1950年初，蔣介石不甘心在軍事上的徹底失敗，他為了顛覆我新生的紅色政權，阻撓國際社會對我***和國的承認，命令潛伏在西南重鎮山城裏的代號“神風”的特務組織頭目“教父”暗中勾結抗戰勝利時潛伏下來的日本特務，妄圖利用抗戰時期日寇生產的大規模殺傷性武囂，壹舉摧毀山城，塗炭百姓生靈，為我新生的***和國臉上抹黑。蔣介石親自為這個重大的軍事打擊行動命名為“幽靈計劃”。我人民解放軍安全保衛部門掌握了重大的信息的同時，又收到潛伏敵特“神風”組織中代號為“梅”的特務的秘密信件。原來這個“梅”和其他許多國民黨人士都是有良知的中國人，他們極不願意看到當年踐踏我國土屠殺我同胞的日本強盜東山再起，更不能容忍國民黨特務組織中的右派用日本強盜生產的大規模殺傷性武器屠殺我們自己的骨肉同胞，因此他們表示願意與我方緊密合作，徹底粉碎這起禍國殃民的“幽靈計劃”……
編輯本段分集劇情
第壹集
1950年8月，夏末初秋的山城格外寧靜美麗，滔滔江水川流不息地向東流去。山城市歌舞團樂隊的同誌們正在認真排練大提琴協奏曲《巴山風雨》，以迎接年末即將召開的首屆各友好國家聯歡會。
奔流不息的江面上忽然浮出壹具不明漂浮物迅速流向53號鐵路大橋，警覺的守橋戰士們立刻駕船打撈，曲排長奮不顧身跳進湍急的江水中，將漂浮物撈上岸邊。掀開層層農家自織土布包裹著的不明漂浮物，壹張滿是綠色的女性面龐駭然出現在大家面前。
深夜，雷電交加。壹個身著白色日本和服的長發女子幽靈般的身影，悠然地從守護在白色別墅前面看房人“大疤拉”的面前飄過，轉眼就失去了蹤影。轟隆隆的雷聲中，從別墅裏面傳出了壹聲聲清晰的電臺發報特有的滴答聲。
山城保衛部偵聽科立刻截獲並破譯了這段奇怪的電文。原來這電文是國民黨潛伏在山城的特務組織“秋風”小組組長——特務頭子“竹子”向臺灣中央情報局局長“神父”匯報正在執行的壹個名為“幽靈”計劃行動的電文。這時，壹封自稱代號為“梅”的“秋風”小組的重要成員給山城市委副書記鄭凱南（王玉璋飾）發來匿名信涵，揭露“幽靈”計劃的核心內容就是“秋風”小組已經和前日本關東軍潛留在中國的特工進行合作，近期內必將對山城進行壹次大規模的軍事打擊。而綠色屍體極有可能就是進行這次打擊所使用的“武器”載體。
事件引起了黨中央和國務院的高度重視。公安部立即安排特級偵察員“利劍”馬道成（黃誌忠飾）前往山城。鄭凱南親自掛帥，組成了以山城保衛部公安處處長陳光（林笑石飾）、科長周雪（朱婷飾）以及軍醫劉傑（田甜飾）為骨幹的偵破小組。
原本應該燒掉的綠色屍體，被“梅”的手下拋入江中，從而暴露出“幽靈”計劃，“竹”惱羞成怒，親手槍斃了將屍體拋入江中的兩個特務，進而密令“菊”立即銷毀屍體，挽回不利局面。
鄭凱南請山城醫科大學的解誌遠教授（趙有亮飾）來檢查綠色女屍。在醫大附屬醫院的解剖室裏，當著解教授和他的助手章含羽（顏丹晨飾），醫院院長朱可然（張晞林飾）解剖室醫生孫相壹（向語飾）等人的面，周雪揭開了蒙在女屍身上的遮屍布，可露出的卻是壹具不明男屍的面孔。
陳光周雪迅速出擊，當他們來到醫院太平間時，壹個黑影疾速破窗而逃。太平間裏其中壹具屍體，正是敵特還沒來得及毀屍滅跡的那具綠色女屍，而掉落在女屍跟前的壹個聽診器，引起了周雪的關註。
章含羽追求自己的老師解誌遠，這在醫學院是眾人皆知的事實。當她陪教授再次前來查看那具失而復得的綠色女屍時，意料之外的事情發生了，解教授竟然在女屍面前暈了過去。
第二集
解教授的女兒，在市歌舞團樂隊任首席大提琴演奏員的安琪（李舜飾），得知父親是因為看見了那具令人恐怖的綠色屍體後才暈倒的，立即將滿腔怨氣都發泄在了章含羽身上。因為安琪從小失去母親，深怕再失去自己的父親，所以對眼前這個聲稱愛自己的父親並且照顧他的工作和生活，卻又讓他承受沈重工作壓力從而不明不白暈倒的女人當然極為不滿。她要這個大不了她幾歲的章含羽從她爸爸身邊滾開。
解教授嚴厲地訓斥了女兒，並且說出如果安琪繼續幹涉他和章含羽的婚事就不認她這個女兒的話來，兩個女人間的恩怨進壹步加深。
見慣了各種觸目驚心屍體的老教授竟然會被壹具綠色女屍體嚇暈過去，這裏面有著極其復雜的原因。當教授身體有所好轉後，立即對綠色女屍進行了仔細的檢查，可他回到辦公室打開加了雙鎖的抽屜時，壹封裝著壹粒子彈和寫著“把口閉上”的恐嚇信早已擺在了他的抽屜裏。敵特已經把給他盯上了。
恐嚇老教授的當然是“竹子”了，為了進壹步制造更大的恐慌和混亂，他命令手下特務們在整個城市裝扮成“綠色惡鬼”，混淆我偵查人員視聽。
解教授來找鄭凱南，詳細講解自己二十年前在日本留學期間接觸過“綠色屍體”的事實經過，並且指出：致人死命並使人體變成綠色的罪魁禍首，是由他的日本導師完山龜造研制成的壹種病毒細菌“SS3”造成的。老教授擔心，壹但將“SS3”制造成殺人武器，其威力絕不亞於美國在廣島長崎投下的原子彈，幾百萬人的生命會隨之毀滅。
深夜，雷電交加。特務們裝扮的“綠色惡鬼”在山城的大街小巷肆意忘為，嚇得壹個醉汗屁滾尿流。馬道成緊緊追著這個“綠色惡鬼”的線索，他要壹查到底。
那個曾經被周雪關註過的聽診器，原來竟然又是解剖室醫生孫相壹丟下的，但孫相壹卻堅持自己的聽診器落在家裏，而且要找女朋友來證明自己的清白。
馬道成尋“綠色惡鬼”蹤跡而至，決定住進“寶來居”客棧。是夜，壹縷迷魂青煙吹進馬到成的房間，壹個“綠色惡鬼”悄然溜到床前，打開馬道成隨身攜帶的箱子，轉過身來，只見活生生的馬道成就在自己眼前，於是惡向膽邊生，掏出刀子就刺過來。
馬道成輕挪橫閃，瀟灑自如，左壹拳又壹拳，打得“綠色惡鬼”狼狽不堪，跪在地上直叫馬道成祖宗爺爺。馬道成命令他將面具揭下來，這個裝扮成“綠色惡鬼”的人會是誰呢？
第三集
“綠色惡鬼”正是“寶來居”的店主，這個貪圖錢財，撈黑心錢的家夥，原來是看見特務裝鬼嚇唬人，他也學著裝鬼來圖財害命。馬道成給他提了個讓他自己遊街，清除假扮“綠色惡鬼”給社會和百姓造成的惡劣影響的條件，然後就放了他。這個店主到還真聽話，自己敲著鑼上街不停的罵自己不是人，完了還上保衛部坦白了自己的罪行。
馬道成以這種獨特的個人風格正式加入偵破“幽靈”計劃的隊伍。而且將偵查對象鎖定為解教授和他身邊有關聯的人。
壹個緊急電話驟然響起，孫相壹在家裏自殺了。這是醫院院長朱可然去找孫相壹談心的時候發現的，朱可然還發現從孫相壹家裏出來壹個神秘的女人。敵特是有意要掐斷保衛部偵破綠色屍體案件的線索。
按照與“梅”的約定，偵察員柳陽（李思思飾）來到“薛家祠堂”取回情報。“梅”的建議是：從日蔣特務勾結的日方下手，才是破獲“幽靈”計劃的突破口。
馬道成從綠色女屍手上留下的金戒指並通過金店老板的確認，追蹤到櫻花茶道社。這個茶道社已經出門好幾天了的老板娘——日本人千島百惠子，就成了偵破綠色女屍案件的最新目標。另外，茶道師康秀英（沈丹萍飾）和女領班葉雨蒙（朱紫雯飾）也引起了馬道成的註意。他心系山城百萬群眾的生命和財產安全，決心將日蔣特務這壹群惡狼壹網打盡，他要把這場戰爭的勝利作為他新婚的禮物送給自己的未婚妻——周雪。
解教授最近身體狀況不太好，他想到桃花塢去散散心，章含羽堅持陪同他壹同前往。可是，解教授卻對女兒安琪說，他是出差去外地開醫學研討會，安琪答應等爸爸開完會後去火車站接他。
第四集
解教授故意支開章含羽，壹個人獨自來到已故亡妻安詠菲的墓碑前傾吐心聲，章含羽豈肯錯過機會，她跟蹤她的老師，將壹切都記在了心裏。
安琪最近老是接到壹個中年女人的奇怪電話，收發室的喬永達師傅（王群英飾）都覺得這個四十多歲的女人非常神秘。這天晚上，安琪又接到提醒她去火車站接父親的電話，放下電話出了家門，黑洞洞的城門口忽然跳出四個歹徒不由分說將安琪捆綁起來，不知要帶往何處。螳螂捕蟬，黃雀在後。馬道成及時出現，三拳兩腳打跑了歹徒並生擒了其中的壹個，危急中救了安琪。
陳光和周雪來櫻花茶道社調查，康秀英提供了壹個眼角上長著顆痦子的日本男人很可能跟失蹤的千島百惠子有關聯的重要情報，並將其畫了像。大郭（樊尚宏飾）和柳陽也找到了敵特拋棄綠色女屍的第壹現場。
得知父親欺騙自己，安琪十分苦惱。將回到山城的父親和章含羽堵在家門口，痛斥章含羽糾纏自己的父親。
第五集
馬道成來到櫻花茶道社，從康秀英口中得知葉雨蒙就是孫相壹的女朋友，陳光答應第二天就去調查。可是第二天壹早，茶道社燒水的夥計福子打來電話，葉雨蒙已經死了。是他殺還是自殺，敵特再次攪亂了保衛部偵破“幽靈”計劃的步伐。
正準備解剖綠色女屍的解教授忽然接到壹個自稱手裏有解教授和安詠菲***同寫作的《細菌與人體免疫》研究論文的老男人的電話，向醫院看門人陳師傅打聽了盤龍寺的方向後，解教授離開了醫院。馬道成壹路跟蹤。
回想起安詠菲和自己恩愛有加卻因為壹篇論文二人婚變形同陌人，最終招至愛妻自殺，自己只能和年幼的安琪相依為命，老教授淚如雨下。
章含羽從陳師傅那裏知道老師去了盤龍寺急忙趕去。她來得正是時候，加上馬道成暗中相助，章含羽順利地將解教授從特務們的綁架中救了回來。
第六集
當天夜裏，壹個黑影來去自如的鉆進了解家院子裏，他那可怕的綠色惡鬼面具直嚇得安琪魂不附體。馬道成發現這個黑影後窮追不舍，可惜在破廟裏讓他跑掉了。
第二天，又壹封恐嚇信放在了解教授的辦公桌上，“想要保住妳女兒的性命嗎？那妳就離綠色屍體遠點！”
老教授氣得心臟病發作，幸被章含羽及時救助，但解剖綠色女屍的工作只好暫時停止。
周雪和大郭在廣大群眾中間明察暗訪，終於在郊區的紫雲觀發現了那個眼角上長著顆痦子的日本男人，案情從另壹個方面取得突破。
深夜，醫院值班的劉傑發覺解剖室的門開著，推門進去，壹個白袍綠色惡鬼正在解剖那具女屍，白袍鬼順勢將手中的手術刀拋向劉傑，千鈞壹刻陳光趕到，白袍鬼破窗而逃。
敵特刻意要在解教授之前解剖這具綠色女屍，暴露出女屍身上肯定隱藏著什麽重大秘密。那麽那把手術刀又是誰的呢？
第七集
手術刀是解誌遠教授丟失的，這是安琪發現的。馬道成跟蹤章含羽和解誌遠並與安琪接觸，也發覺解教授是敵我雙方爭奪的中心。因此，保衛部緊急部署，劉傑和周雪立即解剖了那具綠色女屍，在女屍的肚子裏發現壹個三個月大的胎兒。敵特的目的昭然若揭。
安琪莫名其妙的夢遊起來，與此同時，朱可然代表太平間看護工張福祥師傅向陳光反映，解教授就是那個夜闖解剖室的人，可又傳來張福祥師傅心臟病發作忽然死亡的消息。張師傅的老伴——櫻花茶道社的康秀英壹口咬定，給她丈夫看過病開過藥的章含羽就是兇手。保衛部派周雪徹底調查張福祥的死因。
第八集
康秀英向周雪詳細述說了張師傅生病、章含羽看病開藥、吃藥以後忽然心臟病發作的過程；醫院的謝醫生向陳光反映解教授曾經動過章含羽的出診箱，而章含羽就是給張福祥開了這個出診箱裏的藥品才導致其死亡的。藥品裏含有劇毒物品ASD。敵特真的是狡猾透頂，不擇手段。
為了排解父親和章含羽曖昧關系給自己帶來的煩惱，安琪請馬道成喝咖啡，同時表白了對馬道成的愛意，馬道成第壹次告訴了安琪自己的名字。
劉傑從北京帶回來壹個特殊的客人方大奎，他是當年見證日本731部隊使用細菌和生化武器的幸存者，他的悲慘經歷證實了發生在山城的綠色女屍案，是日本軍國主義殘余分子藤田宏野和龜田弘二勾結國民黨特務繼續使用“SS3”妄圖顛覆我新生紅色政權的重大案件。千島百惠子是他們使用“SS3”的又壹犧牲品。
這天，櫻花茶道社來了個不速之客，她就是千島百惠子的孿生妹妹加代百惠子，為了保護加代百惠子，更為了將躲在暗處的敵特逼出來，保衛部抓走了章含羽和解教授，神秘的女人再次打電話給安琪通知她她父親被逮捕的消息，急得安琪沖著電話大喊大叫：妳到底是誰？！
第九集
陳光匆忙來到櫻花茶道社，猛然發現加代百惠子被捆綁著昏迷在地上，急忙將其送到醫院緊急搶救，福子來保衛部報告，他認為是康秀英對加代百惠子下的毒手。此時，壹個白衣人已經緊緊盯上了躺在重癥病床上的加代百惠子了。
章含羽還在苦苦追求解誌遠，安琪對馬道成說出她堅決反對父親和章含羽結婚的理由：她認為她的媽媽還活著，而且就在山城的某個地方。那個老是給她打電話的神秘女人，很可能就是她日夜思念的親身母親。
“梅”送來情報，臺灣派來幫助執行“幽靈”計劃的特務已經抵達山城。
第十集
白衣人調虎離山把劉傑支走，迅速溜進重癥病房對加代百惠子註射了“SS3”，很快，加代的屍體就變成了綠色，臨咽氣前對著龜田弘二的畫像說出的那句：“我就是做鬼也不會放過妳”的話，讓陳光等人久久不能忘記。
安琪向康秀英傾述思念媽媽的痛苦情感，康秀英聽後十分反常。
臺灣來的特務名叫盛約翰，代號“紅桃皇帝”。他在龍泉寺留下了請求與“秋風”小組接頭的暗號，然而令馬道成和周雪大吃壹驚的是，來取接頭暗號的人竟然是章含羽章醫生。
第十壹集
鄭凱南果斷出擊密捕了真名叫孫紹康的臺灣特務。妻子和兒子親情的強烈感召，促使這個孫紹康向馬道成和盤托出了此次前來大陸協助執行“幽靈”計劃的全部內容和細節。馬道成藝高人膽大，他要裝扮成臺灣特務“紅桃皇帝”壹舉打進日蔣特務的內部。
“竹子”派人刺殺了監視章含羽的大郭，秘密綁走了章含羽，不知道情況的解誌遠還以為是因為安琪和章含羽鬧矛盾氣走了章含羽而對自己責怪不已。
馬道成以“紅桃皇帝”名義發出的接頭暗號被“竹子”收到了，敵我雙方壹場不是妳死就是我活的生死搏鬥迅速拉開了帷幕。
第十二集
解教授搬到新家，安琪正指揮著工人門將家具雜物等運進屋裏，大疤拉遠遠地冷眼查看著這壹切，這座他已經守候了好幾年的白色別墅難道深藏著什麽不可告人的秘密嗎？
馬道成按照“竹子”的指令來到禹王廟，被早已躲在這裏的特務打暈後，又被軍用摩托拉回了山城。壹大清早出門練琴的安琪在十字路口發現了仍舊昏迷不醒的馬道成，迅速將其送往醫院救了他壹命。
回想起和安琪交往的所有情況，馬道成懷疑安琪就是大特務頭子“竹子”。
從醫院守門人陳師傅手裏接過章含羽的絕命書，解誌遠照著郵戳地址來到了劉家家廟，然而等待他的卻是裝扮成章含羽模樣的小特務韓老六。壹幫特務將他推到遍體鱗傷的章含羽跟前，章含羽感激老師不顧個人安危冒死前來相救。
不見父親的安琪急忙叫來陳光和周雪，半夜，周雪再壹次看見了夢遊中的安琪。
第十三集
其實章含羽是被騙到劉家家廟的，敵特是要用她來交換解教授破解“SS3”病毒實驗報告的，沒想到解誌遠自己送上門來了。
朱可然約安琪到櫻花茶道社，揭露章含羽不惜以色相騙取她爸爸研究成果的事實，安琪聽後如五雷轟頂精神頻臨崩潰。
回到醫院的朱可然偶然發覺衣服口袋裏有壹張“竹子”的指令，這個披著醫院院長人皮子的朱可然竟然是國民黨特務。但把接到紙條前前後後所有的人——康秀英、安琪、福子都過濾壹遍之後，朱可然卻仍然不知道是什麽人什麽時候在自己的口袋裏放了指令。
回到家裏的安琪也發現自己的包裏被人放了壹張字條，字條上寫著“妳爸爸和章含羽被關在劉家家廟，知名不具者書”。陳光立即帶領戰士前去救助。
馬道成堅持執行自己的B計劃，經過及其復雜的暗語考驗，總算取得敵特信任，但是又被打暈了過去。
是夜，壹道黑影從天而降，略施計謀擊斃兩名小特務並後，迅速進入關押解教授和章含羽的牢房，趕在解放軍前面將他們二人救了出去。
第十四集
驗明身份後的馬道成住進了興隆客棧，這天接到新的指令來到北山飛雲閣和“竹子”接頭，沒想到出來個叫陸萬年的特務，聲稱馬道成是***軍的臥底，不由分說要將馬道成從山崖山扔下去，關鍵時刻朱可然以“竹子”的身份站了出來。馬道成計上心來，逼迫朱可然既承認自己不是“竹子”而且又對他“紅桃皇帝”的身份深信不疑。
回到家裏的解教授第壹時間打開保險櫃，可是放在裏面的實驗報告卻不翼而飛了。陳光建議教授放出“這個實驗報告只不過是份草稿，數據毫無用處”的話來欺騙敵特。
章含羽來找大疤拉吳思源，她感覺那個在劉家家廟救自己和解教授的人就是眼前這個長相及其難看的大疤拉，可是大疤拉卻並不承認。走在大街上，章含羽猛然發現綁架自己和解教授的壹夥特務，周雪帶領部隊迅雷不及掩耳將以韓老六為首的這夥特務全部抓獲。韓老六交代，幕後指使者是壹個四十多歲的神秘女人，壹個眼角上有痦子的男人還親自審問過章含羽。狡猾的狐貍又壹次露出了尾巴。
第十五集
解誌遠向章含羽求婚，章含羽激動萬分熱淚盈眶的答應了，但她很快地又擔心起教授丟失的實驗報告來，其實也沒什麽好擔心的，這不，特務“菊”——朱可然已經把實驗報告親自送了回來。
特務錢正運建議馬道成去郊區碧霞寺轉轉，到了碧霞寺後卻被壹隊解放軍忽然襲擊，馬道成識破陰謀，堅持自己是香港商人盛約翰的說法不變，敵人只好把他綁在壹棵大樹上悻悻而去。
安琪周雪聽從陳光的安排來到碧霞寺參觀，在寺裏碰見了給亡夫燒香的康秀英，三人聽見馬道成的求救聲，這才解了馬道成的圍。
周雪眼睜睜看著自己的未婚夫馬道成和安琪卿卿我我談情說愛，心裏的苦楚引起情緒變化，差點兒將二人真實身份在安琪面前曝光。