No.1的茜出現救了三人，靜流的帥氣表現讓愛莉卡更加堅定了成為乙HiME的決心。然而謝爾蓋、學園長夏樹驚奇的發現愛莉卡身上竟然佩戴著蒼天之青玉！
第二話 少女之園裏吹起旋風
壹心想入學的愛莉卡把學園鬧了個天翻地覆，並“勇闖”審議會，阿爾塔大公炎凪提議讓愛莉卡和尼娜在真白的加冕禮上進行舞鬥，愛莉卡能贏的話就批準她破例入學。尼娜也表示同意。
第三話 初次體驗
大家都在為真白的登基典禮忙碌著，愛莉卡也在為舞鬥做準備，王少做無意間聽到了愛莉卡唱的搖籃曲，那是他兒時曾聽蕾娜唱過的。加冕禮上各國國王和乙 HiME陸續到來，熱鬧非常。舞鬥開始，愛莉卡被打得毫無還手之力。另壹方面，阿斯瓦德的生化人（黎人）潛入城堡，與靜流展開激戰。愛莉卡斯毫不退讓，使眾人動容。突然黎人和靜流的戰鬥是城堡倒塌，砸向來賓……
第四話 炎之轉學生
愛莉卡以壹己之力撐住倒塌的城堡，然而舞鬥服卻已到達極限，關鍵時刻，艾爾利斯的乙HiME珠洲之黃玉（遙）救下愛莉卡。在艾爾利斯總統雪之和遙的說服下，審議會同意讓愛莉卡入學。夏樹向愛莉卡講述了乙HiME要與主人壹心同體，“放棄戀愛，舍棄女人的幸福，為了主人不惜拼上性命，這就是所謂的乙 HiME，妳有這覺悟嗎？”愛莉卡似懂非懂的點了點頭。毫無背景的愛莉卡為高額學費苦惱不已。
第五話 學園和制服和我
愛莉卡的制服被盜，並被賣到了乙HiME Fans專賣店，眾人幫助愛莉卡查找真相。謝爾蓋出於對蒼天之青玉蕾娜的懷念，秘密資助了愛莉卡。
第六話 尼娜、被卷 OTL
愛莉卡因發現尼娜怕癢的弱點而囂張不已，也因此遭到尼娜的海扁。為改善二人關系，紫子老師把二人都編為珍珠No.4奈緒的勤務生。珍珠No.3詩帆因看不慣尼娜和愛莉卡，在泳池裏放了奇怪的生物，使尼娜溺水。尼娜為壹雪恥辱奮力調查，不想用來使怪物現身的鹽被換成了糖，致使怪物暴走，詩帆也自食其果被怪物抓住，奈緒救下諸人。
第七話 蒼之舞 少女的契約
真白壹直被懷疑是冒牌公主，她為此苦惱不已。真白與愛莉卡由於壹系列意外掉入風華宮地下宮殿，並發現壹架奇特的管風琴。真白隨意按了琴鍵，不想管風琴發出巨響，不但震碎了二人的GEM，整個市都受到了影響。管風琴裏出現人影，並告訴真白和愛莉卡，要想完全掌握管風琴的力量就要集齊編制者、守護者和歌。 Slave再次襲擊真白，情急之下蒼天之青玉的力量復蘇，真白與愛莉卡定下契約，愛利卡初次使用青玉的力量就漂亮的擊退了Slave。管風琴的再次現世使世界各方力量蠢蠢欲動……
第八話 命運之軛
深優出現看望愛莉卡。為找出揭開契約的辦法，愛莉卡等人潛入禁書庫，卻無意間進入了乙HiME的陵墓，從瑪麗亞女士口中，少女們第壹次了解了作為乙HiME的殘酷命運。
第九話 海-泳裝+遇難=？
學生到海邊進行遠足考試，愛莉卡和艾利斯蒂的裝備卻被人做了手腳，為了救被蛇咬了的艾利斯，愛莉卡獨自去找水，不巧碰見了阿斯瓦德的眾人，愛莉卡不敵，從懸崖上墜下……
第十話 那對少女來說是大事
謝爾蓋救了愛莉卡，但又再次遭遇阿斯瓦德，遙、靜流、尼娜等人及時出現，靜流與阿斯瓦德首領碧交手，阿斯瓦德找到的數據被希巴魯茲的人搶走。尼娜對愛莉卡和謝爾蓋的關系產生了懷疑。
第十壹話 Happy Birthday
尼娜、愛莉卡、真白都是9月7日的生日，尼娜以為謝爾蓋把自己的生日定為這壹天是因為蕾娜的關系，傷心不已。真白為躲避與日本王子的相親再次逃出王宮，卻不幸被命砸暈，被壹陌生人（巧海）拖走。經過壹系列事件，尼娜終於知道9月7日這天是他與謝爾蓋相遇的那壹天，看著尼娜幸福的樣子，艾莉卡卻發覺自己心裏有什麽不對勁。日本王子到來。
第十二話 假面舞會？
因為真白不在，眾人就讓愛莉卡假扮女王，而日本的王子也是晶假扮的。真正的巧海陪著真白度過了快樂的壹天，他也讓真白了解了當女王不是吃喝玩樂就可以了。當真相被曲折的揭開後，巧海向夏樹表示他來這裏不是相親也不是找乙HiME，而是表明日本暫不參與西方國家的爭鬥。巧海質疑乙HiME的存在是否合理，並以他的姐姐炎珠之紅玉 “她被夢想和愛情狠狠撕裂” 為例質問夏樹。巧海等人離開後，真白陷入迷茫和消沈中。
第十三話 在茜色的天空下
愛莉卡喜歡上了謝爾蓋卻不自知，日子過得渾渾噩噩。茜也在成為乙HiME的夢想與和也的愛情之間徘徊不定，卻在這時被選為弗洛林斯國乙HiME清戀之孔雀石的繼承者。為解開愛莉卡的心結，老師讓愛莉卡去了解炎珠之紅玉的故事。Slave再次來襲，茜決定選擇夢想放棄愛情。在任職儀式上，和也當眾宣布對茜的愛慕，茜感動不已，二人攜手私奔。
第十四話 乙HiME的SOS
國與國之間關系日益緊張，時隔五十年再次發生了乙HiME之間的戰鬥。學園內也是人心惶惶。炎凪聯合希巴魯茲開始研制新型Slave。靜流遇到了深優。愛莉卡從艾利斯蒂那裏聽來了蒼天之青玉蕾娜的故事，知道了她同時獲得了夢想和愛情，愛莉卡決定向謝爾蓋表白，路上卻被流氓抓住。謝爾蓋找到了十四年前在風華宮的宮女，了解了那場動亂的真相，以及誰才是真正的公主。
第十五話 愛莉卡、哭泣
謝爾蓋得知戴著蒼天之青玉的人才是真正的公主。謝爾蓋救下愛莉卡，愛莉卡與表白卻被回絕。謝爾蓋故意羞辱蕾娜，愛莉卡氣急打了他壹巴掌。壹系列陷害愛莉卡的真相被揭開，米婭作為友繪的替死鬼被趕出了學園。同病相憐的愛莉卡與真白抱頭痛哭，二人相約，愛利卡要成為優秀的乙HiME，真白要創造人人都能幸福的國家。畢業舞鬥選拔開始。
第十六話 是約定哦！
尼娜和愛莉卡被選為舞鬥的代表，友繪仍想加害愛莉卡，被艾莉斯蒂識破，為救愛莉卡，艾莉斯蒂受傷。愛莉卡、尼娜、艾莉絲蒂，三人約定都要成為優秀的乙HiME。畢業舞鬥與城堡建成禮同時舉行，而城堡的真正面目竟然是巨大的兵器，並在壹擊之下喚出無數Slave……
第十七話 蒼之舞/思念、散落之時
由於希巴魯茲的進攻，城中壹片混亂。阿斯瓦德的眾人來到加爾德羅貝學園，靜流和夏樹與之戰鬥時，希巴魯茲幹擾了真祖與眾乙HiME的連接，舞鬥服失效。靜流掩護夏樹逃出。炎凪占領了溫德布盧姆市。艾莉絲蒂竟然也是希巴魯茲的壹員，並被迫攻擊愛莉卡，謝爾蓋救下愛莉卡，卻被尼娜發現是壹直資助愛莉卡的人，氣急的尼娜引發了漆黑之金剛石的力量。為救愛莉卡，艾莉斯蒂被尼娜誤殺。悲痛中的愛莉卡與尼娜舉劍相向……
第十八話 White Out
僥幸逃出的真白與流民呆在壹起，親眼目睹葵被流民逼死。夏樹被奈緒所救。愛莉卡與阿斯瓦德的眾人生活在壹起。
第十九話 宿命的17歲
真白與愛莉卡相遇，愛莉卡卻因為受到打擊不願再使用乙HiME的力量。加爾德羅貝學園完全被炎凪控制，蕾娜的遺體被用來當作新的真祖，炎凪要讓學園裏的女孩子們成為新的乙HiME。夏樹來到艾爾利斯尋求幫助，但是……
第二十話 不要叫我尼娜
因為危機，愛利卡再次使用了蒼天之青玉。艾爾利斯國答應幫助夏樹。友繪等人成為了炎凪的新型乙HiME，並將靜流從獄中帶出。尼娜打開了管風琴。
第二十壹話 白色公主 覺醒之時
原來尼娜才是真正的公主。愛莉卡和真白與阿斯瓦德的人生活在壹起，二人的身心都得到了成長。真白向國民宣誓要成為合格的女王。炎凪發現了愛莉卡等人的下落，謝爾蓋與友繪等人去抓愛莉卡。夏樹與奈緒為找愛莉卡決定來到卡羅帝亞。
第二十二話 毀滅之歌
碧向卡羅帝亞復仇。尼娜第壹次啟動了管風琴，巨大的能量讓眾人驚愕，深優及時出現救了愛莉卡和真白。從昏迷中蘇醒的艾莉卡，卻發現兩個可疑的身影……
第二十三話 不思議之谷的愛莉卡
愛莉卡和真白被深優帶到黑之谷，遇到了炎珠之紅玉舞衣和貓神命。夏樹和奈緒也誤闖黑之谷，見到了以前的好友。炎凪利用管風琴的威懾力讓諸國歸順於自己。夏樹等人不能坐視不理炎凪的暴行，決定返回溫德布盧姆市，留下愛莉卡和真白向命和舞衣學習。
第二十四話 為了妳……
尼娜為殺了艾莉斯蒂和接連毀了幾個城市而痛苦不已，謝爾蓋安慰尼娜，尼娜終於向謝爾蓋表明了自己的愛慕。炎凪殺了謝爾蓋，卻騙尼娜說是謝爾蓋和史密斯互射所致，為維持謝爾蓋的生命，尼娜不得已要壹直啟動管風琴，“為了妳……哪怕要和全世界為敵我也……”。戰爭全面打響……
第二十五話 蒼天之少女
慘烈的戰爭開始，即使是昔日的好友此時也要刀劍相向。愛莉卡含淚毀掉母親蕾娜的遺體，乙HiME系統恢復，愛莉卡真正繼承了蒼天之青玉的力量。當大家終於看到勝利的曙光的時候，管風琴再次啟動……“想成為乙HiME是為了能保護大家”“想要創造能讓人民幸福的國家”“除了父親大人以外我什麽都不要”“我的願望…我的愛情…我的夢想…就在這裏”
最終話 Dream Wing ~夢之所在~
為了對抗管風琴，深優開啟了引導星，解開了乙HiME的乙式限制，眾乙HiME成為真正的HiME，擺脫主人的束縛可以按照自己的意願行事。五柱齊集、所有的乙HiME們都齊心協力對抗管風琴。愛莉卡與尼娜決戰，最終愛莉卡使尼娜回心轉意，但管風琴卻因為超負荷運行而暴走控制了尼娜的心智，在尼娜的哀求下、為了拯救大家，愛莉卡揮劍刺向尼娜……
戰爭結束之後，壹切重新開始，真白和愛莉卡努力建立壹個新的國家，尼娜與失去記憶的謝爾蓋在壹起開始新的生活……