由於本劇的劇情與張寶瑞的多部小說存在交叉、聯系，對於本劇的原著，有多種說法：
《壹只繡花鞋》：許多媒體這樣報道：“根據《壹只繡花鞋》改編的電視劇《梅花檔案》”。 在壹次采訪中，張寶瑞表示“《梅花檔案》其實是由《壹只繡花鞋》改編的”。
《梅花黨》：該劇根據“文革”時期民間廣泛流傳的著名恐怖手抄本小說《梅花黨》改編，……觀眾李先生說：“70年代的時候……各種手抄本很流行，……《梅花黨》就是那時候風行壹時的手抄本，我們那代很多人都看過，那種刺激的感覺現在還忘不了，坦率地說，這部電視劇勾起的恐怖感不如懷舊感那麽強烈。” （新浪網報道內容）此外，本劇導演“毛衛寧表示電視劇《梅花檔案》的故事來源於上世紀70年代風行壹時的手抄本小說《梅花黨》。” （網易娛樂）
同時，還有人認為，《梅花檔案》是由《閣樓鬼影》《壹幅梅花圖》改編成而成。