在意大利維托和法西斯激烈戰鬥，就在幾乎要被法西斯抓住的情況下，突然出現壹位當地的唐（DON，唐是黑手黨裏對教父特有的尊稱，相當於閣下之類的意思）出來宣傳要意大利軍放棄抵抗，向美軍投降。那些意大利兵聽到居然立刻心甘情願束手投降。可見黑手黨在當地的威信更勝墨索裏尼，維托也是此時在心中對黑手黨羨慕不已。
2.維托對納粹作戰中受傷回國休養，本來還要再去打仗的，好友喬芭芭拉因為認識道上人士，給他假造壹張證明，證明他傷勢嚴重不適合再打仗，得以留在家裏。家裏老爸去世，還欠下壹大筆高利貸。老媽要維托去老爸以前工作的船廠工作，維托知道做壹個工人不可能賺得到夠還高利貸的錢，就又聯系上喬，開始了黑道生涯。
3.維托為了應付老媽也去船廠報到，做了不到1分鐘工作就對這種累死累活還只拿壹點杯水車薪的工作心生厭惡，憤然離去。不過臨走時船廠老板聽說維托是給喬做事的，居然對他刮目相看，給了他另壹份工作：去向自己手下的工人收保護費。維托也樂於做這個“更適合他”的工作。
喬介紹亨利給維托認識，亨利算是黑手黨壹個小頭目。叫維托去偷了壹批油票來（戰爭時期，物資供應緊張，也是憑票供應），然後叫他分別賣到幾個加油站去。
4.維托和喬去珠寶店行竊，不料居然撞上以奧尼爾為首的另壹幫劫匪，雙方對峙中警方趕到，維托和喬成功逃脫，奧尼爾被抓，雙方也因此結下梁子。
5.維托對他所在的組織開始有所了解，維托所在的是黑手黨的克萊門特家族（名字忘了，好像這麽拼），維托現在算是外圍人士，要正式加入黑手黨（正式成員稱為MADE MAN），老大說要交5000大洋。（其實沒有這個規矩，可見這個家族老大比較貪婪，連手下錢都要貪）。維托和喬接到第壹個重要任務，為家族除去壹個心頭大患：某酒廠老板。兩人夥同亨利殺入酒廠，槍斃老板，亨利也受傷。
6.因為上次偷賣油票的事，維托被FBI盯上，被判刑10年。壹到監獄就被兇殘的獄警來了個下馬威。
還碰到奧尼爾（搶劫時候的另壹幫賊頭目），雙方大打出手。維托倒因此被獄中壹位黑手黨重要人物裏奧看中。裏奧告訴維托，帝國灣城***有3個黑手黨家族，維托所在的克萊門特家族老大並不算牛逼，而且也很不上道（從前面說的5000大洋的事就可見壹斑），他自己是另壹家族：文奇家族的軍師（黑手黨裏軍師地位僅次於教父），因為維托在獄中替裏奧長了不少面子，裏奧說可以給維托想想辦法，提前出獄，4年以後，維托果然獲得提前假釋。遺憾的是，獄中四年，維托的老母病逝，妹妹嫁人了。
7.維托出獄，外面的世界已經日新月異，汽車換代了，連音樂都也經歷了壹場革命（搖滾樂開始萌芽）。亨利受傷後和大家也漸漸疏遠了。維托的死黨喬也不再為原來的克萊門特家族做事，轉而成了法控尼家族的小弟，喬還算義氣，給維托搞了個新公寓。
維托自然也跟著喬“改嫁”。第壹件事就是被喬引薦給該家族小頭目艾迪。這艾迪也是個酒色之徒，幾杯下來就開始發酒瘋了。維托當司機送這幫酒鬼回家，不料聞到壹股異味，艾迪道出原來車裏放著前幾天他幹掉的某人的屍體，於是接下來發生了黑手黨電影裏熟悉的壹幕（可以看出是致敬電影《好家夥》），壹行人開車到郊外，從車後備箱擡出壹具屍體，然後壹邊挖洞，扔屍體，填洞，壹邊還互相插科打諢。
8.喬新收壹個小弟馬蒂，馬蒂原來是和維托，喬壹個街區的小屁孩。
艾迪老大命令喬和維托去銷贓搶來的壹卡車香煙，就連條子也不查他們，還買他們的煙（又壹個向《好家夥》致敬的情節），不料壹幫飛車黨小混混卻來砸場。壹車香煙被毀，艾迪大怒，說維托必須給出兩千塊錢賠償損失，並要維托教訓飛車黨。之前的船廠老板手下史蒂夫也被叫來幫忙壹起收拾飛車黨，這史蒂夫之前沒看出來，居然也是條好漢，殺人不眨眼的。痛宰飛車黨後，維托拿了他們的改裝車去換了錢，終於賠上了老大的兩千塊錢。
9.艾迪對維托和喬最近的表現很滿意，將兩人引薦給本家族的教父：卡洛斯法控尼。卡洛斯壹來就數落維托兩人以前的家族克萊門特家族的人不規矩，綁架走了自己家族的三個人，包括壹個會計，如果這三人開口，自己就會被克萊門特抓住把柄，所以派維托去救人，順便把克萊門特家族的某小頭目給做了。
維托潛行入屠宰場後，營救被綁架的三人。（壹人不幸遇害）
回去交差後，艾迪告訴維托壹個好消息，今晚就為維托和喬舉辦入會儀式，維托和喬將成為黑手黨正式成員（也就是所謂的MADE MAN）。維托還見到了獄中那個老大裏奧，裏奧是本想讓維托加入自己家族，不過看既然維托和喬已經在給法控尼家族做事，於是也做個順水人情，向法控尼引薦維托（這兩家族關系不錯）。
當晚，舉行了維托和喬的入會儀式，兩人見到了帝國灣兩大家族的各位大佬。裏奧所在的文西家族的老大看來是黑手黨內最德高望重的人物，語重心長的跟大家說：幹什麽都可以，但不要搞毒品...
維托此時正沈浸在夢想得到滿足的YY中...
此後壹段日子，維托和喬有了大家族的身份，有恃無恐，這裏扁個人，那裏收個保護費，很快過上了小康生活，維托也在富人區買上了別墅。
10.克萊門特和法控尼家族的戰爭正式開始了！卡洛斯法控尼先下手為強，吩咐喬和維托去做掉正在帝國酒店開會的克萊門特教父和眾頭目。喬叫上了壹直對犯罪生活躍躍欲試的小弟馬蒂。
三人潛入帝國酒店，打扮成洗衣工潛入，還和以前的大哥：亨利打了個照面（亨利似乎沒認出兩人來），喬說盡管亨利是克萊門特的人，但還是不希望殺他，幸好他提前離去了。
壹場爆炸後克萊門特眾頭目身亡，但教父逃脫，維托和喬追殺之，發現小弟馬蒂不幸遇難。最終克萊門特教父被喬處決。喬也是個重情義的人，回到家為失去小弟懊喪不已。
維托接到酒吧小弟電話，說喬在酒吧徹夜發酒瘋，要維托來處理，維托趕到酒吧，喬還在為馬蒂的事而自責，壹失手槍殺了酒吧小弟（又是《好家夥》的情節。。。）維托送喬回家，替他處理了酒吧小弟的屍首...
11.壹位意想不到的訪客拜訪了維托，他就是亨利，自從克萊門特被幹掉後，亨利也沒了主，這次想來找維托敘敘舊，同時也希望加入法控尼家族，希望維托能給他引薦壹下。亨利說在酒店其實他早就認出他兩人了，但他故意不聲張，也可算是救了兩人壹命，所以維托也義不容辭要替亨利引薦壹下。
維托帶亨利見了艾迪，艾迪說因為法控尼家族開始做毒品生意，觸犯了文西家族定下的戒律，所以要先下手為強做掉文西家族的軍師裏奧，因為裏奧對維托有恩，所以維托不方便出面做這件事，艾迪說正好這個任務讓亨利來做，給他壹次證明自己的機會。
維托是個知恩圖報的人，多虧裏奧他才提前出獄，也是裏奧引薦他成為黑手黨正式壹員的，所以他決定在亨利趕到前通知裏奧趕緊離開。
但維托還是晚了，亨利已經趕到，雙方對峙，兩邊都可說是老交情，維托左右為難，幸好最後亨利想出壹個折衷的辦法：裏奧從帝國灣消失，這樣大家回去都好交代。
維托開車送裏奧到車站，目送他離去。。。
維托回家遇上小妹，原來小妹的老公整天鬼混，還打她，維托自然要給小妹出頭。於是趕去教訓了小妹的老公（《教父》的情節。。。）不料替小妹出頭後，小妹反而責怪維托打自己老公，叫維托離他們壹家遠點，哎...
禍不單行，晚上維托家被壹幫愛爾蘭黑幫燒毀，維托爬窗逃跑，資產毀於壹旦，喬查出原來這幫愛爾蘭人的老大就是當年那個奧尼爾的兄弟。維托帶上喬去愛爾蘭人酒吧大鬧，殺死了他們老大。
維托沒地方住，只好去馬蒂的故居暫住...
12.亨利找上維托和喬，他說法控尼挖空心思搞掉其他兩個家族就是為了自己能獨占毒品生意，亨利發覺做毒品的確很有“前途”，於是拉上兩位好兄弟壹起幹，還說不用擔心法控尼會發現，被發現也頂多分點利益給老大。
為了湊買毒品的錢，亨利三人找上了高利貸，借三萬五，周五之前要還五萬五，高利貸還放話，自己上面有人，還不出錢的話叫亨利他們小心。
亨利借到了錢，去唐人街交易毒品，不了壹出來被不明身份的黑幫伏擊，好不容易逃脫。
亨利，維托，喬三人憑借這批貨賺了不少，生意越做越大，又開始了花天酒地的生活...
13.壹大早維托接到亨利電話，亨利說法控尼發現了他們在背著他做毒品生意，要求他們上繳好處，壹***要交六萬大洋。三人這幾天花天酒地花錢如流水別說六萬了，就連欠著高利貸的那五萬五還湊不出來...
維托、喬和亨利約在公園見面，不料趕到公園時發現亨利正被華人幫痛毆，最終暴屍街頭。（經典的黑幫死法）
喬和維托大怒，要替亨利報仇，到華人幫總部大開殺戒，華人幫老大臨死前透露了壹個消息：亨利居然是ZF線人！當然維托和喬不肯接受這個事實。
現在維托和喬陷入萬難境地：仍然欠著高利貸錢，得罪了華人幫，而華人幫如果認出了兩人法控尼家族的身份，那意味著壹場戰爭就要開始，而法控尼家族假如發現是維托和喬惹的事，又會怎麽處置他們...
14.壹大早喬來找維托，兩人仍需湊齊給高利貸的五萬五大洋，首先維托和喬得為家族做點事，說是要替其他城市（1代的失落天堂城）的兄弟家族處理壹個叛徒，此人現在是汙點證人，受到警方保護，維托和喬順利做了他。這個人就是壹代的主角湯米，這裏算是和壹代的結局遙相呼應了。
維托去船廠看看能不能賺點錢，船廠老板叫維托壹起去鎮壓工人罷工，壹位工人道出真相，原來維托老爸竟是被船廠老板害死的，家仇當前，維托立刻從壹個資本家打手，變身為工人階級革命家，消滅了船廠老板後順便沒收了他的家產。維托再這裏搶點那裏偷點，終於湊齊了高利貸錢。
維托去找喬壹起去還錢，不了喬卻失蹤了，維托問艾迪，卻被艾迪質問是否有參與亨利的販毒生意。最後維托得知喬是被文西家族的人綁架。
維托趕到文西家族酒吧，也被綁架，文西家族老大拷打維托和喬，原來上次血洗唐人街後，華人幫認為是意大利人要開戰，自然第壹個找上最大的意大利黑手黨文西家族，揚言要文西家族老大的命。維托和喬乘守衛不備逃出。
晚上維托送喬醫傷，自己去高利貸處還上了欠款，臨走前又得到壹個非常令人不爽的信息，原來這個高利貸就是當年借錢給自己老爸的人。這次維托忍住了怒火，沒有大開殺戒，懷恨離去了...
15.維托現在四面楚歌，華人幫和文西家族正四處追殺他和喬，而法控尼家族查到自己頭上來也只是時間問題。。。果然維托接到艾迪電話，說老大卡洛斯法控尼要見他，維托知道自己兇多吉少，只怕是有去無回...
剛出門，維托被幾個神秘人士架進壹輛車裏，車裏竟坐著裏奧和壹位華人大佬，原來維托惹出禍太大，本已隱退江湖的裏奧不得不出山替他擺平，裏奧告訴維托，亨利的確是FBI線人，華人幫殺他是有道理的。而現在華人幫和文西家族希望維托能戴罪立功，去把卡洛斯法控尼做掉。
維托趕到會面地點，殺到法控尼面前，不料喬居然出現，原來法控尼答應只要喬殺掉維托，就給他當小頭目，但是喬也是講義氣的人，關鍵時刻還是加入維托，最終維托在喬的幫助下處決了法控尼。
外面，裏奧帶領文西家族的人已經等在外面，說要給兩人接風洗塵。但蹊蹺的是他們讓維托和喬分別上了兩輛車，亨利問裏奧怎麽回事，裏奧說：抱歉，我們的交易裏不包括喬..........
亨利非常無奈，喬沒有辜負自己，自己卻辜負了他，而且自己到頭來對壹切還是無能為力，連好兄弟的命也保不住............故事結束