那個黑洞模樣的隧道是新行者們在地球上設置的壹道門。只有通過這個空間隧道才可以到達方舟。很明顯先知打算前往方舟開啟剩余的光環。 士官長攜眾人追擊，這時候人類和星盟精英族已經達成了***識：阻止先知開啟光環。（爆笑劇情之壹：精英戰士和人類士兵交換武器，那壹幕鏡頭酷代。）（爆笑劇情之二：神風戰士告訴精英首領：鬼面獸的艦隊數量是我們三倍。首領偌無其事地說道：很好，剛好勢均力敵。）
進入空間隧道後，士官長來到了壹個新的空間。這個空間有壹個很奇怪的光環。它事實上並非環狀，而是個六角型的“花瓣”，每壹朵“花瓣”都是半截光環。這裏正是方舟，是7個光環的最終控制基地。 此刻，博愛之城墜落在方舟上。這樣，先知、人類、蟲族，各自懷著不同的目的，在這片神秘的土地上展開了最後壹戰。
在博愛之城的殘骸中，士官長找到了受損嚴重的科塔娜，完成了他對她的承諾。接著依靠科塔娜保留著的索引器，（2代中爭奪的信物）士官長關閉了方舟上的三個能源塔，這時候壹個嶄新的光環從方舟的中央緩緩飛起，那是方舟的子光環，那裏將決定著所有光環的命運。 先知俘虜了約翰遜，逼迫他開啟最終光環，（似乎先行者是人類的遠古祖先，因此只有人類的掌紋才可以開啟光環。）情急當中米連達駕駛著壹架運兵艦沖入現場，約翰遜請求米連達殺死兩人以阻止光環的啟動。米連達疑遲了壹下，但卻被先知開槍殺死。
蟲族臨時決定幫助士官長和神風烈士，目的是為了阻止先知。及時趕到後神風烈士殺死了先知。由於先知已死，蟲族無所顧及，因此短暫的聯盟關系破裂。隨即蟲族追殺士官長他們。約翰遜駕駛運兵艦離開了，而士官長和神風烈士則通過別的途徑逃離了蟲族追殺。 343罪惡火花引導士官長和神風烈士前往方舟的子光環控制室內，在控制室外約翰遜及時趕到。當士官長想毀滅光環時，343罪惡火花露出了猙獰的面孔。343罪惡火花宣稱自己是光環的主人，不允許任何人對光環做出破壞的行為。
士官長、神風烈士及約翰遜均被343罪惡火花射出的激光擊中，最後士官長忍著重傷消滅了343罪惡火花。並開啟了光環自毀程序。約翰遜由於受傷嚴重，最終在士官長的懷中英勇死去。 光環自毀程序已經開啟。受傷的士官長和神風烈士逃離了子光環，並成功駕駛著飛艦離開方舟。在起飛的過程中士官長差點被甩出機艙外，或許是傷太重了。最後在科塔娜的註目下，士官長艱難地爬回了控制臺。壹片光芒中，方舟化為了碎片。很明顯，當方舟被摧毀了之後，其他光環將失去作用。世界上再也沒有其他光環可以威脅到宇宙萬物的生存了。
蟲族也在那場爆炸出全部滅亡。由於蟲族特殊的生理結構導致它們失去首腦無法生存，因此地球上剩余的壹些蟲族小兵將活不長久。蟲族在這場戰爭中全體被滅。 當地球上的戰士們滿懷希望的迎接士官長的歸3來時，卻發現只有神風烈士走出了倉門…… 胡德統帥向神風烈士表達了敬意，並宣布將會在修建紀念碑。“我仍舊無法原諒妳們的過錯，不要忘記這場戰爭是妳們挑起的。不過……”胡德統帥對著神風烈士說道，“我很感謝妳陪伴他戰鬥到最後壹刻。”
在胡德統帥身旁的陣亡告示牌上，上面有約翰遜、有米連達、還有壹些無名勇士的照片。鏡頭最終緩緩的落在了壹處位置，上面寫著“斯巴達117”。這位人類最英勇的戰士為了自己的信念，為了世界的和平獻出了自己寶貴的生命。最終神風烈士和精英們離開地球，回到自己的故鄉。人類和星盟迎來了和平。