《未來篇》講的是《彈丸論破:希望的學園與絕望的高中生》的生還者與其他未來機關的同事們的全新故事，是“希望之峰學園系列”的完結篇。
《絕望篇》講的是第2作主角們過去的故事，也就是第1作之前的人類史上最大最惡的絕望事件。
未來篇的主人公是天願和夫，絕望篇的主人公是雪染千紗。
區別：劇情不同
《未來篇》的劇情是：
在“超高校級的絕望”帶來的“人類史上最大最惡的絕望事件”之下，世界陷入了瀕臨崩壞的絕境。為了拯救這個充滿絕望的世界，“未來機關”結成了。打倒了江之島盾子的苗木誠等78期生，加入了未來機關。
他們在此繼續復興世界的活動，但苗木卻被問以庇護“絕望的殘黨”這壹叛逆之罪。未來機關眾人為了苗木的處分而聚集在壹起，卻遭到黑白熊的監禁，並被要求進行“最後的自相殘殺”。手臂被戴上了奇妙的手環，過了壹定時間就會被投以安眠藥。
不止如此，這其中還存在著“背叛者”，是為了殺掉未來機關而來的。“為了生存下去，非得找出背叛者並殺掉不可”。不存在“學級裁判”這壹規則的自相殘殺。殺或者被殺，在這極限狀態的死亡遊戲中，苗木等人被逼入絕境。希望殺死希望的絕望物語開始了。
《絕望篇》的劇情是：
集合了各個領域的超壹流高中生，為了培育他們而設立的，政府公認的特權學園“私立希望之峰學園”。這所學園，存在著集中了超高校級的才能的“本科”，以及只要支付高額學費，就誰都可以進入的“預備學科”。不僅是才能，性格也獨具個性的本科77期生。
但他們不僅固執於才能，還學習了“人生重要的事物並非是才能，而是經由人際關系打造人格，並制造出回憶”，各自謳歌著如同普通的高中生壹般的學園生活。但，隨著神秘計劃在水面下的執行，學園所帶來的學科差別開始橫行。
以及，渴望著才能的預備學科的少年·日向創。他所引起的命運的邂逅，將學園、將未來導向了無法預測的方向。這是，直到人類史上最大最惡的絕望事件發生為止的物語。以絕望終結的，希望的物語。
擴展資料：
主要角色：
1、天願和夫
未來機關會長·第壹支部支部長。原·希望之峰學園學園長。機關的核心人物。聘請苗木等人尋找絕望的殘黨。為了殲滅過度的絕望而為此嘆息，並以能夠使世界不再發生紛爭為目標。
2、宗方京助
原·超高校級的學生會長。未來機關副會長·第二支部支部長。希望之峰學園74期生。原·超高校級的學生會長。
冷靜而透徹，平淡地執行職務。充滿著領袖的人格魅力，掌握著未來機關的實權。有著比任何人都強烈的對“超高校級的絕望”的憤怒與憎惡。
3、黃櫻公壹
原·希望之峰學園偵查員。第三支部支部長。擔任原·希望之峰學園偵查員。
作為未來機關的偵查員選拔了苗木等人。看上去性格反復無常，時常有特別的想法，有著敏銳的直覺的可靠的大人。美中不足的是過於熟悉其他人。