電腦版的結局取決於兩個女主的好感度，誰的好感度高，就是誰的結局。
玉兒會在遊戲的2/3時被郡主殺死，在遊戲末期，眾人會遇到天女白玉輪，此時會進入結局分歧。
1、玉兒結局：
玉兒好感度高，被復活，此舉消耗了小雪大量的力量，致使小雪在封印天之痕時力量耗盡恢復為女媧石的原型，60年成不了人形，卻能有聽覺感覺和思維。
封印天之痕用到的失卻之陣使阿仇忘記了最重要的記憶（就是他師父）。小雪在虛空中向阿仇道別時發現他忘了師父，就用自己的剩余力量把師父的回憶還給了阿仇，代價是小雪要600年成不了人形。
阿仇和玉兒在終南山下守著女媧石和師父的衣冠冢過了壹輩子，以神仙俠侶聞名。600年後，有人看到小雪出現在壹對劍俠夫婦的墓前。
2、小雪結局：
小雪好感度高，玉兒沒被復活。在失卻之陣發動前，玉兒的魂魄出現並告訴主角殺她的人是郡主不是小雪，而此次見面的代價是她今後7世只有20歲生命。隨著失卻之陣的發動，玉兒在阿仇心中的回憶也壹並抹去，後來阿仇和小雪雖然有再遇到玉兒的轉世，但阿仇已經對她完全沒印象了。
3、手機版第三結局：
達成需要地之心、5個天之痕碎片，且玉兒好感要達到壹定值。
因為有了地之心和5個天之痕碎片，所以玉兒被復活後，小雪還有力量剩余，還把阿仇的師父也復活了。封印天之痕是師父代替的陳靖仇當失卻之陣的“護法”，所以失憶的是師父。師父忘掉了復國，也不反對玉兒和阿仇了，和古月、然翁回了仙山島。阿仇和玉兒還是守著女媧石，60年後他們和恢復的小雪見面了。
剩下的就是對其它配角的交代，3個結局都是壹樣的。宇文拓自認罪孽深重，堅持不能原諒自己，選擇了自我放逐，帶著獨孤寧珂的靈魂前往西方。臨行前，陳靖仇夫婦前來送行，2人交換了軒轅劍和煉妖壺，以作紀念。張烈找到了在人間守候他十年的月兒，兩人雲遊天下，逍遙自在。