登場集數：
第1集：雲霄飛車殺人事件
第54集：電玩公司殺人事件
第118集：浪花連續殺人事件★ *
第128集：黑衣組織十億元搶劫事件（部分情節為動畫原創）
第129集：來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★
第176集：與黑衣組織的再會（灰原篇）
第177集：與黑衣組織的再會（柯南篇）
第178集：與黑衣組織的再會（解決篇）
第230集：神秘的乘客（前篇）
第231神秘的乘客（後篇）
第272集：急忙掩飾的忽略（後篇）
第286集：工藤新壹紐約事件（事件篇）
第288集：工藤新壹紐約事件（解決篇）
第289集：光彥森林迷失記（前篇）*
第290集：光彥森林迷失記（後篇）*
第307集：遺留的無聲證言（前篇）
第308集：遺留的無聲證言（後篇）
第309集：與黑衣組織的接觸（交涉篇）
第310集：與黑衣組織的接觸（追跡篇）
第311集：與黑衣組織的接觸（決死篇）
第338集：四輛保時捷（前篇）
第339集：四輛保時捷（後篇）
第340集：廁所裏隱藏的秘密（前篇）
第341集：廁所裏隱藏的秘密（後篇）
第345集：與黑衣組織的直面對決 滿月之夜的雙重謎案★
第425集：黑暗沖擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★
第462集：黑衣組織的影子 年幼的目擊者
第463集：黑衣組織的影子 奇妙的照明
第464集：黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
第465集：黑衣組織的影子 珍珠的流星
第484集：黑色照片的去向（前篇）
第485集：黑色照片的去向（後篇）
第491集：紅與黑的碰撞 開端
第492集：紅與黑的碰撞 血緣
第493集：紅與黑的碰撞 絕叫
第494紅與黑的碰撞 冥土
第495集：紅與黑的碰撞 昏睡
第496集：紅與黑的碰撞 侵入
第497集：紅與黑的碰撞 覺醒
第498集：紅與黑的碰撞 攪亂
第499集：紅與黑的碰撞 偽裝
第500集：紅與黑的碰撞 遺言
第501集：紅與黑的碰撞 嫌疑
第502集：紅與黑的碰撞 潔白
第503集：紅與黑的碰撞 決死
第504集：紅與黑的碰撞 殉職
第563集：偵探團VS強盜團（騷動）
第564集：偵探團VS強盜團（沈默）
第578集：召喚危機的紅色前兆
第579集：黑與13的暗示
第580集：逼近的黑色時刻
第581集：紅色的搖擺目標
第667集：婚禮前夜（前篇）*
第668集：婚禮前夜（後篇）*
第671集：偵探們的夜想曲（案件）*
第672集：偵探們的夜想曲（綁架）*
第673集：偵探們的夜想曲（推理）*
第674集：偵探們的夜想曲（波本）
第681集：以性命為賭註的戀愛轉播（轉播開始）*
第683集：以性命為賭註的戀愛轉播（現場突入）*
第699集：逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
第700集：逼近灰原秘密的黑影（後篇）
第701集：漆黑的特快列車（發車）
組織簡介：
組織的代表顏色為黑色，其成員都穿著“如烏鴉般漆黑”的衣服（宮野明美語）。除Boss外，主要成員都以酒名作為代號。作者青山剛昌稱，有代號的成員基本屬於同壹級別。
內部似乎有非常嚴格的紀律，不合格的成員、暴露組織身份的成員和背叛組織的成員都會被很快鏟除，做事絕對不會留下絲毫痕跡。
而且保密性極強，即使成員之間也未必互相認識（比如灰原哀就未曾聽說過基爾等人）。