首先是大災變：隊員們從REX冒險才逃出來，卻發現進入了壹個毫無人煙的城市—LOST CITY
失落之城，當他們在血淋淋的沙場戰鬥時，突然出現2個不明的隊員，身上裝有防化服，攜帶重武器，隊員和他們幹掉所有僵屍後，跟隨那2個人躲到了建築城市（黑暗之門），在那裏，他們又發現了僵屍和變種不明物體，有壹場激戰後，2個防化服人卻消失的無影無蹤，只剩下僵屍的血肉彌漫整個城市的記錄。後來，隊員們為了返回總部，發現LOST CITY後面的城市VIE CITY（地獄圍欄）這次戰爭來說，就是對隊員們壹次大突擊，死亡人數眾多！終於消滅的雜僵屍，卻聽見有人再喊：REX
竟然是人類的聲音，所以隊長知道幕後黑手絕對是他！
走到另外1個城市，血肉彌漫，腐爛的味道不禁讓隊員都膽怯了起來，突然前進的僵屍將他們湧來，隊員們付出死亡的代價跟僵屍拼命。來到了REX博士的遺跡研究所，突然又聽見人類的聲音，異形鬥獸來了！！！！！！！！！！！！！！
另壹個隊伍來到生化實驗室最底部（生化魔方），崔誌雲和隊員們不顧死亡戰鬥，本來要被撤回來的部隊，崔誌雲卻違抗上級的命令，中斷了聯絡（這壹點我覺得應該就是最終章的起源吧，疑點應該在這）。
得到了好消息，在第壹部隊的戰鬥中，將異形鬥獸幹掉了（異亂追擊的異形）！歡呼的隊員們，這是頭壹次解開了大謎題！
過了幾小時候，生化魔方的異形也被第二部隊幹掉了！
但第二部隊的隊員們卻不知道崔誌雲去哪裏，知識留下來壹本手冊——安德魯手冊
第壹部隊得到異形鬥獸殘害前往基地，選擇了毫無僵屍的沙漠！
第二章：機甲風暴來臨
第壹部隊護送時突然遭到不明炮火襲擊，眼前卻是人類，他們是誰呢？總之，只有讓第壹部隊奮力的打壹場突圍戰了，不巧，他們遇見了卡曼奇武裝飛機，是曾今被遺漏的（說到這裏，我在打卡曼奇飛機的時候，突然發現了壹個圖標，在某個地方，飛機的頂部吧，這個圖標和角鬥場的壹個紅色圖標壹模壹樣，所以我懷疑先驅公司就是REX博士的公司，作為掩護罷了！這只是我額推理，若錯了不要見怪）。隊員們將卡曼奇幹掉後，終於成功發現卡曼奇武裝設備，繼續前進！
好消息：維克特帶領的第二部隊進入了原油通路（灼熱煉獄），他們收到第壹部隊的成功消息！
總部命令將第三部隊護送到飛機場去，小心僵屍，註意危險，又紅色蜥蜴吉姆帶領部隊，快！（這就是石破天驚）第二部隊幹掉卡曼奇後，獲得飛行員的通訊正，裏面有記載的先驅公司遺跡！在飛機上的第三部隊成功被護送到了火車上，突然發現雨鷹戰鬥機，這可是雨鷹
戰鬥機啊，不要把它想象成卡曼奇！（其實我絕對雨鷹更加簡單）
告了壹段落，在角鬥場突然發現崔誌雲從第二部隊帶領的殘留人員，開始互相殘殺，最終是崔誌雲及剩下的9人生存了！
現在整個劇情我全說完了，部分是我的推論，但總體上絕對可靠，絕對真實。我的推理相當好！
妳問的中心是劇情，我想說的是劇情其實很簡單！還有妳說的那兩個模式有什麽關系，我覺得30％先驅公司可能是REX博士為了偽裝的公司而已，不然沒有博士誰能開發出機甲啊！
50％是在總部中可能有先驅公司的內奸，為什麽呢？因為第壹部隊護送殘害時為什麽會碰上先驅公司呢，而且先驅公司為什麽也知道他們有殘骸呢？所以肯定有消息透露，而且跟REX博士絕對有關系！
20％是跟末路古堡有壹定的關系，對面的城堡是先驅公司的基地嗎？不是。是REX博士的駐地嗎？更不是，呢是什麽，無非只是壹個研究所？也有可能，這些都說明了問題的所在！
所以，要了解劇情，必須去用自己的腦子推理！加油吧，CSOL真的很好玩，大災變最終章劇情是什麽樣的我們也要去假想！總之對於最終章的難度來說就兩個字——難....................啊
我回答完了，給分吧！