《Qualidea Code》描述的是與人類之敵「Unknown」持續鬥爭的世界。在數十年前Unknown展開攻擊時，通過冬眠設施避難的孩子們終於從睡眠中醒來，並發現自身擁有了超自然力量「世界」。為了從東京灣GATE中出現的Unknown手中保護國家，位於東京、神奈川和千葉防衛都市的少年少女們展開壹場又壹場的無情戰鬥……