然後有人蘇醒了，回到了“現實世界”，開始進入母體營救仍在“沈睡”中的人（第壹代救世主）。
這個是背景
壹個據說可以預知未來的先知告訴反抗組織，找到救世主就可以結束戰爭，反抗組織其中的壹個領導人物莫菲斯對此深信不疑，並找到了尼歐，認為他就是救世主，把他從母體中救出來，對他進行訓練，然後帶他去看先知，然後先知見到尼歐之後，卻說他不是救世主，而同時，莫菲斯的壹個屬下叛變，他們被電腦人困住，為了救出尼歐，莫菲斯被擒，尼歐決定營救莫菲斯，跟崔尼蒂兩人成功將他救出來，但在最後的逃亡中，尼歐被電腦人抓住，並被打死，然後崔尼蒂在現實中吻了尼歐，尼歐復活，擁有了看穿部分代碼的能力（超能力），然後殺死電腦人史密斯。
這是第壹集。
在第壹集的末尾，尼歐擁有了超能力，如飛行，而且可以比較輕易的打敗電腦人，然而由於尼歐的復活，程序出現了邏輯性的錯誤，史密斯拒絕被刪除，並且升級，變成了病毒，擁有了復制自己的能力，實力不斷增強。而尼歐等經過重重波折，最終來到萬物之源，見到了設計師，設計師告訴尼歐，在他的前身還有五代救世主，言語中所包含的意思似乎他們認為是現實世界的錫安也並非是真實世界，並且，人類的家園錫安即將被毀滅，尼歐只能做出兩個選擇，壹是進入主機，在錫安毀滅後重建錫安，但是這樣的話崔尼蒂就會死；第二是出去營救崔尼蒂，放棄拯救世界，尼歐最終選擇了後者。
這是第二集。
接上集，尼歐發現自己竟然在現實世界中也擁有部分超能力，能夠用念力殺死機器烏賊，然後昏迷，不經過連線意念進入虛擬世界中，並被壹個名叫火車人的程序困在虛擬和現實之間的壹個地方，莫菲斯等人將他營救出來，而同時機器展開了對錫安的總攻，人類束手無策，坐等滅亡，尼歐帶著崔尼蒂闖入機器城，跟其首腦談判，讓自己去跟史密斯決鬥，機器停止對人類的進攻，最終尼歐跟史密斯壹起被刪除，戰爭結束，母體實現了再次升級