秘密列車劇情分集介紹：
第1集
龍飛假扮列車員秘密保護著送往西北的核研究專家。途中得知有人假扮列車員混上了秘密列車。通過對列車的逐壹排查，龍飛發現了假李兵，將其抓獲！
第2集
通過甘谷公安重要線索的提供，龍飛對不明包裹的投擲者甘小二進行了耐心的審訊。審訊證實，他與火車爆炸和碎屍案毫無關系。通過專案組對碎屍的分析和法醫對屍體的拼接，證實了屍體的埋屍地點，龍飛等人再次前往甘谷。
第3集
龍飛經過仔細勘察地形後，確定了三個埋屍地點。最終選擇了河邊，樹林，公交車站三個地方進行了地毯式的搜查，最終在公交車站發現了殘存的第壹死者屍體。通過對死者面容的辨認證實了死者的身份。死者丈夫得知死訊後的漠不關心和冷酷的態度，使龍飛等人產生了懷疑，通過對死者家的搜查，斷定為第壹殺人現場。
第4集
曲浩然得知妻子為自己挪用公款傷心欲絕，但是又不能排除殺人嫌疑。於是龍飛再壹次來到兇案現場，踏著兇手的足跡，希望能找到線索。就在此時得到消息，發現第二死者，根據郵寄地址，龍飛肖克踏上了去往運城的火車。
第5集
龍飛肖克在對賀小影單位的勘察中，確定了第壹兇案現場為賀小影的宿舍。通過對臨時工小謝的排查，得到了兇手的遺留下來的痕跡，斷定兇手為業務員。
第6集
龍飛通過尋找到三個死者的***同性，再壹次回到了甘谷向曲浩然了解情況，從曲浩然口中得到了，近乎準確的兇手特征，通過所有的信息特征最終鎖定為第二醫療機械場的尹大龍。尹大龍的故意消失和在郵局給龍飛留下包裹，這意味著兇手向龍飛下了戰書。
第7集
根據兇手留下的內衣和頭發，專案組對制衣廠壹壹排除，最終把龍飛等人帶到了目標人物的所在地天水。通過對倪二冬的情況了解，目標並不符合兇手的要求，帶著疑問龍飛不敢輕舉妄動，找來曲浩然幫忙辨認真兇，經過四天的等待尹大龍並沒出現，正待倪二冬為假電報發愁，決定是否去看出車禍的丈夫時，丈夫回來了，使得龍飛等人摸不到頭緒。此時上級派下新任務。
第8集
龍飛等人再次接到保護核專家楊教授去基地的任務。兇手有意無意的與曲浩然搭訕，是龍飛輕而易舉的抓住了尹大龍。通過對尹大龍的審問，龍飛覺得所有的壹切都並非偶然，是兇手早有預謀的。龍飛還來不及想，最壞的結果終於發生了，楊教授失蹤了，尹大龍也隨後逃跑了。龍飛與當地公安攜手合作準備救出楊教授。
第9集
營救失敗，龍飛等人在回北京的列車上與辛紅羽相遇。匯報了碎屍案和楊教授挾持案之後，上級委派龍飛等人成立了梅花黨專案組，為徹底打擊梅花黨特務組織。調查了所有可能走漏楊佑亭消息，使之被挾持了人，最終目標鎖定為謝寶音家。
第10集
隨著對謝寶音家壹天天的監控，隨著對謝寶音的壹天天深入了解。龍飛對謝寶音有了越來越強烈的感覺。就在此時壹條新線索浮出水面，尹大龍驚人的出現了，竟然與送信郵差秘密會面。
第11集
根據信上內容對郵筒實施的二十四小時監控。證實了龍飛等人的擔憂可能是正確的，尹大龍可能要對楊教授兒子楊燦進行威脅。通過對楊燦的秘密保護龍飛追蹤到了特務上線，在緊要關頭舍身保護，並假借陳千業名義與其接處。博取其信任。
第12集
周明天壹次次的試探著龍飛。還搞出突如其來的任務弄的龍飛手足無措。於是肖克迫不及待的對周明天家實施監控。當龍飛第壹時間知道此舉時，以他對周明天的了解，肯定會適得其反時，於是便第壹時間卸下手段，正待緊要關頭，杜明明的出現和其冷靜而沈著的態度，避免了周明天對他的懷疑。
第13集
杜明明瞞著肖克與周明天接觸。龍飛通過對上級的匯報得知杜明明是臥底在其身邊。正當周明天為全國武術比賽準備時，舊傷復發。找來龍飛談心，刻意說出任務提前。通過龍飛提供的信息，工作組第壹時間獲取了周明天的電報資料，但無從破譯，於是兵分三路，對其學校，家，身上進行搜查，最終找到密碼，破解了電報。
第14集
所有的壹切都近乎在掌控中。周明天向龍飛下達了任務，龍飛再壹次經過了周明天的考驗，進壹步得到了他的信任。行動終於開始了。龍飛周明天次踏上了火車。因為怕杜明明感情用事而耽誤任務，龍飛事先提醒肖克，將其鎖住。可杜明明報仇心切，又出乎意料的出現在龍飛與周明天面前。
第15集
周明天三人下了火車，再次搭上了另壹列火車。龍飛在新掛的車廂上發現了楊教授，隨後便與肖克聯系將楊教授成功救出。通過周明天提供的交易的時間地點。
第16集
杜明明獲救與肖克感情得到了進壹步發展，龍飛通過與周明天之間的周旋，再次得到了他的信任踏上了回京的列車。肖克第壹時間被龍飛告知了他與周明天兩人的秘密藏身之處，於是重案組部下了重重網絡等待周明天的再壹次行動。
第17集
龍飛醒來後發覺中了周明天的調虎離山計，根據眼前的種種線索最終鎖定特務的交易地點——體育場。肖克得到信息也隨後趕到了體育場。
第18集
龍飛帶著沈浸在悲痛中的肖克來到了杜明明的被害現場，希望能使肖克振作並查清楚事實的真相。杜明明被殺案未結，龍飛又踏上了護送楊教授去西北的列車，壹波未平壹波又起，護送去西北的楊教授被龍飛識破是冒牌後，在其逃跑過程中意外被撞死。
第19集
經過對周明天的反復審訊，卻壹無所獲。周明天使計將自己弄出公安局，當龍飛識破騙局，追趕周明天時，為時已晚，小汪等人已慘遭殺害。於是龍飛踏上了追趕周明天的旅途。
第20集
周明天帶龍飛上山，順便為自己勘察了地形。回到村子後假借為龍飛伴婚禮拖延時間，婚禮在周明天預計下如期舉行了。
第21集
龍飛醒來後發現周明天掙脫手銬不見蹤影，便向山裏跑去追尋周明天的下落，無意中發現了幾個洞穴，驚人的找到了尹大龍和楊教授。此時肖克等人聞訊前來接應，尹大龍被當場擊斃，楊教授成功獲救。
第22集
龍飛再壹次擔負起送楊教授和謝寶音核基地的任務。謝寶音給龍飛下毒被辛紅羽發現，龍飛中毒感覺事情不妙，可惜為時已晚，辛紅羽已慘遭毒手。
第23集
謝甜甜被救出，護送任務取得了階段性的順利。龍飛肖克希望能通過對伍星的審問找到九哥的下落。此時案件再次撲朔迷離疑點重重，小汪的死，火車上的假楊佑亭，都證明了內部有內奸，張剛成為龍飛等人懷疑的目標，龍飛肖克使計，最終張剛行跡敗露，特務的身份被揭穿。
第24集
鄭菊村見形勢不妙形跡敗露，於是將張剛和小費殺害。並將其罪行嫁禍給龍飛，龍飛此時身處天羅地網，只能束手就擒，此時只有唯壹壹人能夠指證鄭菊村，那就是自己的女兒謝甜甜，鄭菊村不顧女兒的生命，執意保守自己的特務身份，幸虧龍飛等人及時趕到，甜甜成功獲救。