冰封九被釋放後，撒馬利亞人和機器的運作開始混亂；但是在撒馬利亞人的指令下，根的遺體被挖出來好用她的人工耳蝸追蹤其他成員。在機器的庇護下，芬奇、傅思科和肖逃過壹劫；機器臨死之前，告訴肖它認為根會想跟她講的話；又留下壹個語音訊息，讓爾後機器的另壹個備份可以知道從何學起。
裏斯為了上傳機器的備份而不幸犧牲；而機器到衛星後，最後終於感染撒馬利亞最後的備份讓兩個人工智慧同歸於盡。
機器觀察人們的結論是：人總是獨自死去，不過如果妳幫過某人、或讓某人愛過，或只是讓某人記得，那或許妳根本沒死，或根本還沒結束。機器的備份連絡上肖，而芬奇終於在意大利和未婚妻重逢。
劇情簡介
芬奇和裏瑟成功保護了“機器”核心並在根的幫助下重建了“機器”，與此同時“撒馬利亞人”組織對他們壹夥人的追殺仍在持續著。在“機器”的掩護下，他們繼續隱藏身份維持正義，制止犯罪。肖被“撒馬利亞人”控制著並試圖通過她找到“機器”的下落，但肖通過頑強的意誌成功逃了出來並與根他們會合。
芬奇不小心暴露了行蹤，“撒馬利亞人”的殺手對他們展開了窮追不舍的追殺，最終芬奇的好友根和以利亞在保護芬奇的途中犧牲。悲痛的芬奇決定放棄自己那壹直謹守的規則與“撒馬利亞人”正式開戰，他盜取了電腦病毒冰封9來對抗“撒馬利亞人”。
最終在裏瑟和肖的幫助下他成功開啟了病毒，為了解決掉“撒馬利亞人”的最後備份，芬奇和裏瑟做出了最後的努力，最終“撒馬利亞人”被徹底摧毀，而“機器”用自己留存下來的備份重獲新生並繼續著自己的使命。