加藤清正的頭壹個功勛是在天正九年（1581）秀吉攻打鳥取城的戰役中獲得的。因為這個功勛，清正得到了加封壹百石的賞賜。翌年，即天正十年（1582）羽柴秀吉全力攻打備中的門戶高松城，在攻打高松外圍的冠山城之戰中，清正身先士卒、斬將奪旗，立下頭功。此戰之後，加藤虎之助清正的勇名在秀吉軍慢慢流傳起來了。
正當羽柴秀吉和毛利氏在備中鏖戰的時候，本能寺之變爆發了。織田信長橫死之後，羽柴秀吉和柴田勝家間爆發了爭奪繼承權的戰爭。在決定性的賤嶽會戰中，以加藤清正、福島正則為首的“賤嶽七本槍”居功至偉，名揚四海（時年二十二歲的加藤清正手刃山路將監）。賤嶽會戰之後，清正由物頭晉升為主計頭，秀吉配給他鐵炮五百挺、與力二十名，賜予食祿三千石。福島正則因為比清正年長，得食祿五千石，比清正多了整整二千石。清正對此頗為不滿，壹度竟拒絕接受秀吉的賞賜。
石田三成是在賤嶽會戰後開始活躍的，此後的幾年裏，隨著秀吉的勢力向四國和九州不斷擴張，三成和清正各自在豐臣政權中起到了越來越大的作用。天正十三年（1585），清正以四國征伐軍軍監的身份參加了征討長宗我部元親的戰爭。班師途中，清正為追悼亡父清忠在難波故地建立了壹所寺廟。
豐臣秀吉統壹日本戰爭在十六世紀九十年代進入了尾聲。在天下承平的環境中，石田三成這樣的能吏顯得更有用武之地。他作為秀吉的側近家臣來發揮自己的才能，因此他長年身處豐臣政權的權力中心。加藤清正與石田三成不同，他作為戰將在全國各地沖鋒陷陣。石田三成和加藤清正各盡其才，為豐臣家的基業添磚加瓦，或許秀吉在將二人羅致到長濱城的時就有了這樣的全盤考慮。
加藤清正是那種為數不多的身後極少受到非議的人。熊本當地的百姓今天依舊將虎之助尊稱為“清正公”。可以毫不誇張的說，當地百姓對加藤清正的種種愛慕之情已經形成了壹種“清正信仰”。在九州同樣具有極高聲望的戰國武將新納忠元受百姓愛戴的程度遠遠不能與清正相比。如果說有哪個歷史人物在日本民間的受歡迎程度與能與加藤清正壹較短長的話，恐怕惟有西鄉隆盛壹人。在日本，加藤清正就是高大全的完人的代名詞。如果有人不幸被擺在清正的對立面的話，他幾乎肯定就是壹個最最卑鄙無恥的小人。
在江戶時代，加藤清正在日本民間成了人們頂禮膜拜的對象。當時在京都也出版了清正的菩提所---熊本本妙寺的旅行指南。 清正如此高的聲望與完全源自日本民間對豐臣秀吉的崇拜並不存在直接的聯系。江戶時代，在細川家統治下的熊本，農民們將清正視為農業的保護神，幾乎每個村落都設有祭祀加藤清正的神社。二戰之後，隨著熊本縣移民海外人數的激增，日本國內外有相繼建起了五十所清正神社。每當加藤清正忌日的夜裏，菩提所本妙寺舉行的頓寫會上人聲鼎沸，每個熊本人把清正當作自己的恩主，“清正公信仰”在熊本人的心底深深地紮了根。在大正、昭和前期，民間在端午節那天都要掛出繪有“清正虎退治”（壬臣、丁酉倭亂時，加藤清正在朝鮮的獵虎活動）的旗幟。當時軍國主義思潮的泛濫，對加藤清正的崇拜也成了宣揚軍國主義思想的途徑。昭和十年（1935），熊本的政客安達謙藏建起了三賢堂用來祭祀清正。此地雖然在名義上宣揚“武神”清正的偉業，實際上則充當了熊本地方政府用軍國主義思想毒害人民的場所。 肥後的暴動最終在九州各大名的圍剿和加藤清正、小西行長的努力下得以平息。壹千多顆大小國侍的首級被送到了秀吉那裏。不幸的佐佐成政因為“玩忽職守”被秀吉賜死，在攝津尼崎切腹自盡。在這次暴動中被殺的肥後人多達五千七百余人，那些死者的親屬和僥幸逃脫的暴動者在街頭巷尾咒罵屠殺自己親人的加藤清正和小西行長。對此有所覺察的清正在領內四處散發安民告示，宣布：“我以仁慈來使萬民歸附”
此處暫且不提清正是如何安撫肥後百姓的，就在他和小西行長上任後不久，行長領內的天草半島發生了大規模的國人壹揆。天草的大矢野、誌歧、上津浦、棲本和天草黨被稱為天草五人眾，他們因為不願意負擔小西行長修築宇土城的勞役而起兵造反。天正十六年九月，小西行長出兵渡海攻打富岡的誌歧麟仙。小西軍的先頭部隊剛在袋之浦登陸，就立即遭到了誌歧黨的迎頭痛擊。激戰過後，上岸的軍兵幾乎全被殺死，主將伊地知文太夫陣亡。小西行長在鎮壓不利的情況下，不得已向加藤清正求援。這壹突發事件暴露了行長不擅軍事的弱點，這也成為以後清正蔑視他的原因。
加藤清正在應允出兵援助後，立即率兵壹千五百在川尻登陸，此時小西行長正親率四千五百人馬全力圍攻誌歧城。在這場被稱為“天正天草合戰”的國人壹揆中，最為激動人心的壹幕當屬加藤清正和誌歧麟仙部下第壹猛將木山彈正的“壹騎打”了。清正和木山彈正單挑的地點位於誌歧城附近的佛木阪。《清正記》中對這場搏鬥是這樣描述的：“彈正看到清正大喜，飛馬上前，舉槍便刺。”就在彈正的槍尖即將刺中清正的壹剎那，他大吼壹聲，擡手壹槍刺穿了木山彈正，緊接著又挑殺了彈正的兩名從卒。
但是，據天草地方的民間傳說，在決鬥當中是木山彈正占得了上風。正當彈正將清正壓在地上要取他的首級時，他的侍從們趕來了，他們在黑暗中問道：“彈正殿是在上面還是在下面？”。彈正由於語言障礙的緣故，沒有及時回答。而清正回答道：“下面！”於是彈正的侍從們便誤殺了彈正。在這兩種說法當中我們究竟應該相信哪壹個呢？我想每個人都會做出自己的選擇吧。
清正槍挑木山彈正瓦解了守軍的士氣，誌歧城沒過多久就陷落了。攻陷了誌歧城後，清正和行長的聯軍轉而進攻本渡城的天草種元，並在五天之內粉碎了抵抗。誌歧黨和天草黨的敗亡促使天草半島剩下的國人們紛紛降服，天正天草國人壹揆就此告壹段落。 然而事情並沒有結束，許多年以後，在修築熊本城的工地上，工人當中有人壹邊嘟噥著“這城會變成我的東西”，壹邊幹活。正當清正的部下盤問此人的時候，木村彈正的遺子，壹個名叫橫手五郎的青年趁著接近清正的機會襲擊清正。橫手失敗被擒後，兵丁們把他投入壹個枯井之中，並向井內投下巨石想壓死他。沒有想到，橫手五郎身具超常的神力，他竟然用手托住了巨石。清正的部下們感到沒轍，便問在場的工人：“怎麽才能把他治死？”有壹個人回答：“放砂子。”最後，勇敢的青年橫手五郎慘遭砂土活埋而死。
諸如此類有關肥後百姓反抗鬥爭的故事在天草壹帶廣為流傳。關原會戰後，當天草半島從小西行長領地變成了加藤清正領地的時候，清正極力懇求家康允許自己用天草半島來交換豐後國的土地，這樣清正總算是和天草半島斷絕了關系。此後天草半島的殘酷鬥爭繼續進行著，直到·····
所謂“兵者，詭道也”，欺敵而勝在戰國中是常有的事。關原合戰期間，清正進攻小西方的結城彌平次的愛藤寺城時，欺騙巖尾城主甲斐秋政說：“如果妳前來助攻愛藤寺城的話，我就確保妳現在的地位。”結果清正趁秋政出城的機會攻下了巖尾城。這條記載見於《矢部風土記》，但壹般在介紹清正事跡的時候都不會提到這些事。 豐臣秀吉在國侍暴動平定之後，勒令負有主要責任的佐佐成政切腹自裁，接著他將肥後國的領土重新作了劃分。除了球磨郡被賜給了相良長每外，其余的土地被加藤清正和小西行長瓜分，加藤領二十五萬石在北，小西領二十四萬石在南。關於此事還存在著另外壹種說法，秀吉曾當面垂詢清正：“妳想要讃岐壹國還是肥後半國呢？”清正早已從淺野長政處知曉了秀吉遠征大明的“誌向”，他誠懇的回答秀吉道：“惟願得賜肥後半國，好為征明的先鋒！”秀吉聽後大喜。
清正和行長同於天正十六年（1588）閏五月十四日上任。此間，清正隨同由秀吉派遣的以淺野長政為首的上使眾對肥後進行了強行檢地。在這次檢地過程中，那些在暴動後隱匿在鄉野的國侍被壹壹搜出，斬殺殆盡。上使眾在肥後壹直逗留到十月的收獲季節，最後他們帶著檢得的肥後五十四萬石的結果回到了大阪。 加藤清正和小西行長分別以隈本城和宇土城作為居城。清正所居之隈本城乃是當地豪族的世代居所。隈本城位於昔日的肥後國府的北郊，它在古代又有熊入、隈之莊、隈部和隈弁田的名稱。這裏在古代是九州的原住民--“熊襲”土著的中心地區。加藤和小西在肥後的頭等大事就是整頓領內。清正除了整頓隈本的城下町之外，還治理了長年為患的菊池川。菊池川是肥後北部的大河。盡管菊池川是肥沃的菊池平原的生命之源，但是在它流入有明海的入海口附近卻是壹片澤國。加藤清正對菊池川的治理不僅解決了了河水泛濫的問題，還給自己帶來了大片的良田。隈本城旁邊有壹條向南流的白川，為了保護城下町免遭洪水的侵襲，清正在白川的北岸修築了高大堅固的河堤。為了運輸建設城下町所需的物資，清正主持開辟了從隈本城到高橋津的水道。
肥後境內的水利工程有壹個最大的優點就是堅固、耐用，有相當數量的水利設施在經歷了四百年的時間沖刷後，今天依然為當地的百姓所利用。每當壹次水災過後，有驚無險的當地百姓都會情不自禁的說：“這真是托了清正公的福啊！”但凡河堤決口，他們就會怒氣沖沖的質問政府官員：“為什麽清正公造的堤歷經數百年都不倒，妳們這些現代科技的玩意豈不是廢物嗎？”不過，當地人在享受水利給他們帶來的好處的時候卻很少想到，這裏的每壹塊石頭都浸透了被清正掠奪到肥後來的朝鮮工匠們的血與淚。
秀吉命令小西行長和加藤清正在最短的時間內整頓領內、恢復民力，決不是出於對百姓們的掛念。此時，他已經深深的陷入了“超入大明國”的妄想之中。他的計劃是以肥後作為侵略大陸的重要基地與兵站。加藤和小西的使命是盡可能的榨取民力，擴充軍隊。因此擴充自己的家臣團成了兩人的當務之急。
與安南和暹羅貿易
在幫助行長鎮壓天草黨的戰爭中，清正目睹了天草百姓生活的困窘。清正感到，正是行長的橫征暴斂才激起了此次的國侍暴動。清正對於行長為了修築宇土城而施行的種種惡政非常的不齒，此後對其益發的蔑視。
小西行長在修築居城宇土的同時，還在八代構築了作為海外貿易港口的麥島城（元和元年，江戶幕府頒布“壹國壹城令”，肥後除了熊本城外，因為防範薩摩島津氏和海防的需要特別保留了麥島城）。行長除了進行南蠻貿易外，他還想以此城作為耶酥會在肥後的傳教中心。與此同時，加藤清正在北方築肥邊境的南關修築了鷹原城，在南方修築了防禦薩摩島津氏的佐敷城。
加藤清正總給人們的印象大多是在戰陣上沖鋒陷陣的將軍，但是事實上他是秀吉麾下少見的文武雙全的幹臣。秀吉之所以會任命清正為主計頭，就是看中了他精於算術的長處，也是對他善於理財的肯定。不過由於石田三成在豐臣政權中的壟斷地位，清正的行政能力很少得到用武之地。在秀吉的眼中，惟有戰陣是最適合加藤虎之助的，這樣的狀況將壹直持續到關原合戰。
清正統治肥後的時代，他的歲入實際上要達到七十五萬石。要做到這壹點，僅僅依靠田作簡直是天方夜談，清正的滾滾財源來自海外貿易。固然清正仇視基督教，對南蠻人也多持懷疑的態度，但這些並不表明他是壹個因循守舊的人，相反他是壹位頗具開拓精神的領主。清正的貿易船遠及安南、暹羅等東南亞國家，熊本還依然保存著阿瑜陀耶朝君主和安南的地方官員寫給清正的書信。 日本第壹次侵朝戰爭
1592年（萬歷二年年，朝鮮宣祖李昖二十五年）5月23日，秀吉發動侵朝戰爭。由於當年是朝鮮“壬辰年”，韓國歷史上稱為“壬辰衛國戰爭”，中國稱為“萬歷朝鮮之役”，而日本則把兩次戰爭分稱為“文祿之役”和“慶長之役”。
日軍方面，精心準備後傾國而來，陸軍方面有十六個軍團十六萬人，水軍有四萬多人。首先從名護屋渡海的有五個軍團，頭號陣指揮為精熟高麗語的小西行長。其後，依次為二陣加藤清正，三陣黑田長政，四陣島津義弘，五陣福島正則等人。海軍方面，九鬼嘉隆、加藤嘉明等人為首領，主要任務是輸送、護衛以及給養保證和後勤支援。
遠征軍
自武藏大納言德川家康以下，全日本大大小小的百數十家大名各率軍馬在名護屋集結。據《秀吉公名護屋禦陣之圖相添覺書》所記，當時集結在名護屋的軍隊***有二十萬五千五百八十五人。而秀吉為了這場侵略戰爭所集結的兵力則超過了三十萬人，這支侵略軍實乃日本古代史上空前絕後的大軍。
秀吉在名護屋所建之巨城，就規模而言，僅次於當時日本的第壹大城--大阪。秀吉在壹開始，試圖希望通過外交恫嚇來逼迫朝鮮協助自己完成“超入大明國，易吾朝風俗於四百余州”的夙願。
文祿元年（1592）四月十二日，小西行長的第壹軍分乘七百余艘兵船從從對馬島大浦出發。次日，即四月十三日，小西軍在抵達釜山的當天就攻陷了這座朝鮮的南大門，守將鄭拔戰死。在小西行長出發前，豐臣秀吉交代他要想方設法尋求與李宣祖媾和的途徑。秀吉不希望在朝鮮半島上的戰事遷延過長而讓明朝有時間調兵遣將。
四月十七日，加藤清正的第二軍和黑田長政的第三軍先後登陸。兵分三路，短時間內就席卷了朝鮮南部的慶尚和忠清兩道。
戰和兩難
日軍向朝鮮縱深的攻勢基本上是由小西行長和加藤清正的兩軍團承擔的。小西行長於四月二十三日、二十七日連敗李鎰和申砬所率的朝軍主力（以六鎮兵為主力），攻陷了戰略要地尚州和忠州。二十九日，日軍諸將在忠州召開軍議，商討進軍王京（漢城）的事宜。在這次軍議上加藤清正和小西行長之間爆發了正面沖突。加藤清正在軍議上抨擊小西行長：“子潛發而成功，由宗氏諳地理耳，非子之力。且殿下令予與子隔日為先鋒，公背之者何哉？自今日隔日為先鋒，以試其利鈍。”行長對此不以為然道：“已迫都城，不如分路而進，速拔之。”清正罵道：“背軍令，但貪私利，何似商賈之人哉！？”行長大怒，拔槍欲刺清正，壹邊的鍋島直茂連忙勸解道：“私鬥使貽笑於外邦，不忠之甚也。”松浦鎮信亦勸解道：“殿下令二卿***為先鋒，思慮深邃，非予輩所測知，二卿必知之，而今兩虎相搏，利敵損我，死而有余罪者乎？”清正和行長這才有所收斂，不再爭吵，然而二人之間的裂縫已經難以彌合。
五月九日，日軍攻占了王京，至此朝鮮的半壁河山不到壹個月內的時間裏淪陷了。在攻占王京後不久，加藤清正和小西行長繼續北進。行長的目標是平安道，清正的方向則對準了鹹境道。加藤清正的第二軍在進入鹹境道後，率先擊敗了北道兵使韓克誠的抵抗，緊接著又在會寧俘獲了朝鮮王子臨海君和順和君。清正在俘獲兩位王子之後，感到朝鮮的平定已成定局。清正命隨軍的僧侶起草告示，筆者摘錄兩段如下：“示諭境內之黎民及鰥寡孤獨。仆奉吾殿下之命，撫當境，要除苛政。而布善政，救民於塗炭。速還舊居，以修家業，勿疑勿疑。”又：“呈示境內之文物官僚：奉吾殿下之命，安撫此境內，仆雖不敏，要布善政於境內。各還本宅，以精武藝，則必應其器以授職矣。先服者賞之。不服者削之。請計之。”（可見日軍曾經出於久據的目的而維持過嚴格的軍紀。）加藤清正把鹹境道的經略任務交付鍋島直茂後，率兵五千渡過了圖門江，成了戰爭當中唯壹侵入我國境內的日軍將領。當清正在和野獸的周旋之中迎來文祿二年的新年之際，形勢發生了變化。
文祿二年（1593）正月九日，明提督李如松率領明朝聯軍收復平壤，小西行長所部壹萬二千余人在平壤之戰中被擊敗。
前線敗退讓豐臣秀吉在此後的三年裏，派出內藤如安與明國談判
掘墓人
在日本的民間風評當中，加藤清正總以剛正勇猛的武將形象出現，因此身為武家的清正對商人之子行長的蔑視被視為順理成章。但這不過是壹般人茶余飯後的閑談內容而已，盡管史料中有關二人不和的記載不在少數，但是他們之間的矛盾和他們所屬派系之間的矛盾密不可分。後世之人會有上述的印象，則是那些懷著“花惟櫻樹、人必武士”觀念的作家妙筆生花的結果。
不過在對待明日談判的立場上，加藤清正則是出了名的強硬派。清正認定明國根本不會理睬秀吉割讓朝鮮南方四道的要求，而行長卻故意制造和談順利的假象，他的欺詐行徑自然引起了清正的不滿。
慶長元年（1596）九月二日，明朝冊封使楊方亨在大阪城正式冊封豐臣秀吉為“日本國王”。然而當秀吉意識到明王朝給予自己的只不過是壹個空洞的頭銜，自己割占朝鮮南方四道和朝鮮遣世子為質的要求未被理睬後，天下人不禁大發雷霆：“吾掌握日本，欲王則王，何待髯虜之封。且吾而為王，若王室何？”此句出於賴山陽之《日本外史》，乃秀吉辱罵明使之辭，其與史實雖有出入，然卻頗能反映秀吉當時惱羞成怒的心態。當天夜裏，秀吉在驅逐明使出境後，立即發布了再征朝鮮的命令。至此，明日之間歷時三年的和平談判宣告破裂，這場毫無意義的戰爭仍將繼續下去。慶長二年正月二十壹日，毛利秀元、藤堂高虎、島津義弘、鍋島直茂、蜂須賀家政、宇喜多秀家、小早川隆景、淺野幸長、福島正則、加藤清正等諸將率大軍十四萬余自肥前名護屋第二次出陣朝鮮，史稱“慶長之役”。
接下來的壹年當中，明軍和日軍圍繞南部反復爭奪。在這壹系列爭奪戰當中，加藤清正親歷了從慶長二年十二月二十三日至慶長三年正月四日的蔚山之戰。此戰就雙方兵力和殘酷程度而言，都可算是七年戰爭之最。清正和淺野父子困守孤城的十天十夜，無疑是其軍旅生涯中最嚴酷的壹段日子。按照親歷此役的大河內秀元（守將太田壹吉的部下）在《朝鮮記》中所記，當時的蔚山城成了壹座人間地獄，每天都有大批軍兵因為饑渴倒斃。城中的幹涸的蓄水池裏堆滿了屍體，原本不食畜肉的日軍官兵因為饑餓難忍，將城中為數不多的牛馬全部吃光。加藤清正在那些日子裏真是到了山窮水盡的邊緣，如果毛利秀元和黑田長政的援軍晚到壹天的話，清正也許真要在蔚山“玉碎”了，然而他終於還是堅持到了解圍的那壹天。可是，加藤清正在前線的浴血奮戰卻不能使自己避免被陷害的命運，石田三成的讒言似乎比清正的戰功要更有說服力。
慶長三年（1598）八月十八日，豐臣秀吉離世，德川家康和前田利家遵照秀吉的遺囑，發布了撤軍的命令，這場歷時七年的侵略戰爭終於告壹段落。它對十七世紀東北亞地區的歷史進程的作用是決定性的，許多史學家認為這場戰爭是導致明朝滅亡的重要原因之壹。在日本國內，秀吉的家臣團在戰爭中分裂為兩大水火不容的陣營，他們的力量也已大為衰落了。在面對實力絲毫未損的德川家康的崛起，豐臣政權的前途未蔔。
通向關原
疲憊不堪的加藤清正回到大阪之後，拜訪了代理秀賴執掌政權的德川家康。他向家康控訴石田三成壹黨欺騙太閣、陷害忠良的種種惡行。家康在表面上肯定了清正的控訴，使清正加深了對自己的信賴。
1、家康的手腕
從朝鮮歸來後，加藤清正、福島正則、細川忠興、池田輝政、加藤嘉明、黑田長政以及五奉行之壹的淺野幸長形成了壹個反三成的聯盟。然而，當前田利家在世的時候，他們無法公開進行反對三成的行動。另壹方面，石田三成以小西行長、大村純忠、有馬晴信、毛利秀包和寺澤廣高諸將為羽翼，與所謂的“反三成派”展開明爭暗鬥。《前田家譜》、《關原覺書》和《改正三河風土記》記載，石田三成的心腹島左近曾獻策三成，計劃趁德川家康夜宿大阪藤堂高虎官邸的那個晚上將其刺殺。但是，從長束正家派遣的奸細那裏傳來了不利的消息，加藤清正、福島正則和細川忠興等將為了保護家康，齊聚於藤堂官邸。另壹方面，小西行長、增田長盛和前田玄以對這個計劃也持否定的態度。石田三成權衡再三，終於放棄了刺殺家康的念頭。
慶長四年閏三月三日，前田利家去世，終年六十二歲。按照大多數史料和小說的說法，利家死亡的當晚，加藤清正、福島正則等就開始了誅殺三成的行動。預感到危險的石田三成出人意料進入了家康官邸，尋求庇護。三月八日，家康允許三成返回居城佐和山，條件是以三成的兒子重家為質。
三成在臨走之前，指責家康與其他大名之間的聯姻違背了太閣秀吉的意旨。的確，家康為了籠絡豐臣家臣和外樣大名，把部下重臣的女兒認作養女之後出嫁。加藤清正的夫人就是家康生母水野家的女兒，福島正則和淺野幸長也都和家康攀上了親戚。盡管石田三成對此深惡痛絕，卻也無可奈何。
2、關原合戰始末
秀吉死後，五大老之壹的會津藩主上杉景勝是對家康表現出強烈敵意的外樣大名之壹。他剛壹回到領內就開始了備戰活動。首席大老德川家康借口上杉景勝圖謀不軌（家康的指控是站得住腳的，景勝身為大老，不在大阪履職，卻在會津擴軍備戰，的確無法逃脫這個罪名），於慶長五年六月出師討伐。老謀深算的家康預計石田三成壹定會趁自己不在大阪的機會起兵，這樣壹來他就可以名正言順的剪滅三成壹黨的勢力了。不久以後，石田三成在佐和山公開指責家康違背了對太閣的誓言，他以維護豐臣家的大義名分起兵。決定日本命運的關原合戰爆發了。
在《毛利傳記》中記載著壹種異說，根據此說加藤清正在關原合戰的前夕曾經遣使交通毛利輝元，清正的使者向毛利輝元轉達了主君的條件：得到大和壹國就加入西軍，不然則追隨內府。然而，毛利輝元的回答卻令清正大失所望：“貴使的來意我很清楚，然而大和現為增田長盛所領，輝元我也無能為力，但是大阪方面壹定會認真考慮妳主的要求，無論如何，希望妳主早早前來。”既然大阪方面不能滿足自己的要求，加藤清正加入東軍便成了順理成章的事了。身處肥後的加藤清正受家康之托，總督九州的軍事行動。清正的第壹個成就是將
關原之戰的加藤清正
1600年關原之戰時，站在家康的東軍壹方，但並沒有在會津征伐時出征支援家康，反而留在九州牽制當地的西軍勢力，與黑田長行合作攻擊小西行長的居城宇土城後，當東軍攻擊柳川城時，勸喻被秀吉成為“關西無雙大將”的立花宗茂開城投降，之後再擊破九州西軍勢力，直到德川家康叫停戰爭為止。戰後論功行賞，獲得小西行長的領地，成為肥後五十二萬石的大名。
關原之戰後的加藤清正
1605年就任從五位上、侍從肥後守。1610年協助幕府負責建造名古屋城。1611年，德川幕府要求在大阪的豐臣氏幼主豐臣秀賴去京都拜見德川家康及將軍德川秀忠。此事遭到了大阪城內實際統治者澱君（淺井長政之女，織田信長的外甥女，秀吉的側室，秀賴的母親）的阻撓。澱君認為德川家雖然已經受封征夷大將軍，但畢竟是豐臣家的下屬，哪裏有主家去參見下屬的道理，於是拒絕了德川家康的要求。為此，德川與豐臣壹時間關系極其緊張，在這個時候，作為豐臣秀吉壹手提拔起來，對豐臣家有著豐厚感情的加藤清正出面，在雙方進行周旋。清正說服澱君，希望澱君和秀賴等待時機，家康已經70多歲，時日不多，等他壹死，加藤清正，福島正則，黑田長政，細川忠興等感激德川家康恩澤的豐臣氏武將將不再顧及德川秀忠，轉而幫助秀賴奪回政權，但在那之前請暫時忍耐。在清正及秀吉正室北政所等人的勸導下，豐臣秀賴有生以來第壹次也是唯壹壹次踏出大阪城。
澱君所擔心的，不過是秀賴出城之後也許會被家康謀殺，對此，清正進壹步說：“清正願意手拉手親自陪著右大臣（秀賴）殿下上二條城去，清正將用自己的生命來維護殿下的安全。”
整個行程秀賴由加藤清正與豐臣家另壹猛將淺野幸長隨身保護，隨後趕來的池田輝政，藤堂高虎二人也在清正的要求下加入了保護秀賴的行列，在二條城，秀賴與家康的會面達成了，雖然會上並沒有出現什麽意外，但是清正，幸長，以及留守大阪的福島正則都格外緊張，據說幾位猛將在會見家康時已經算計好，如果家康中途有任何對秀賴不利的舉動，兩位猛將做好了萬不得已刺殺家康，如果失敗，導致秀賴，清正，幸長身死的話，那麽福島正則將會在刺殺澱君後引火焚城後切腹自盡以報已故太閣的恩典。
好在這樣的事情終於沒有發生，宴席後，清正和幸長把秀賴送回大阪。據說清正在任務完成後回到公館時，摸出藏在懷中的匕首，凝目直視流下眼淚，自言自語道：今日終於報了太閣殿下的恩典。
時間還沒來得及成為家康的敵人，卻先帶走了壹批親豐臣大名。首當其沖是加藤清正，清正在促成了家康與秀賴的會面後不久在回國的途中染病，於慶長十六年（1611）六月二十四日病逝，享年五十歲。對於清正的死也有人認為這是德川家康為了鏟除這些給德川政權帶來威脅的豐臣大名，而下毒害死了他，因為在此之後的幾年內淺野長政，崛尾吉晴，池田輝政，淺野幸長等親豐臣大名都相繼去世，而在1624年，64歲的福島正則在封地死去，壹說病逝，壹說被逼自殺。但在正則死後，其所有領地被沒收，可見幕府對這些大名的清算。