黑水城曾經是壹座重要的邊防要塞，後來因為黑水河改道、戰亂等因素被人荒廢，因為這裏幹旱少雨，所以文物保護得非常完整。但是因為清朝末年，列強強制性打開中國大門，對於我國某些文物進行強盜式?發掘?，所以這裏的文物被盜走了很多，眾多文物、文獻流失海外，著實是可惜啊。
黑水城又叫黑城，之所以被命名為黑水城，是因為黑水城坐落於曾經的黑水河之上，現在的黑水河，早就已經變成了壹片沙漠。這裏曾經也是壹片水草豐美的地區，所以在上古時期，就有先民在這裏居住、耕種。又因為它的交通便利，所以後期也是大家競相爭奪的壹個地方。黑水城最早建立於西夏時期，當時的西夏王朝為了控制這片區域，就在這裏設置了壹個?黑水鎮燕軍司?。在當時，黑水城可以說是西夏的重要邊塞防線之壹了。
再後來，蒙古軍討伐西夏，占領了這個地方。蒙古並沒有拋棄這個城市，而是更加著力於發展，元朝統治者派遣大量軍隊駐紮在這裏，還往這邊遷民，使得黑水城發展成壹個集經濟、文化、政治為壹體的重鎮，非常繁榮。城內設置有寺院、學校、驛站、酒店、飯館、錢莊等等各種設施，可以說是相當繁榮的重鎮。
但是，從1350年開始，這裏的情況就發生了變化。可能因為黑水河的水量越來越少，又或許是因為人類活動破壞了大自然，曾經蔥蔥郁郁的綠洲變成了浩瀚無垠的沙漠。黑水城就被人廢棄了，城內只留下各種殘片、佛塔和人類的骸骨。壹座繁華的重鎮，慢慢變得如此荒涼，令人唏噓。直到20世紀初期，俄羅斯的科茲洛夫對黑水城進行了整整三次的強盜式發掘，將大量的文物運回他們的國家展出，黑水城才再壹次出現在大家的眼中。