在現世，死神朽木露琪亞突然闖進了黑崎壹護的臥室，緊接著壹只虛攻擊了壹護的家人，壹護和露琪亞壹起投入了消滅虛的戰鬥中。露琪亞在戰鬥中受傷並無法行動，她只得把死神的靈力給壹護，讓他變成壹位死神。結果她發現，壹護的靈力非常強大，並且有著比大多數死神的刀都要大的斬魄刀，隨後壹護消滅了虛。
第二天，露琪亞竟以壹個轉校生的身份出現在壹護的班上。原來壹護把她的能力完全吸收走，而她必須附身於義骸裏等待恢復（但在後面的故事中才發現她所進入的義骸是有人專門為她設計的）。在這之間，壹護必須接手死神的任務，成為代理死神，消滅在空座町（他所居住的地區）壹帶出沒的虛。
這之後壹護也不斷的接受消滅虛的任務，直到有壹天露琪亞“轉讓死神能力”之罪被屍魂界發現。壹護與前來現世追捕露琪亞的阿散井戀次決鬥並占優勢之時，卻被露琪亞的大哥朽木白哉壹擊打倒。露琪亞被強制送返屍魂界，為了救出露琪亞，壹護接受浦原商店店主浦原喜助的特訓，並和井上織姬、石田雨龍、茶渡泰虎壹同前往屍魂界。
然而不知為何露琪亞的處刑日期在壹再的被提前，壹場陰謀在瀞靈廷裏蓄謀著。在花火師誌波空鶴的幫助下，壹護等人潛入了瀞靈廷內。而不久，護廷十三番隊五番隊隊長藍染惣右介被殺害，看了藍染隊長的遺書同隊副隊長雛森桃確信兇手為十番隊隊長日番谷冬獅郎。另壹方面，接連打敗了阿散井戀次、更木劍八的壹護在露琪亞所在的懺罪宮前遇上了朽木白哉。為了打敗白哉，壹護不得不隨四楓院夜壹——這位前隱秘機動隊與刑軍總團長、與朽木家並列四大貴族的四楓院家前家主——開始卍解的修行。
但是露琪亞的處刑卻再次被提前。在雙殛，露琪亞被處刑前的壹刻被壹護救出。實力大增的壹護立刻將幾名副隊長擊倒。同時圍繞處刑露琪亞的是非護廷十三番隊的隊長之間也展開了壹場較量。壹護同朽木白哉於雙殛頂再次壹決雌雄（勝）。另壹方面，背負著殺藍染隊長罪名的日番谷冬獅郎認定市丸銀為兇手，與副隊長松本亂菊壹起追查真相。來到[[屍魂界]]最高司法機關中央四十六室時卻發現46賢哲全部遇害。這壹系列陰謀的指使者卻令人意外地，是大家認為已經被殺害了的藍染隊長。
藍染的直接目的是取得被前?6?112番隊隊長?6?1浦原喜助無意中開發出來、具有瞬間突破死神與虛的臨界狀態功用的“崩玉”——為了隱藏這個危險的東西而植入露琪亞的魂魄裏的情報被藍染取得，於是他夥同三番隊隊長?6?1市丸銀與九番隊隊長?6?1東仙要毀滅中央四十六室，從而假傳命令處刑露琪亞，導演了這壹幕幕的激鬥。藍染具體目的未明，據他本人說法是要與大虛合作，企圖改變世界吧。最終崩玉被藍染奪走，而藍染連同自己的同黨，市丸銀、東仙要在大虛的幫助下逃脫去了虛圈。
戰後滿目瘡痍的雙殛頂：治療工作有條不紊地進行著。平靜的黃昏下，朽木白哉向露琪亞道出了埋藏50年的記憶和柔情，關於朽木緋真，關於領養的原因，關於對規則的固執，關於誓約。而後，壹護接過十三番隊隊長浮竹十四郎遞過來的代理死神證，回到現世正式開始代理死神工作。由於崩玉與人類魂魄融合過後需要三個月來覺醒，[[屍魂界]]下達了“冬季決戰”的通告，並派遣日番谷小隊（包括十番正副隊長、十壹番三席斑目壹角、五席綾瀨川弓親等熟面孔）到達現世——壹護所在的空座町，嚴密監控虛圈的任何異動。
同時，藍染在虛圈的強大破面部隊——十刃也陸續登場。TV113話出現在空座的NO.4烏爾奇奧拉?6?1西法與NO.10牙密出手打傷了織姬茶渡等人；壹護發覺自己體內的虛越來越強大，正在憂慮時，壹位名為平子真子的人轉學入壹護班，後在戰鬥中稱“壹護是我的夥伴”——他們是假面軍團：與破面相對，死神帶上虛的面具而擁有更高等級的力量。壹護最終進入假面們的基地內學習如何控制自己的虛化。與此同時，由烏爾奇奧拉帶回虛圈的情報，藍染對織姬的力量產生興趣，而N0.6 葛利姆喬?6?1賈卡捷克私下帶了壹隊破面闖入空座與壹護等人發生沖突，露琪亞的斬魄刀?6?1袖白雪（TV第壹次）始解，粉碎了壹只NO.16破面，但隨即被葛利姆喬重傷。壹護也不敵NO.6。同時與日番谷等人正面沖突的破面軍被卍解後的壹角、以及“限定解除”後的各隊長副隊長消滅。
葛利姆喬被趕往現世的東仙要強制帶回虛圈，藍染默認授意下，東仙斬下葛利姆喬的左手並粉碎，將之於10刃中除名。
屍魂界調查了藍染之前的行動，發現他的又壹個驚人目的：制作“王鍵”，進入靈王和王族的異空間（也許就是要抹殺掉）——而制作王鍵所需的有著10萬魂魄的重靈地正是目前的戰場“空座町”。此時織姬決定盡自己的力量幫助壹護，但是卻被浦原喜助告知“不必參戰”，正心灰意冷時由露琪亞邀請去屍魂界壹同修行。而此時的藍染派出了幹擾分隊：以新?6?1NO.6 露比為首的破面奇襲了日番谷小隊，葛利姆喬則重傷了壹護，由平子真子阻攔了下來——