File系列
1992年～1997年間連載。***19個事件，27冊單行本。漫畫開始並沒有壹個明確的主線，每個事件都是獨立的。直至第15個事件“魔術列車殺人事件”中，天才罪犯“高遠遙壹”的出現，才使這個系列開始有了連結性 1、歌劇院殺人事件 2、異人館村殺人事件 3、雪夜叉傳說殺人事件 4、學園七個不可思議殺人事件 5、秘寶島殺人事件 6、悲戀湖傳說殺人事件 7、異人館旅館殺人事件 8、絞首學園殺人事件 9、飛驒機關宅邸殺人事件 10、金田壹少年的殺人 11、塔羅山莊殺人事件 12、蠟像城殺人事件 13、怪盜紳士的殺人 14、墓場島殺人事件 15、魔術列車殺人事件 16、黑死蝶殺人事件 17、法蘭西銀幣殺人事件 18、魔神遺跡殺人事件 19、速水玲香誘拐殺人事件
Case系列
1998年～2000年間連載。***7個事件，10冊單行本。從“File系列”中分開，這對讀者來說有容易閱讀的優點 1、魔犬森林殺人事件 2、銀幕之殺人鬼 3、天草財寶傳說殺人事件 4、雪影村殺人事件 5、露西亞人偶殺人事件 6、怪奇馬戲團殺人事件 7、金田壹少年的敢死之行 Short File系列 1997年～2000年間連載。***17個事件，6冊單行本。大多都是在2～3次內就結束的短篇系列。有許多並不是殺人事件的故事。 01 冰點下15度的殺意 02 是誰殺了女神? 03 1/2的殺人者 04 聖誕夜殺人事件 05 鏡迷宮殺人事件 06 金田壹二三誘拐事件 07 金田壹二三的冒險 08 消失在雪地裏的贖金 09 底片裏的不在場證明 10 殺人餐廳 11 染血之泳池殺人事件 12 亡靈學校殺人事件 13 瞬間消失之謎 14 妖刀毒蜂殺人事件 15 怪盜紳士的挑戰書 16 淩晨04:40的槍聲 17 女醫師的詭異企圖 新系列 2004年8月18日起，開始重新登場，采不定期連載。此“新系列”不延用過往單行本集數編號排序，改用冊數為事件標準排序。 01 吸血鬼傳說殺人事件 02 劇場館第三次殺人事件 金田壹少年之事件簿
03 獄門塾殺人事件 04 雪靈傳說殺人事件 短篇 速水玲香與不速之客 05 不動高中校園祭殺人事件 06 血溜之間殺人事件 07 黑魔術殺人事件 08 劍持警部的殺人 番外篇1 跳水池的惡靈 番外篇2 露營場之“怪”事件 09 煉金術殺人事件 短篇 壹萬米高空的殺人 10 遊戲館殺人事件 11 食人研究所殺人事件（20周年新作，2012年連載啟動） 12 暗黑城殺人事件 13香港九龍財寶殺人事件 超短篇 01 美雪和阿壹的生活瑣事 02 K M R 03 金田壹少年之報酬 04 金田壹少年之怪奇事件簿 05 美少女偵探 金田壹二三 06 美少女偵探 金田壹二三2 07 美少女偵探 金田壹二三3 08 健悟的房間 09 明智警視優雅的早晨情景 漫畫（次要系列） Akechi File系列（明智警視篇） 1997年～2000年間連載。***7個事件，2冊單行本。特別以金田壹的對手明智警視作為主角的系列。分別描繪明智高中生時代的《明智少年之華麗燦爛事件簿》（明智少年の華麗なる事件簿），及成為刑警之後的《明智警視之優雅犀利事件簿》（明智警視の優雅なる事件簿）。這個系列的標題，都有附加上英文副標題。 明智警視之優雅犀利事件簿 1 證詞猜謎 The Murder Train 2 殺人撲克 Unlucky Men in the Rain 3 死者的將軍棋 The Great Chess Player Akechi 4 幽靈飯店殺人事件 The Encounter 明智少年之華麗燦爛事件簿 1 明智少年之最初事件 Farewell,My Dear Friend 2 殺意四重奏 The Perfect Violinist Akechi 3 幽靈劍客殺人事件 The Pride Murder