電影版《X檔案》的故事誕生於夏威夷的壹家旅館，當時正值1996年的聖誕假期，克裏斯·卡特和他的編劇搭檔弗蘭克·斯伯特尼僅用8天時間便構思出本片故事。他們旨在圍繞當時正在播出的同名電視劇的情節主線展開故事，從而既可以取悅於劇集粉絲，又足以吸引陌生觀眾。
早在醞釀電視系列劇《X檔案》時，卡特就為故事主人公穆德和斯考利設計好了人生藍圖，其中包括他們的個人信念和最終結局等等。“從壹開始起，穆德所做的壹切都是為了尋找他的妹妹，”卡特說，“他堅信政府在努力隱瞞關於外星人的真相，他認為妹妹是被外星人綁架，而在調查真相期間，斯考利的家人也無故失蹤，於是兩個人的命運被交織在壹起。”
電視系列劇《X檔案》是大衛·杜楚尼的成名作，他在劇中的精彩表演贏得了全球劇迷的交口稱贊，但在最初出演該劇時，杜楚尼從未料到《X檔案》會成為享譽世界的熱門劇集。他坦言道：“我認為它只是關於UFO和外星人的電視劇，它的成功真的讓我意想不到。”在談到角色時，杜楚尼說：“對我來說，塑造穆德的關鍵是他根本不在乎別人對他所作所為的看法，他具有壹種不可阻擋的力量，所以縱使他是個失敗者，是個壹意孤行的人，觀眾也不會在意。”
在劇中扮演FBI女探員斯考利的吉蓮·安德森不但同杜楚尼壹起贏得了1993年的金球獎，而且還摘得了當年的艾美獎和土星獎。在安德森看來，斯考利與穆德的關系簡直讓人著迷，雖然他們的個性存在差異，但他們是平等的，在合作中，兩人形成了壹種柏拉圖式的關系，他們之間有愛、有尊敬、有關懷。在電影中，斯考利與穆德的關系將得以更進壹步。 卡特之所以能創造出錯綜復雜的故事，是因為深受特殊年代經歷和他所喜愛的電影電視劇的影響，其中包括《細藍線》、《沈默的羔羊》和短命劇集《惡夜狂魔》（Kolchak：The Night Stalker）等等，而發揮關鍵作用的是1976年的《總統班底》。他說：“水門事件是我經歷過的最重大的政治事件，它甚至改變了我的政治意識。對於16、7歲的少年來說，失去對政府的信任會讓他非常苦惱。”於是，在《X檔案》中，卡特寄希望於穆德和斯考利，兩人只有通過堅持不懈的努力才能將政府隱瞞的真相公諸於世。
卡特請來曾參與制作《侏羅紀公園》、《魔域奇兵》、《星球大戰第六集：武士復仇》、《回到未來2》和《回到未來3》的拉塔·瑞安（Lata Ryan）擔綱本片執行制片人，瑞安不僅專註於本職工作，還為劇組帶來了眾多顧問和專家，其中包括情節串連圖板繪畫師、航空協調人、昆蟲專家和特技、視覺特效及生物效果技師。
擔任本片導演的羅伯·鮑曼可謂電視劇《X檔案》幕後團隊中的中流砥柱，由他制作和執導的《X檔案》多達50多集。卡特說：“我選擇羅伯是因為他對這部劇集的忠誠和巨大貢獻，我認為沒人比他更合適。他熟知我們的敘事技巧，深諳營造恐怖氛圍的手段，雖然他壹直致力於電視銀屏，但他具備掌控壹部電影的實力。”
花絮
前FBI特工William O. Heaton和前洛城警局爆破組警官Herb Williams曾任本片技術顧問。
穿幫鏡頭
斯考利在走廊被蟄傷後，穆迪立即撥打了911，當時窗外還是白天，而當急救員將斯考利送進救護車時，天色竟完全黑了下來。