在遙遠的神話時代，海中的波塞冬、冥界的哈迪斯無壹不在覬覦人類賴以生存的大地。身為大地守護神的雅典娜，與他們展開連番戰爭。與此同時，人類中壹些驍勇善戰、正義善良的少年圍繞在女神身邊和她並肩作戰。他們拳可以撕裂天空，腳能夠踩裂大地，這群不用武器、完全憑借赤手空拳戰鬥的少年被稱作“雅典娜的聖鬥士”。從神話時代開始，雅典娜和聖鬥士們就與無數邪神展開無數次的聖戰。時間到了現代，星矢、紫龍、冰河、瞬、壹輝等五個青銅聖鬥士在戰爭中不斷成長起來，他們打敗了陰謀篡位的教皇、意欲淹沒大地的海神波塞冬，對抗企圖帶來永久黑暗的冥王哈迪斯。為了大地和人類，雅典娜和聖鬥士們壹次次挺身而出…… 教皇撒加見眾多的白銀聖鬥士亦不敵星矢他們壹班青銅聖鬥士，終於，連黃金聖鬥士也要出動了。獅子座的艾奧裏亞因要為哥哥艾奧羅斯洗去汙名，因此自願出發。穿上了人馬座黃金聖衣的星矢在艾奧羅斯的靈魂幫助下擊敗了艾奧裏亞，沙織以女神的身份出現，艾奧裏亞終於明白真相，返回聖域找教皇算帳。
沙織率領壹班青銅聖鬥士來到希臘聖域與教皇決戰，可是沙織被黃金之箭射中，壹定要在十二小時內突破十二宮並找出教皇才能救回沙織壹命。於是星矢、紫龍、冰河、瞬決定冒死突破十二宮……
在經歷壹系列慘烈的激戰之後，星矢趕到教庭，看到善良的教皇，他命星矢到雅典娜神殿拿取神盾去救雅典娜。但是教皇突然變成邪惡的化身，並穿上了雙子座黃金聖衣，原來他就是十三年前失蹤的撒加。這時復活過來的壹輝牽制著撒加，星矢終能拿到神盾救回雅典娜。女神得到剩下的黃金聖鬥士迎接，趕去教庭，途中救回瀕死的紫龍、冰河及瞬。到最後，撒加被星矢集合眾人力量的壹拳回復善良，含著淚用手擊打心臟自盡。至此聖戰宣布結束，邪惡再壹次離開聖域。 掌管七大洋的大神--海皇波塞冬借口幫人類清洗掉所有的罪惡，將世界帶入了洪水和海嘯還有地震的恐怖中！愛和正義的化身--女神雅典娜被波賽東囚禁在生命之柱中，代替人類經受海水的浸泡...聖鬥士必須擊敗波賽東和他手下的海鬥士，救出女神、拯救整個世界。
在遙遠的神話時代，冥王哈迪斯曾率領壹百零八冥鬥士向人類世界發起攻擊，雅典娜則率聖鬥士們奮起迎敵。連番苦戰之後，哈迪斯及其軍團戰敗，他們全部被雅典娜封印，而聖鬥士也幾乎損傷殆盡。
與哈迪斯的聖戰，每200多年進行壹次，而來到現代的今天，禁錮哈迪斯的封印失去效力，古塔中的冥鬥士又重新蠢蠢欲動。復活後的哈迪斯及其冥鬥士將魔爪伸向聖域。連番惡戰，聖域幾近毀滅。雅典娜以死參悟阿賴耶識進入冥界。青銅五人組以女神之血修復業已破損的聖衣，隨後闖入潘多拉城。
戰場移到黑暗的冥界，壹場綿亙了數千年的正邪大戰就此展開…… 天界篇序奏（SaintSeiya:TheHeavenChapter-Overture）（電影）
冥界篇的死鬥之後。中了冥王哈迪斯的詛咒而喪失所有力量的星矢在城戶沙織照顧下靜靜地生活著。但奧林匹斯十二神之壹的月之女神阿爾忒彌斯要將反抗神的星矢抹煞掉，於是派遣了三名天鬥士（Angel）下人界。沙織為救星矢的性命，將女神的地位和地上世界的支配權交給了阿爾忒彌斯。成為大地之神的阿爾忒彌斯企圖在大地上施下天罰令人類滅亡，而失去神力的沙織則通過流出自己的鮮血來保護人類。面對未曾有過的危機，本應失去力量的星矢重新站起，重新趕赴雅典娜的身邊。然而天鬥士們出現在星矢的面前並阻擋其去路，紫龍、冰河、瞬、壹輝也與天鬥士們陷入苦戰。最後連奧林匹斯十二神的阿波羅也降臨了。面對全宇宙最強的神，賭上人類命運的最大的戰鬥開始了。 （冥王神話ND）
1990年，星矢在極樂凈土最終決戰中被冥王哈迪斯之劍刺入心臟，即使返回現世神劍也無法撥出。為了破壞劍，城戶沙織帶上瞬穿越時空前往243年前的前聖戰時代。
誰知到了前聖戰時代，紗織卻是變成嬰兒降臨在雅典娜神像前，教皇與雙魚座卡迪奈爾當場叛變，所幸處女座釋靜摩救下了嬰兒紗織，但隨後落進了陷阱-神之迷宮。瞬則落在了聖域競技場上，與243年前的天馬座聖鬥士“天馬”相遇；隨後壹輝，冰河，紫龍也跟著穿越到了這個時代。
這時冥王軍的天雄星水鏡[前巨爵座聖鬥士]登場，目的是奪取雅典娜的首級，他壹路闖宮，向白羊座史昂，金牛座奧克斯，雙子座該隱&亞伯，巨蟹座迪斯托爾，獅子座凱撒五位亦正亦邪的黃金聖鬥士發起了挑戰，最終水鏡死在了曾經的摯友天秤座童虎面前，之後童虎宣布要奪取雅典娜的首級，成為叛變之人。
迷宮裏釋靜摩與早在嘆息之墻就已死去的處女座黃金聖鬥士沙加展開對決，紗織則成長為幼女體型，展示出其強大的神之小宇宙。
接著冥王軍的天貴星維梅爾率領冥鬥士準備從黃泉比良阪進入巨蟹宮；而足以讓聖域毀滅的傳說中第十三位黃金聖鬥士蛇夫座也在復活中，影響到了現代的白銀蛇夫座莎爾娜；天界派來殺害雅典娜的天鬥士鬥馬也緊追不舍。多方勢力正在慢慢交織在壹起，聖鬥士的神話仍然繼續著.............