11月20日（周日），東都體育場。江戶川柯南和少年偵探團等在興致勃勃地觀看足球比賽。
與此同時，毛利偵探事務所的電話突然響起，是大規模爆炸的預告電話！這並不是遊戲，也絕非虛張聲勢。就像對小五郎的挑釁壹樣，道路上的汽車就在他眼前發生了爆炸！要阻止接下來的爆炸只有壹個辦法，就是解開犯人留下的謎樣的暗號！
“藍色少年與藍色斑馬，從天而降的雨……”
“下面的人以左手展示……”
炸彈究竟被安放到了哪些地方？小五郎和小蘭同目暮警部壹起在米花町內反復尋找，但絲毫未見解開暗號的線索。剩余的時間，只有45分鐘了！正當比賽漸入高潮之時，柯南從無計可施的小蘭那裏知曉爆炸預告之事得知了威脅電話的事情，開始獨自破解暗號……他最終能解讀這個暗號嗎？雖然已經被逼到絕望的邊緣，但柯南仍沒有放棄解決案件的決心。最後，犯人在爆炸的風暴中逃走了……
怨恨、嫉妒、野心、名利、殺意……嫌疑人涉及足球選手、球迷、俱樂部老板、媒體人……與足壇有著密切關聯的方方面面……根據柯南的推理，犯人還在策劃連續犯罪，為了阻止下壹次爆炸，柯南決定單獨進行調查。就在任何線索都沒有發現，調查陷入僵局的時候，小五郎再次收到犯人的挑戰書！
12月的“X日”。
犯人的下壹個目標將是哪裏？他又究竟是誰？為什麽會盯上小五郎呢？柯南終於將隱藏在挑戰書中的暗號破解，同時他也知曉了“某件事情”。那就是，隱藏在這壹系列犯罪行動之後的驚天陰謀！