該劇根據以色列劇集《Prisoners of War》改編，故事圍繞在伊拉克被俘8年的美國海軍中士Nicholas Brody（Damian Lewis 飾）展開，美軍在對敵方基地展開襲擊時意外發現並救回了Nicholas。榮歸故裏的Nicholas受到英雄般的禮遇，妻子Jessica（Morena Baccarin 飾）和兩個小孩更因能與他團聚倍感幸福，然而8年戰犯生涯留下的創傷和折磨依然沒有消逝。與此同時，中情局女特工Carrie Anderson（Claire Danes 飾）掌握了證據表明Brody已經變節，並為基地組織效力，在美國本土策劃發動恐怖襲擊。於是她壹面跟經驗老到的上司兼導師Saul Berenson（Mandy Patinkin 飾）聯手展開調查，壹面還要跟自負的情報處副處長David Estes（David Harewood 飾）鬥智鬥勇。
故事在上壹季的結尾埋下了很多伏筆，如女主角Carrie Matheson（克萊爾·丹妮斯飾演）要去進行休克治療以根除躁郁癥，但這樣會擦除短期記憶，那麽她還會否記得她的很多工作和任務內容。預告片用標題語“謎底即將揭曉”來回應這些劇迷的期待，對於第壹季中不炫技不賣弄的敘事風格來說這些疑問或許可以得到解答。
第二季壹開始，《國土安全》的故事並沒有接著第壹季的結尾繼續講述，而是采用了美劇中最屢試不爽的方法：時間跳躍。準確說來，第二季的故事背景發生在克萊爾電擊療法的六個月之後（不用擔心我們會知道她那次治療的效果）。
《國土安全》第二季劇中男女主角面臨大變化，Carrie將離開C.I.A. 而Brody則在美國國會有了壹席之地。不變的是，劇集延續男女主角悲情的愛情故事。