F 與345無關聯
347 尋找屁股上的印記（後篇） F
以下是出現黑衣組織的集數
425 黑色沖擊！組織魔爪伸來的瞬間★ B黑衣組織
462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者 B
463 黑衣組織的影子 奇妙的照明
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬 B
465 黑衣組織的影子 珍珠流星 B
484 黑色照片的去向（前篇） B
485 黑色照片的去向（後篇） B
491 紅與黑的碰撞 開端 B/F/C/X 492 紅與黑的碰撞 血緣 B/F/C 493 紅與黑的碰撞 絕叫 B/F/C 494 紅與黑的碰撞 冥土 B/F/C 495 紅與黑的碰撞 昏睡 B/F/C 496 紅與黑的碰撞 侵入 B/F/C 497 紅與黑的碰撞 覺醒 B/F/C 498 紅與黑的碰撞 攪亂 B/F/C 499 紅與黑的碰撞 偽裝 B/F/C 500 紅與黑的碰撞 遺言 B/F/C 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 B/F/C 502 紅與黑的碰撞 潔白 B/F/C 503 紅與黑的碰撞 決死 B/F/C 504 紅與黑的碰撞 殉職 B/F/C
579 黑與13的暗示 B/F/C 580 逼近的黑色時刻 B/F/C 581 紅色的搖擺目標 B/F/C
674 偵探們的夜想曲（波本） B
700 逼近灰原秘密的黑影（後篇） B 701 漆黑的特快列車（發車） B/K 702 漆黑的特快列車（隧道） B/K 703 漆黑的特快列車（交叉） B/K 704 漆黑的特快列車（終點） B/K 705 密室中的柯南 B 706 解謎的波本 B