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人物介紹：
克羅諾：
（クロノ）
本遊戲主人公，熱血青年，為人熱情有責任心。他屬於全能型戰士，有各種類型的技，可以與他人組合用二、三人技，他的魔法屬性為“天”。
瑪 爾：
（マール）
加爾蒂亞王國的公主，頑皮任性但性格善良，對克羅諾有好感。她是僧侶型的人物，會多種回復技，魔法防禦力很高，但攻擊力和物理防禦力很弱。魔法屬性為“水”。
露 卡：
（ルツヵ）
克羅諾的好友，發明家。她是魔法師型人物，各方面能力與瑪爾相似，她的魔法屬性為“火”，擁有多種厲害的火系的技。
卡艾魯：
（ヵエル）
中世紀的劍士，原名格雷，因中了魔王的咒語而變成青蛙人，是個重感情的人，為了守護王妃可以犧牲自己的生命。他的速度很快，威力也大，另外，他與別人組合的回復二人技很有效。魔法屬性為“水”。
羅 博：
（ロ ボ）
未來世界的機器人，對電子學有很深的造詣，是個有趣的家夥。它由於是機器人，不能用魔法，但它的激光和電擊有相當於冥系和天系魔法的效果。它有強大的威力和物理防禦力，HP也最高，但魔防就低了，而且二人技也不是很有用。
埃 拉：
（エイラ）
原始時代的酋長，是個直心直肚的人，十分豪爽。她有超強的反射神經，速度是最快的，她沒有魔法型的技，但有最強的物理攻擊，與羅博壹樣，魔防較低。
魔 王：
（ジヤキ）
他有各系魔法的全體攻擊，還有獨門的最強暗黑魔法和黑洞魔法，擁有最強的魔法攻擊力，也有相當的速度和力量，弱點是物理防禦力較低，也幾乎沒二人和三人技，他的魔法屬性是“冥”。
攻略：
壹天早晨，特魯斯村的少年克羅諾被母親叫醒，母親告訴他今天是加爾蒂亞王國建國壹千年慶祝日，王國為此舉行了盛大的千年祭；而且他的好友露卡也將在會場公布壹項新發明。克羅諾於是領了200元錢去參加千年祭。出了家門，千年祭會場在村東北，但最好先去村長家了解壹下本遊戲的基本指令或去西北的加爾蒂亞森林去熟悉壹下戰鬥。
會場果然很熱鬧，有各種遊戲諸如賽跑賭博，喝酒比賽等，贏了能得籌碼。在會場中心，克羅諾與壹位少女相撞，少女的壹串項鏈丟失了，在右上方找到項鏈後還給少女，她十分高興，告訴克羅諾自己叫瑪爾，並想壹起玩。在會場中聽說公主不見了。兩人來到上方，卻被人攔住，說露卡正在裏面調試機器，要壹會兒再開放。這時到會場外圍與噴泉旁的壹人談了壹下露卡的發明就可以去參觀了，可是瑪爾……真麻煩！
剛到參觀的空地，就聽見塔班（タベン，露卡之父）正在介紹這個發明——“超次元物質傳送機壹號”。在露卡的邀請和瑪爾的慫恿下克羅諾進了左筒，正象介紹的那樣，克羅諾被傳送到了右筒。頑皮的瑪爾忍不住也想壹試，機器開動了，突然，瑪爾的項鏈開始發光，出現了壹個時空洞，瑪爾被吸了進去，大家都驚呆了，露卡和塔班也不明白出了什麽事。這時克羅諾到左筒撿起瑪爾留下的項鏈並走了進去，說道：“無論如何，我不會丟下她不管，我要去找她。”深知克羅諾性格的露卡發動了機器，臨別時她喊道：“等我找到了障原因，壹定去幫妳們”。
經過壹段光怪陸離的空間，克羅諾出現在壹座景色迷人的山上，這有些小魔族，很好對付。下了山，這裏是多麽眼熟啊！到村裏壹問，才明白自己竟到了公元600年(王國建國就是公元零年)。無論如何，快去找瑪爾吧。克羅諾通過加爾蒂亞森林，來到了王城，但衛兵卻不讓進，幸而王妃召見了他。進了城，見過了國王和大臣(怎麽大臣那麽可疑？不管他，去找王妃吧)。上右樓梯到了王妃的房間，王妃屏退左右，“妳怎麽也來了，克羅諾？”
“？！”
“……是我呀，我是瑪爾。(原來王妃竟是瑪爾！)我在山上被人發後，他們說我是失蹤的王妃，並把我帶到了這裏……怎麽，我的心跳得這樣厲害，幫幫我克……克羅……”說著，瑪爾化作壹道白光消失了。驚惶失措的克羅諾向樓下跑去，在樓梯口被叫住，原來是露卡，她找到了轉送機的問題，並制成了時間機器。聽了克羅諾的話，露卡想了壹會兒說：“我明白了，瑪爾壹定是王國的瑪爾蒂亞公主，也就是這個時代王妃的後代，而現在王妃的生命受威脅，如果王妃死了，那麽瑪爾蒂亞公主也不存在了，所以當務之急是去救王妃。”為了找到王妃，兩人在村子的旅館中偶遇冒險家托馬(トマ)，照他說的到了西邊的修道院。修道院中壹片祥和，但兩人在講臺前發現了壹個發光物，“這是什麽？”克羅諾道。“這……這不是加爾蒂亞王家的紋章嗎？”露卡驚道。
這時，修女們圍了上來，突然，她們都變成了妖怪！戰鬥開始了，人並不厲害，勝利後，還有壹個沒斷氣，這時壹名青蛙劍客出現打倒了妖怪。青蛙自稱是王妃的衛士，名叫卡艾魯，並加入了隊伍。奏響左上角的管風琴，秘門打開了，大家這才發現修道院是妖魔們的總部！開始戰鬥吧！在右邊裏面的房間(就是妖怪們冒充國王和王妃的那間)右有壹間密室；還有就是風琴開秘門，骷髏標誌開釘板機關。
終於面對頭領了，敵人是妖魔亞克拉，就是它冒充大臣抓走了王妃。可以讓克羅諾和卡艾魯用二人技“エックスぎり”攻擊，露卡用持物回復。惡戰後，亞克拉消失了，王妃和真的大臣都得救了。回到王城，國王和王妃謝過克羅諾三人，卡艾魯見王妃平安便告辭了。再來到王妃的房間，兩人驚喜地發現：瑪爾又出現了！由於知道了瑪爾的真實身份，大家決定回到現代。
來到山上克羅諾剛出現的地方，只見壹個發光的小洞，瑪爾問道：“我們從這兒回去嗎？”
“是，瑪爾，”露卡說著取出壹個儀器，小洞壹下子變大成了時間隧道，“哈哈，怎麽樣？這就是我的新發明，我把它叫做Gate(門)，可以用這個GateHold(門的控制器)控制它並實現穿越時空。但我還有不少問題沒搞清楚。”
三人通過隧道又回到了現代，露卡去研究她的Gate了，羅諾和瑪爾壹起去王城。剛進加爾蒂亞城，大臣就沖了出來，不由分說便叫人把克羅諾抓起來了。之後舉行了公審，無論克羅諾如何分辯，都將被“公正”地判處“死刑，三天後執行”。
克羅諾被投入了死囚牢。“不能就這麽死了。”克羅諾敲起了柵欄門，幾次後，獄卒開了門，壹下打倒了他，罵罵咧咧地往回走。克羅諾爬了起來，拔出劍打倒了獄卒。“逃犯！”另壹個獄卒叫道，但也被擺平了，克羅諾逃出了牢房。在獄中，值得壹提的是：①遇到執大盾的敵人，應該等他們轉過盾再攻擊；②對付獄卒可以繞到其背後給他壹下從而避免戰鬥；③在出口附近的壹間牢房中有壹個洞，可出去爬到兩個不能由門進的牢房中取寶。逃出了監獄，獄長見到了克羅諾，嚇得想去報告，卻被打了下來，原來是露卡來救克羅諾了。兩人壹起向外逃，不料在路上被大臣用壹輛戰車——“龍戰士”截住，戰鬥又開始了。這輛戰車對當時的主人公們來說還是較難對付的，可以先用二人技“かえんしゃりん”消滅它的身體和車輪，使其喪失全體攻擊能力，再用普通攻擊消滅頭部就方便多了，在這壹過程中及時回復是極為重要的。幹掉了戰車，從大臣和衛兵的“人橋”上走了過去(多踩幾腳解解恨)。
從衛兵中突圍到了門口，瑪爾公主出現了，她不顧父命，跟克羅諾壹夥逃了出去。在眾人追捕下，三人到了森林中的空地，只見……又是壹個Gate。“走吧！”瑪爾道。露卡道：“這不行，我們不知會到哪兒去，也不知能不能回來。”瑪爾道：“我才不管呢，只要克羅諾和我們在壹起，管它是什麽地方。”正爭論時，大臣壹夥趕到了，看來已無路選擇，於是大家打開了時間之門……
三人出現在壹個莫名其妙的房子裏。“這裏什麽地方？”克羅諾問道。“大臣沒追來吧。”瑪爾還驚魂未定。“看來這裏的文明很發達呢。”露卡道。“可別到了外星球。”瑪爾道。
三人出了房子，只見天空灰暗，風雪呼嘯，滿目蒼荑……由南邊的半球體中的人指點，通過北方的16號廢墟，到達阿利斯半球體。其中的老人德恩(ドン)告訴大家地下室中有食物和種子，還有壹個能察出Gate的記錄器，但由於機器故障，地下室中的保衛系統使他們無法進入，於是三人就下了地下室。在壹間房間裏，巨大的機器衛士出現了，這個大家夥有兩個副機，建議先消滅壹個，因為都消滅的話它會再生，必要時用二人技“かいてんオ—ラ”進行全體回復。獲勝後，到存放食物的房間，調查後回到來時的鐵架上。這時要抓壹只老鼠，按B加速，按A捕捉，如失敗可來回幾次。抓到後它告訴了開通道路的方法是在控制器前同時按L和R鍵不放再按A鍵。照它說的到剛入地下室的地方，在右邊的控制器前用此法，果然道路通了。進門後，通過繞來繞去的路，到了壹個有記錄儀的房間。露卡使用機器，發現東面的普羅美提半球體有壹個Gate。瑪爾也按了壹個開關，屏幕上出現了公元1999年“拉沃斯(ラウォス)日”的記錄。目睹把美麗、文明的世界變成廢墟的怪物，大家震驚了。
“拉……拉沃斯，世界會受到這樣的災難？”露卡喃喃道。“這難道就是我們的未來？太殘酷了！”瑪爾叫道。過了壹會兒，瑪爾說道：“這個未來，我們壹定要改變它！怎麽樣，克羅諾，露卡？”露卡也說：“我們可以用Gate來做到，是吧，克羅諾？”
克羅諾當然同意，於是三人決定回到現代去進行預防工作，由於來時的Gate已經被封，所以只能去普羅美提半球體。回到地面，德恩謝過後告訴大家走32號廢墟，但有個怪機器人……
出了阿利斯，建議先到南面的地下水道跡去，那裏有些好裝備。在地下水道跡，要註意①不要漏了墻後的路；②將紅色的開關撥成綠色；③不要太好奇。在出口附近，會遇到怪物克羅利，它的拿手絕活是把人打得體力只剩1點(如本來就是1點，則不減體力)，所以要合理回復。出口處左有壹開關，可以把橋接通，以後來往就方便多了。出來後可以到達死之山和監視者半球體，現在沒什麽必要去，還是去32號廢墟吧。
32號廢墟中停著壹輛漂亮的跑車，克羅諾剛碰壹下就出來幾個衛兵，正待開戰，壹個會變形的機器人傑尼(ジョニ—)出現了。傑尼壹定要與克羅諾賽車，克羅諾接受了挑戰，這樣，就能欣賞到動感十足的賽車畫面了。在賽車時，當右下角能量加滿後按B可加速，不過只能用三次。如果獲勝，可直接通過32號廢墟，輸了就只能打過去了。
終於到了普羅美提，在那裏見到了壹個損壞的機器人，露卡發揮他的天才修好了它，由於原名R66-Y型叫著太別扭，克羅諾起名叫羅博。大家說明了來意，但有Gate的房間的門由於電力系統的故障而打不開，羅博認為可以到北面的工場啟動非常電源，這時瑪爾和露卡之間必須選擇壹個留下，建議把露卡留下。
三人來到工場，羅博關閉了激光柵欄。走進去，可以看見兩個電梯，左邊的通向研究所，右邊的通向工場。工場中道路復雜，又有多種麻煩的開關裝置，筆者第壹次玩在這裏陷了壹個多小時，不過能找到不少好的裝備，而且在這裏才能找到開研究所大門的密碼。在研究所最下層的房間中，啟動門邊上的電腦，聽到“叮咚”壹聲後依次按XABY四鍵，門就能打開了。進了門，看到房間中部有壹個開關，按動開關後，突然警鈴大作，原來壹個電腦精靈的封鎖被打開，逃了出去。
這時，壹切電器都失靈了，電梯已不能使用，只好用樓梯。在壹個房間裏，羅博被六個同類型的機器人打壞，兩人將羅博運回了普羅美提。露卡修好它後，大家打開了門，進入了Gate……
這次到了壹個更為奇怪的地方，那兒的老人告訴大家這裏是時之最果，就是時間的盡頭，是由於時間隧道中出現了四個人而產生了超載，所以來到了這裏。這時得留下壹個人在最果，以後在移動畫面中按Y鍵可隨時換人。在老人的指引下，大家到右上方的壹個小房間，裏面有壹個自稱戰神的家夥，它要求克羅諾壹行順時針繞柵欄跑三圈（壹定要按著B鍵跑），照辦後大家就能用魔法了！不過只有在狀態欄的頭像邊有字的才能用(如克羅諾為“天”，露卡為“火”)，所以每個能用魔法的夥伴包括以後加入的都應該見見這們位戰神”。之後可以與“戰神”戰鬥，如獲勝有很大好處。現在到左上的平臺，在光柱中按A就能進行時間旅行了，這時應該去A.C.1000年的美提那村。
在壹個櫃子裏，三人走了出來。只見兩個小魔族正在吃飯，原來這個村子裏四百年前人魔大戰後魔族聚居的地方。在好心的小魔族的指引下，三人來到村西。可以先去小屋拜訪兵器制造家博修(ボッシュ)，買些裝備，再去北面的黑克蘭山洞。
洞中有不少視人類為死敵的魔族，對付它們大都要用新學的魔法才有效。通過彎彎曲曲的道路，淌過淺灘，終於見到大惡魔黑克蘭了。
用物理攻擊效果不大，最好用魔法，在它進入反擊狀態時不要攻擊(它也不會攻擊)，戰勝它並不困難。黑克蘭在臨死時說拉沃斯是魔族之神，於是克羅諾認為該去中世打倒魔王，消滅拉沃斯，就能改變未來了。再向上走，通過海底水流，三人到了露卡家的附近，去探望壹下克羅諾的母親吧。
從千年祭會場的Gate到了最果，再“換車”前往A.C.600年的中世。
到修道院南的薩南橋，聽了騎士團長的話，三人來到加爾蒂亞王城中的廚房要超級肉，但不管是找廚師長還是在桌前點菜都沒有用，只好悻悻而去時，卻被廚師長叫住，原來他也有熱心的壹面呀。
克羅諾回到薩南橋，只見兩名騎士已經受了傷，將廚師長給的肉交給騎士團長。團長準備以死殉國，正在交待後事時，忽聞魔王軍來了，克羅諾要幫助騎士團，便向橋中跑去……
橋上會遇到魔王的三大變態部下之壹的比內加(ビネガ—)，這個家夥不斷使喚骷髏想阻止克羅諾，但沒什麽用。壹直到了橋頭，比內加招喚出壹個合體怪物，只要用非天系的攻擊(如果用天系的技反而會使敵HP回復)，再註意回復便不難獲勝。
過了橋來到聖特利諾村，在村長家，可以見到冒險家托馬也在那兒，正接受委托去找虹色貝。再去旅館，跟據托馬的話，前往南面的森林，在最裏面的壹堆草中探索，可以找到卡艾魯居住的小屋。
克羅諾將打倒魔王的想法告訴了卡艾魯，但他認為不可能，除非有傳說的神劍克蘭德利昂。
為了找到神劍，三人到了南面的帕勒普裏村，從村長家得知神劍就在聖特利諾村東的蒂那特山上。到了山上，會遇過少年“勇者”達塔(ダ—タ)。山上的路較難走，但對玩到這兒的玩家應該沒什麽問題。值得壹提的倒是壹種手持大槌的敵人，攻防都很厲害，其實只要讓露卡用火系的技燒毀槌子，它就不足為懼了；還有在山頂上有壹只在觀賞風景的豬，連續與它說幾次話就能得到壹個使魔力成長的寶物。到了秘洞中，神劍克蘭德利昂插在地上，但寶物都不是那麽好獲得的，還得與守護神戰鬥。剛開始，只要小心他們的二人技，再集中攻擊壹人，他們並不難對付。但之後兩人合體(悟天和特蘭克斯？)後就厲害了，要作好持久戰的準備，耐心戰鬥，及時用全體回復。獲勝後，去拿劍……怎麽只有劍刃？不管了，帶回去吧。
乘著風出了蒂那特山，在最南邊的帕勒普裏村的達塔家找到了達塔，據他說的去找卡艾魯。在卡艾魯家的壹個壇子裏找到了他以前得到的克蘭德利昂的另壹部分，那部分劍上刻著“博修”。
“博修？就是美提那村的博修？”瑪爾立刻想到。
帶著劍的兩部分，經過最果，三人到美提那村找到了博修。果然，這把劍曾是博修的，他說要修好它，就必須有與劍材料相同的赤輝石，但這種石頭只有遠古才有。於是三人又來到最果，進入公元前(B.C.)6500萬年的光柱，到遠古去尋找赤輝石。
剛壹著地，克羅諾壹行就被包圍了，敵人越打越多，這時壹個原始時代的女性出現了，她幫助克羅諾壹起消滅了敵人。經介紹她叫埃拉，很喜歡有力量的人，便邀請三人參加村裏的晚會，並說村子裏就有赤輝石，大家便高興地壹起到埃拉的村子。
在晚會上，大家才知道埃拉原來是酋長(母系社會？)，她給了克羅諾赤輝石。在盡情的慶祝中，克羅諾和埃拉比賽喝酒，大家都醉倒了……
三人醒來，發現晚會場已是亂七八糟，地上到處是巨大的腳印，再壹查，GateHold也被盜，這樣，克羅諾就無法回去了。大家找到並叫醒了埃拉，她認為是死敵恐龍人幹的，便加入隊伍壹起去找恐龍人。
跟著腳印，三人到了南面的迷幻森林，遇到了吉諾(ギ—ノ)，他正準備只身去找恐龍人，埃拉叫他去守村子，並說萬壹她回不來，就讓吉諾繼承酋長之位。在森林中，由於有了腳印，追蹤很方便，不過完全踩著腳印走容易遇敵。通過森林，到達了恐龍人的老巢。這裏有不少敵人，其中有壹種綠色的大恐龍較厲害，可以用電擊魔法攻擊，這樣它的防禦力和攻速會因為“觸電”而下降。
在最裏面的山洞中，找到了恐龍人之王阿紮拉(アザ—ラ)，他將怪獸那茲貝爾叫出來戰鬥。這個怪物很強大，可以用電擊(天系)的壹人或二人技使之防禦下降，但它也會由此使用將電放出的全體攻擊，不過與它原來的絕技相比，這還是合算的。艱苦的戰鬥結束了，那茲貝爾被擊斃，阿紮拉放下盜得的GateHold逃跑了。
回到村中，克羅諾帶上赤輝石，告別了埃拉和村民們，通過時間隧道到了美提那村，博修將神劍克蘭德利昂修好了！快去找卡艾魯吧。
見到神劍，卡艾魯大吃壹驚，他回憶起了痛苦的過去，他的原名格雷和好友賽拉斯……
“克羅諾，我決定了，壹起去魔王城吧。”卡艾魯說。
大家來到了東邊臨海的魔巖窟，卡艾魯撫著巖石，又想起了賽拉斯……但賽拉斯已經死了，卡艾魯終於擦幹了淚水，“魔王！我的名字是格雷，往日的恩怨，讓我們作個了斷吧！”神劍的光輝劃破了長空，擋路的巖石被劈開了，大家進了洞中。這時有壹只蝙蝠會壹直跟著大家，壹遇敵就飛走，很可疑。
通過魔巖窟，到達傳說中的魔王城了，城內正和想像中的壹樣陰森、恐怖。剛進城，會發現壹個敵人也沒有，在探索過左右兩邊的房子後，再回到中央就看到比內加在那裏。他說魔王的另外兩個(變態)部下：外法劍士索伊索(ソイソ—)和空魔士瑪由妮(マヨネ—)正在等著克羅諾壹行。
可以先去左邊打外法劍士，索伊索壹開始托大不用劍，很好對付。獲勝後索伊索開始用他的真功夫，他有好些大威力的劍術，而且水系魔法對其不起作用，要耐心戰鬥，註意回復。勝利後，可僥獲他的劍。再到右邊去打空魔士吧，與外法劍士相比，這個“空魔士”實力太差了，什麽……是假的？原來那只壹直跟著大家的蝙蝠才是真的空魔士！瑪由妮其實沒什麽厲害的攻擊魔法，倒是壹些輔助攻擊的魔法花樣百出(難怪叫“空”魔士)。
幹掉了魔王的兩個部下，通過傳送進了中央的大廳。在最裏面見到了比內加，他還在叫索伊索和瑪由妮，當然不會有人答應。比內加見自己就剩壹人了，便堅定果斷地使出絕技——腳底抹油。克羅諾壹行經過討厭的機關和艱難的空中樓梯(也能方便地過去)，總算追上了比內加。他的“作繭自縛”防禦可十分“有效”，正面攻擊顯然行不通，其實只要打掉邊上的四個絞盤，比內加就會掉下去。
接著就要與魔王決戰了，魔王極為厲害。建議用克羅諾、卡艾魯、瑪爾三人，這樣有全體回復的二人技。對付魔王最好用物理攻擊，因為只有用魔王剛用過的那壹系的魔法攻擊才有效，如魔王剛用了天系的魔法，那就不能用天系以外的魔法攻擊，壹旦用錯了就會適得其反。
魔王被打敗了，然而魔神拉沃斯卻因此覺醒，產生了壹個超磁場，大家和魔王都被吸了進去……
迷迷糊糊中，克羅諾仿佛聽到瑪爾在叫自己的名字，但清醒過來壹看，原來是埃拉，自己又來到了遠古，而魔王卻不知去向了。大家休息了壹天，第二天來到村西北的帳篷處，看到埃拉正與長老爭論。原來吉諾去打恐龍人卻被抓，埃拉想壹人去救他，長老先前反對，但被纏不過，只好同意。大家根據長老的話到北面山上的普提蘭之巢。這裏又是山路，敵人大多攻速快但威力不大。到了山頂，看見埃拉正在召喚普提蘭鳥，克羅諾說要壹起去，埃拉答應了，便又召喚了兩只鳥，壹起飛向東南方的提朗城。
城內象迷宮壹樣，加上機關重重，路很難找。在監獄中，大家救出了吉諾和村人。繼續前進會再遇到壹個那茲貝爾怪獸，打它已有經驗了吧。總算找到阿紮拉了，談了壹會兒，就聽見傳來了恐怖的吼叫聲，原來是巨大的怪獸提拉諾，阿紮拉跳上了怪獸的肩，戰鬥開始了。建議用克羅諾、埃拉、卡艾魯或瑪爾，這樣回復容易些。先用大威力攻擊把討厭的阿紮拉消滅；大怪獸的普通攻擊並不厲害，但防禦力很高，可以在它用必殺技前的準備期集中攻擊，因為這時它的防禦力會減弱；在它用了必殺技後立即全體回復。
終於勝利了，阿紮拉倒在了地上，就在這時，壹顆小星球般的紅色球體飛到了地球(？)，而且好象要落在提朗城的位置，幸好吉諾及時趕到用普提蘭鳥救了大家，球體砸毀了提朗城。
“是拉沃斯，原來它是這個時代來到地球的。”
“拉沃斯，厲害嗎，克羅？”埃拉問，“走，看看去。”
三人到了被毀的城跡，看到又出現了壹個Gate。埃拉將村子交給吉諾，與克羅諾等壹起通過隧道來到了壹個冰天雪地的世界，這時是B.C.12000年，古文明時期。克羅諾等通過天之道到了飄浮在空中的魔法王國捷露，這兒有極先進的科學，魔法與科學被完美地結合在壹起。這裏有不少隱藏寶物，還有正在建造中的大飛機黑鳥號。
大家到達了最高處的捷露宮殿，卻無法打開正殿的門。去右邊的房間，可以看見公主薩拉(サラ)和王子佳基(ジャキ)，過壹會兒會有壹名侍女叫薩拉去正殿議事。再到正殿的門口，看到薩拉用壹串項鏈開了門，克羅諾也如法炮制(項鏈是瑪爾的)，卻打不開，問問邊上的人才知道薩拉的項鏈接受了魔神器——魔法王國的動力之源——的力量。於是克羅諾到左邊的房間去讓魔神器的光照射項鏈，再開門就能成功了。
正殿內，捷露女王正和薩拉等人議事，見三人進來，聽說是異國人，便要抓起來。大臣德爾特恩(ダルトン)召喚出壹個泥石怪和克羅諾等戰鬥，這種怪物有壹種特性，就是妳用什麽系的攻擊，它也會用這個系的技反擊，所以盡量用水或火系的技，因為它的這兩系攻擊較弱，別用物理攻擊，否則會吃大虧的。無論輸贏，三人都將被打倒，然後被送到遠古來的地方，並且來路也被封印。
大家想起用項鏈開的門上的紋章在未來世界也見過，於是克羅諾等又前往A.C.2300年。
通過地下水道跡，三人到了監視者之半球體，打開裏面的紋章之門，就可以找到魔法王國三賢者之壹的理之賢者格修(ガッシュ)的遺物——時間之翼，就是壹種時間飛船，它能來往於各個時間。現在可以打開封印的寶箱了。
乘座時間機器又回到了古文明時期，這時天之道已然封閉，大家前往北部的古代先民的洞穴。從洞中的先住民處了解到魔法王國的命之賢者由於反對女王建造海底神殿的計劃，而被關在了漂浮在空中的悲傷之山上，克羅諾認為應該去救賢者。三人來到底層的洞穴中，經歷幾次戰鬥後，與老巢中的魔族交戰，敵人除了單體攻擊外沒什麽厲害的。
順著鐵鏈上了悲傷之山，壹直向上爬吧。到了山頂，只見壹塊水晶在壹個平臺上，水晶中似乎有人，正待上前，水晶消失了，出現了守護神，戰鬥有開始了。這個守護神很厲害，“兩腕攻擊”十分恐怖，建議用克羅諾、埃拉和卡艾魯三人，讓克羅諾用“ぜんりょくぎり”攻擊，其他兩人用二人技作全體回復，先打掉它的左手(右邊那只)，這樣它就不能進行回復，也不能用“兩腕攻擊”了，然後抓緊時間進攻頭部，因為手還會再生。好不容易消滅它了，命之賢者被救了出來，令大家目瞪口呆的是，命之賢者竟是博修！博修卻不認識克羅諾等人。據博修說，由於魔神拉沃斯的影響，女王的正義之心消失了……正在這時，發生了山崩，原來博修的封印被解除，山已不具備浮在空中的魔力，落下去了。
大家總算脫險了，壹起來到洞中。壹會兒，薩拉帶著佳基來了，她也反對海底神殿計劃，並請博修回王宮，正說著，王國的德爾特恩出現，抓走了薩拉。博修請克羅諾將魔神器破壞，從而使女王恢復正義，並給了克羅諾壹把刀。克羅諾出發了。
來到魔法王國的王宮要與德爾特恩打壹仗，這個家夥不堪壹擊，逃到了海底神殿，克羅諾追了下去。
在神殿中有三種小精靈，按顏色分是天、水、火，只有用相應的魔法攻擊才特別有效，所以要帶上相應的夥伴。神殿的道路和機關都很麻煩，耐心地尋找路吧，別忘了墻邊的門啊。
又找到德爾特恩了，他這回召喚了兩只泥石怪。還是老辦法，用全體水或火技攻擊是很有效的。勝利後德爾特恩又逃了，再向裏走，可以看見捷露女王和壹幹人正在魔神器前。眼看魔神器即將啟動，克羅諾將博修的刀插了上去，魔神器化作壹片白光消失了。過後，魔神拉沃斯出現在大家眼前，面對這強大的力量，克羅諾等終於不支而倒下了。這時，王國的預言者來了，他脫去外袍，原來預言者竟是魔王！魔王因為看清拉沃斯想毀滅世界的真面目，便要打倒它，(跟短笛很相似呢)然而，魔王也不是拉沃斯的對手。世界就要被毀滅了，在這千均壹發之跡，克羅諾挺身而出，用自已的生命減弱了拉沃斯的威力，但即使這樣，魔法王國及其文明都從此消失了。
大家都落在了地面上，地之先民救了他們，但克羅諾……
調整好人員(建議帶上埃拉，原因以後再說)，來到殘存村落的廣場。正在與長老談話時，德爾特恩忽然來了(怎麽這個人渣還沒死！)，他自稱為新王，又使用卑鄙手段打倒並抓住了三人。
醒來後，大家發現自已在壹個鐵房間裏，爬上樓梯往外壹看