以狀大的大海與小島為舞臺演繹的少女們的心靈之絆，
戰鬥、變身……美麗的魔法巫女幻想傳說誕生！
那裏是有著眩目陽光射入的海底。有著人類外表的純潔無暇的少女與魚兒們***同生活在壹起。少女的名字叫瑪琳。在海洋世界與妹妹烏琳壹起生活的瑪琳是憧憬著空中世界（地面上）的“海人”。某壹天，海面上掉下了壹枚閃耀著美麗光輝的戒指。瑪琳想：“丟失了這麽美麗的東西的話壹定會很悲傷吧。我要還給失主。”她準備到空中世界去歸還戒指，可是卻遭到了妹妹烏琳的強大反對。對於海洋世界的人們來說，空人（人類）和空中世界（地面）都是相當恐怖的。
可是瑪琳卻堅信有著這樣美麗事物的空人並不恐怖。最終決定和有著戀姐情結的烏琳壹起去空中。來到了人界的瑪琳和烏琳初次仰望清爽的天空，以及初次見識到在這清朗天空下正在進行中的“島之夏祭”。
來到島上的瑪琳姐妹開始尋找戒指的主人，聽到她們詢問的叫聲後，居住在島上的女子高中生宮守音著急地飛奔過來。這枚戒指其實是以前她從拋棄她的戀人那裏得到的，所以才會扔到海裏去。夏音再度將戒指投進了大山中，瑪琳與烏琳也去山裏尋找戒指。可是就在這時，烏琳不小心打開了被封印的石棺。從石棺中飛出的黑煙就是讓世界產生“暗”的“瑟多那”。瑟多那是為了讓世界充滿惡意而操縱魚兒們的魔力，邪惡的靈魂也開始集合。
瑪琳和夏音開始察覺自身隱藏的某種力量。作為“海之巫女”和“空之巫女”的她們決定挑戰邪惡的瑟多那。要打倒瑟多那的話，只能提高巫女力量的源泉——心的純潔度。可是夏音的心原來有著部分的邪惡，所以心之純潔度怎麽也無法提高，但通過與瑪琳的關系，逐步取回了心靈的純潔。瑪琳也通過和夏音的接觸而逐漸成長，兩人之間的羈絆逐步確立……