1972年7月19日，藤木直人出生於日本岡山縣倉敷市。家中孩子除他外還有壹個異卵的雙胞胎哥哥（藤木真人）。因為父親工作調動的關系，5歲時全家搬到神戶，之後又搬到橫濱，最後在千葉縣佐倉市定居。高二時受到BOWY樂團布袋寅泰的影響，與同學組成樂團，開始玩音樂。同年被選為校草“佐倉先生”。
1992年，藤木直人在千葉縣立佐倉高中畢業後復讀壹年，考入日本早稻田大學理工學部。主修情報工學。
1993年，藤木直人參加了《MEN’S NON-NO》雜誌的征選活動，雖然活動不幸落選，不過卻被壹家唱片公司看中，後將他引薦給CUBE Group這家經紀公司。
1995年，藤木直人參加了日本東映公司為了拍攝電影《花樣男子》壹片而公開舉行的“選角試”。結果獲得了“花澤類”壹角。並且，他以拍攝此片為契機順利地步入了日本藝能界。影片《花樣男子》在日本公映之後贏得了好評，而藤木直人更是成了圈內圈外人士關註的焦點。盡管當時的藤木還在大學求學，不是壹名正式的藝人，但影迷們的熱情使藤木下定了從藝的決心。
1997年藤木完成了大學的學業，以優異的成績畢業。