在思想和信仰被控制的世界裏，達·芬奇為了知識和自由獨自戰鬥，為了揭露宗教謊言進行探索和冒險，在真理和謊言、宗教和科學、過去和未來的沖突中，他用不可思議的勢不可擋的力量推動時代走出黑暗。
湯姆·萊利（Tom Riley）飾演的達芬奇為拯救陷入薩帕茲家族的陰謀叛亂危機的佛羅倫城，和同時受了重傷的洛倫佐。達芬奇將挑戰身體和精神的極限來保衛來自羅馬勢力侵襲的佛羅倫城。與此同時，美第奇家族將面臨無法置信的新壹輪威脅，達芬奇也將繼續踏上了他使命之路去尋找《葉之書》，去揭開他母親的過去歷史未知真相。達芬奇很快就意識到等待他前面的是致命的使命挑戰 — 比西斯教皇更強勁的敵人！他的探索將帶他到異國他鄉，重新估價他對世界的認識以及對自我過去的評價。
《達芬奇的惡魔第二季》除原班人馬繼續冒險，還加入了卡洛琳娜·古艾拉（Carolina Guerra），飾演迷人的女祭司；卡爾金·貝（Kieran Bew）飾演公爵，那不勒斯未來的國王；還有李·博德曼（Lee Boardman）飾演的投機取巧的探險家。