同時，這個三部曲還是壹部人類思想的大歷史，從壹個善惡對立的世界到壹個善惡模糊的關系，直到善惡對立完全消失，走向妳中有我，我中有妳的統壹，這正是人類發展的大趨勢，先知的陰陽圖案耳環正說明了這壹點。
《最終戰役》講述的正是中國傳統儒道佛三合壹的文化，壹種以大道為先，放棄欲求，追求“和”的理想。尼奧昏迷在地鐵站，引出了印度女孩薩蒂，與此同時，崔尼蒂等人找到梅洛文加，逼他放出尼奧，再次用愛情救了他。先知告訴尼奧，現在只有他才能拯救虛擬和真實的世界，而史密斯是尼奧的反面，隨後到來的壹群史密斯侵入了先知。錫安正遭到著機器的進攻，被困的邏各斯艦有了消息，米覺尼號帶著尼奧壹行去幫助尼俄柏。這時，尼奧已經認識到自己應該做什麽，於是要求頂著錫安議會的壓力，深入機器城市，和機器談判。尼俄柏知道這是她必須幫助尼奧的時刻，將自己的邏各斯艦交給尼崔二人，讓他們嘗試改變以前錫安的輪回。但這時，被史密斯附體的拜恩殺了照顧他的醫生，潛伏在邏各斯艦上。
接著就是雙線敘述，壹邊是錫安保衛戰，誌士們各盡其能，其中包括謊報年齡的十六歲少年和英雄家庭的茲。另壹邊是尼奧和崔尼蒂按照尼奧的預感，深入機器的城市，途中拜恩出現，和他的戰鬥中，尼奧眼睛瞎了，斷滅了最後的感官欺騙，但他卻能用心感受到眼前的東西。和眾多機器水母的戰鬥中，崔尼蒂越過黑雲看到了太陽，卻在邏各斯號到達機器核心的時候，死於機器水母的進攻。錫安的戰鬥到了最後的關頭，人類所有的抵抗方式都用盡，已經準備舍身成仁了。尼奧和機器展開了談判，要求機器和人類和解，而他將制服史密斯，還兩個天地壹個太平。在談判達成的壹刻，機器的進攻停止了，墨菲斯知道尼奧成功了，率先放下了武器。
雷雨中，尼奧展開了和史密斯的戰鬥，這是壹個史密斯的世界，作為他對立面的尼奧顯然不可能是他的對手，在戰鬥的最後關頭，先知在史密斯體內顯靈了，說，“任何事都得有始有終”，尼奧在這壹刻悟到了其中玄機，將自己送給史密斯。當史密斯完成了對尼奧的入侵，湮滅就這樣到來了，光芒中，兩個世界都恢復了平靜，機器和人類的***生終於獲得了和平。
如果僅僅把《黑客帝國》系列當作特技和神話，難免偏頗，這個故事必須是這樣的結局，沒有巧合和戲劇，因為“勺子本不存在”，這個故事其實寫的是人類的真實歷史，而不是好萊塢似的不能實現的夢想。從自然科學的角度上講，任何封閉系統都用盡它的秩序（低熵），將走向混沌和混亂（高熵），被人類和機器摧殘的地球也不是例外，當地球的資源耗盡，人類和機器的***生是唯壹的出路：人高度的秩序的思維能量產生低熵，供機器使用，而機器則提供人類生命的基本需要。阿西莫夫的《最後的問題》就有類似的前瞻：人最終將拋棄肉體，靠電腦的幫助建立純意識的新存在。所以，從這個角度上說，人類的肉體如果必須在母體塔中渡過壹生，只要他們知道真相，並且願意這樣做，他們就依舊是自由的。母體和錫安的徹底和平，正是給了人類以自由選擇的機會，是要虛幻的快樂還是要真實的荒漠，他們可以自由選擇，彼此尊重這種選擇，這才是真正的自由。和這種自由比起來，老版本的錫安總是要把所有的人都放到荒蕪的地球上，這其實和母體對人的奴役本質上並無區別。
從天地大道上來理解，崔尼蒂的死也是必然。她代表的是西方的基督教文明，是壹種二元對立，“不是東風壓倒西風，就是西風壓倒東風”的力量，這種力量只能造成機器和人的玉石俱焚，她選擇聽從尼奧，不是出於她的世界觀，而是出於愛情。建立在愛的基礎上的基督教，如果從佛教的觀點來看是不全面的，是“有漏”的，“有漏皆苦”，她最後必定要用自己的生命來承擔這種苦果，所以她走不到最後壹步。尼奧也必須拋開愛情的力量，懷著對天下的慈悲，容天下難容之事——史密斯，這才能笑天下可笑之人——那些眼巴巴等著人類征服機器的觀眾。看看他們乘的船吧，邏各斯號，就是邏輯，是希臘文明最輝煌的成果，就這樣，壹個西方和華人的混血兒，在希臘和基督教兩大文明的幫助下，走到了這個世界最核心的智慧——和解。
北宋思想家張載有言，“有像斯有對，對必反其為，有反斯有仇，仇必和而解”。先知說史密斯是尼奧的相反面，不是說他們是正負數的關系，占據很大鏡頭的陰陽耳環其實已經說的很明白，尼奧為陽，史密斯為陰，本是相生相克的，對立在統壹之下。《重裝上陣》中尼奧收到的那把勺子已經在說，勺子不存在，人和機器本來就應該是統壹的，本就不該有戰爭。所以最後的結果只能是“仇必和而解”。最後，史密斯進入了尼奧，這是在說，現在，他們妳中有我，我中有妳，於是壹切矛盾都解決了。
《黑客帝國》三部曲從奴役和仇恨開始，首先講述的是猶太和基督教的歷史，是善和惡的完全對立，是上帝和撒旦妳死我活的較量。電影設定的場景卻是希臘化的，是柏拉圖的“洞穴寓言”，講述人如何定義真實，如何發現真實。尼奧成為救世主，是依賴著基督教最有力的愛的力量，所以那壹刻，當尼奧在伊人壹吻中復活，他成了基督教的救世主。
《重裝上陣》則是存在主義的故事，這是壹個“上帝死了”的時代，超人開始懷疑存在的意義。這也是善和惡對立的模糊階段，如同加繆的文學，不是善惡的對立，而是光明和黑暗的對立，其界線是模糊的。同時，尼奧面對的困惑也是郭靖的困惑，究竟什麽能判定好與壞？如果自由就是好的，那史密斯的破壞性該怎麽看待？存在主義認為，人的自由是選擇的自由，不壹定是選擇有所為，也可以選擇無所為，無為比有為更自由，因為無為不會冒犯別人的有為。所以，尼奧在《最終戰役》中沒有接受先知的糖，做了和第二集相反的決定。
存在主義發展到後來，給西方世界開的藥方是東方文明，這就是第三集的基礎。梁漱溟認為人類文明對待“意欲”的態度有三條道路，第壹條是奮鬥，求意欲的滿足，這是西方的道路；第二條是意欲的自我調整，適可而止，中庸之道，這是中國儒家和道家的道路；第三條是意欲的限制和消滅，是佛教的道路。這三條路本無好壞，只是個時間的問題，中國和佛教太超前，所以當人還希望滿足意欲的時代，這兩條路都不可能成為主流。但時代會改變，人終究能自覺意識到對待意欲的態度必須改變，這時候，儒和道的時代才能來到，這以後，將是佛的時代。電影從壹開始就貫穿了佛教的態度，但人類的實際行為卻告訴我們這個斷滅欲望的時代遠未來到，就只有中國的中庸之道才是解決眼下戰鬥的辦法。這個中庸，不是如壹些觀眾認為的向好萊塢的妥協，而是天地大道。
尼奧意識到自己和史密斯本來就是壹體，缺了任何壹方都將是對整個世界的摧殘和生靈的塗炭。沒有尼奧，機器的霸權將大行其道，沒有史密斯，人類將盡壹切可能戰勝機器，他們本來就是互相牽制的壹體，所以最後必須是二者合壹，湮滅也好，混合也好，最後尼奧活不活已經不是問題，關鍵是他已經開創了壹個新的時代。
從電影院出來，我感受到的是壹種釋然，這是壹部我所看過的最真誠的電影，最沈重也最感動。它是這樣深刻地震撼著我們的心靈，任何人都能從中找到屬於自己的東西，所以我懷著這樣的崇敬之情，撰寫了《解碼@黑客帝國》壹書，讓沃卓斯基兄弟贊美的中國人所知曉他們的慈悲。
在壹片生機盎然的草地上，建築師決定給人類自由選擇的權利，先知的和平信念得到了實現。我們看到的是白發蒼蒼的白人和象征人類最原始力量的黑人，他們已經完成了自己的使命，站在他們身邊的是正當壯年的中國人，攙著尚年幼的印度人——這個祥和的圖景，已經說明了壹切