大約過了10年（第壹集內容），傑克加勒比沿海小鎮碰巧的遇到了威廉，然後又遇到了帶著金幣的伊紗貝拉。同時巴博薩也來了，帶走了伊紗貝拉和金幣。巴博薩還誤以為伊紗貝拉是比爾特納的後代，立即奔向死亡島解除詛咒。威廉想去救伊紗貝拉，傑克知道了後就想誘騙威廉去死島，用威廉與巴博薩交易換回黑珍珠號。...經過曲折的情節後...伊紗貝拉與威廉從逢,傑克殺了解除詛咒的巴博薩，然後就被英國海軍抓住。在即將要被絞刑時，伊紗貝拉和威廉救了他。傑克最後終於當回了黑珍珠號的船長，伊紗貝拉和威廉也有情人終成眷屬。
又過了壹年（第二集內容），復位的傑克船長開始擔心那個13年的期限，因為船員叛變他吃了10年的虧。剩下的時間不多了。於是他找女巫特婭朵姆求助，特婭朵姆告訴傑克，大衛瓊斯曾經深深的愛上壹個女人，但這個女人卻讓他生不如死。大衛瓊斯為了忘掉她把自己的心臟割了出來，放進壹個匣子裏，然後把匣子和鑰匙都藏了起來。特婭朵姆還給傑克壹個羅盤，羅盤能壹直指向裝心臟匣子。接著又告訴傑克藏鑰匙的地方，還說只要誰擁有了心臟就能使喚大衛瓊斯和他的八爪巨獸“庫拉肯”。於是傑克先去了藏鑰匙的地方，卻只發現壹張畫著鑰匙的皮紙。而同時伊紗貝拉和威廉正要舉行婚禮，可是貝克特把兩人雙雙逮捕，罪名是釋放死刑犯。而且貝克特向威廉提出條件，只要威廉能拿到傑克船長的羅盤就能讓他兩口子脫罪。同時傑克見到了那個已經被綁在炮筒上扔進了大海的比爾特納。比爾特納告訴傑克他現在已經變成了大衛瓊斯的奴隸了，而且是替大衛瓊斯傳話：時間已經不多了！我隨時會來找妳！！嚇得傑克往陸地跑。威廉在土著島遇到傑克，知道了威廉的來意後又再誘騙威廉去“飛翔的荷蘭人號”上幫他找鑰匙。可惜大衛瓊斯逮到了傑克，按約定傑克要把靈魂交出來，傑克想要威廉的靈魂抵債，瓊斯說不夠，要抵債就要還100個魂！限時3日還清。之後被拿來抵債廉威在“飛翔的荷蘭人號”上見到了被奴役的父親比爾特納，在偷出了鑰匙逃走後。他決定要救出父親。這時女主角坐不住也來了，伊紗貝拉和傑克還有諾林頓找到了心臟匣子（諾林頓1年前奉命抓捕傑克的英國艦隊隊長，後來落破被傑克收為手下）。威廉帶著鑰匙出現了。他要殺了大衛瓊斯，傑克和諾林頓反對。這時傑克，威廉和諾林頓為了爭奪心臟打了起來。亂成壹鍋粥後心臟被傑克偷偷調包，後來又被諾林頓偷偷調包。傑克自以為得到了心臟後高興地起帆走人。憤怒的大衛瓊斯趕來了，他發誓壹定要傑克的靈魂，傑克發現心臟不見了急忙走，經過庫拉肯不停的騷擾，伊紗貝拉決定把傑克鎖在將要廢棄黑珍珠號上說：他是沖著妳來的，要我們脫身只能要妳去....船員逃離以後黑珍珠號沈沒了。結局：諾林頓帶著大衛瓊斯的心臟交給了貝克特，貝克特從此成為海洋的新霸主。離開了黑珍珠號的船員加上威廉和伊紗貝拉去拜訪了女巫特婭朵姆。特婭朵姆告訴他們如果想找回傑克船長就要去世界的盡頭, 鬼魂的海岸，而他們的領航人是————巴博薩船長......
剩下的故事就是第三集了。