《最終聖戰》（臺版譯為《不敗的勇者》）是《迪迦奧特曼》的原班人馬。在迪迦與加坦傑厄決戰的兩年之後，因為迪迦消失而急於補充戰力的TPC官員制訂了絕密的F計劃，旨在探索迪迦與加坦傑厄的戰場——露露耶的超古代遺跡以尋找新的巨人。但不幸的是，在探索過程中，3個在3000萬年前被迪迦擊敗的三名邪惡巨人（卡密拉、達拉姆和希特拉）復蘇了，並放出無數佐加幼鳥攻擊調查隊（居間惠隊長正在調查隊中）。與此同時，幽憐借居間惠隊長的身體出現並在露露耶部下了壹個能維持100年的結界以保護人類。
而大古出現了很離奇的幻覺。先是夢見與麗娜的婚禮上所有的來賓都變成了卡密拉，再是邪惡巨人和無數佐加幼鳥前來摧毀城市，而自己卻得到了壹個黑色的神光棒，也只能變成黑暗迪迦。但回過神來，卻又什麽也沒發生，甚至因為在幻覺中說出卡密拉的名字而引起麗娜的不滿。（其實卡密拉是3000萬年前黑暗迪迦的戀人）
當晚，大古為了了解黑暗迪迦的真相，就去了TPC的倉庫尋找幽憐的時光機器，但時光機器在播放了壹段黑暗迪迦與卡密拉、達拉姆和希特拉壹起破壞世界的影象後就自毀了。
就在這時，卡密拉、達拉姆和希特拉出現了，在攻擊大古之後卡密拉道出了真相。3000萬年前，奧特曼在擊倒了所有敵人之後，為了利益而開始了內戰。4人在那時曾壹同稱霸了世界，而迪迦則在幽憐的勸說之下放棄了黑暗並獲得了光的力量，最終封印了他原來的同伴。而卡密拉、達拉姆和希特拉現在被困在結界中，他們以居間慧隊長來要挾大古重回黑暗，以便打破結界、重新稱霸世界（其實都是卡密拉使用的幻術，並將黑暗的神光棒交給大古）。
為了救居間隊長，大古孤身前往露露耶。在露露耶大古又壹次變成了黑暗迪迦，而且在變身時結界也被打破了，而且露露耶也爆發出了比加坦傑厄出現時更強的黑暗能量。GUTS的雅格迪斯號在佐加的攻擊下逐漸不支，幸而未來的SUPER GUTS（相浩介、幸田、壽矢和公川良）前來支援才轉危為安。而且，居間隊長也依靠宗方指揮送給她的護身符拿到了掉在洞中的引爆器，消滅了所有的佐加。
迪迦也擊敗了達拉姆和希特拉變為疾風型，在與卡密拉戰鬥時重新得到光的力量，變為復合型，但被卡密拉召喚的迪莫傑厄打敗，最後在覺醒的超古代戰士的幫助下，變身為閃耀型，打敗了迪莫傑厄，但露露耶受到閃耀迪迦的必殺技傑拉迪斯光束強大能量的波動後，再壹次沈入了海中，黑暗的能量也被沖散。
大古和麗娜最終成婚，而且還去了火星。不過在踏上旅途之前，有壹個人向大古脫帽行禮，那人竟是——飛鳥信。