朱高燧，明太宗（成祖）第三子，明洪武十六年（1383年）十二月，生於燕藩（北平），父朱棣時為燕王，鎮守北平。生母燕王妃徐氏，魏國公徐達長女。
明宗室制度，親王諸子，世子外，其余年十歲即封，朱高燧長兄即燕世子朱高熾，次兄朱高煦洪武二十八年（1395年）封高陽郡王；但是朱高燧不知何故，查不到洪武年間受封郡王的資料。而建文年間，燕王已經起兵?靖難?，朝廷自然不可能再冊封燕藩宗子。所以，朱高燧壹直都沒有爵位。
朱高燧是燕王朱棣最在世最小的兒子（朱棣第四子朱高燨年幼早夭），自幼聰明伶俐，能察言觀色，又因其相貌酷似燕王妃，所以頗得燕王夫婦鐘愛。
洪武三十壹年（1398年），朱高燧祖父-明太祖朱元璋駕崩，皇太孫、也是朱高燧的堂兄朱允炆繼位，即建文帝。
建文帝接受諸文臣建議，針對手握兵權的諸王叔，展開?削藩?策，先後削周、代、齊、湘、岷諸王，最終的目標是諸王之首：燕王朱棣（太祖長子太子朱標、次子秦王朱樉、三子晉王朱棡均早於太祖去世，四子燕王朱棣為在世最長皇子）。
建文元年（1399年），在朝廷步步緊逼下，燕王被迫起兵?靖難?，對抗朝廷。那個時候，誰也沒有料到，將來燕軍會擊敗南軍，燕王會打敗建文帝奪取江山。燕王的想法，不過是死中求活，就算是最終失敗，也算是反抗過，壯烈不屈而死，好過窩囊地被侄子廢黜，狼狽不堪度過下半生。
這個時期的朱高燧，因為年幼，無法獨立擔當重任，所以基本沒有什麽出彩的時候。
朱高燧大哥，燕世子朱高熾，在靖難中臨危受命，率領萬余人，抵擋李景隆五十萬大軍圍攻北平，堅守並擊退南軍，為燕王保住大後方；並且在之後數年裏，管理燕軍後勤糧秣供應，井井有條，為燕軍最終取勝立下大功。同時對於建文帝親筆來信，以?封王?為條件的投降誘惑，毫不動搖，直接將南使及書信送交燕王處，顯示了作為燕王繼承人的優秀品質和堅定立場。
雖然他身體不好，無法上陣，實現跟父親壹樣的馬上戰功；但是在治理庶務上，燕王乃至整個靖難集團，都缺少不了他在後方的運轉帷幄。尤其是他的燕世子，是太祖親封，祖制所在，燕王是打著恢復祖制的旗號舉兵靖難的，朱高熾的世子地位，穩固不可破。
朱高燧二哥，高陽王朱高煦，雖然性情暴躁、為人粗魯，但是於軍事上，就是燕王朱棣的翻版。在靖難中，每每身先士卒，躍馬橫刀，交戰時沖鋒於前，撤退時為全軍斷後，多次出生入死，勇冠全軍。尤其東昌之戰，南軍包圍燕軍，四面圍攻；燕軍大敗，主將張玉（日後永樂朝大將英國公張輔之父）戰死，燕王本人身陷重圍，幾乎喪命；是朱高煦冒死殺入陣中，陣斬南軍勇將翟能，擊退南軍，救燕王於危難。所以燕王對朱高煦器重無比，乃至有了手撫其背，說的那句話：?小子，努力！妳大哥身體不好！?
這個時候，燕王就有了易儲的想法。而父親的暗示，給了朱高煦無限的想象，從此後，取代大哥，成為貫穿朱高煦整個生命歷程的願望，並鍥而不舍地去實施，最終付出了生命的代價。
至於朱高燧本人，燕藩舉兵時，不過年僅十六，於政務沒有多少可以施展的地方，於軍事更加不可能躍馬沖鋒。雖然史書上沒有記載他在靖難時期的具體作為，但是可以想到，十幾歲的少年，至多是在燕王府內陪伴母親，協助大哥管理好王府內部，或者做壹些輔助後勤，鼓舞軍士的事情。