Jones所在的醫院內有外星逃犯藏身，整座醫院被宇宙警察送到月球，逃犯用壹種特殊的方式暫時隱藏了自己的種族，而非人類的博士卻被警察追趕。氧氣就快要用完了，博士用犧牲自己的方式迫使逃犯中計，及時令醫院回到地球。(法師第二次出現）
02——博士和瑪莎回到了過去觀看瑪莎的偶像莎士比亞的戲劇，竟然發現就要上映的是傳說中不存在的《愛情勝利》，上映之時，女巫從舞臺上飛出，原來莎士比亞被控制，戲中的臺詞都是解除女巫封印的詞語。在莎士比亞不斷創造的新詞語下，女巫被再次封印。
03——博士和瑪莎來到五十億零五十三年後的新地球的第十五紐約，卻只看到地下城的貧民窟和壹望無際停滯的車流，瑪莎被其中壹輛車劫走，博士為救瑪莎也搭上了某輛車。Boe之臉為了拯救城市，將自己最後的生命轉化為能量，臨終前Boe之臉告訴博士他最大的秘密——You
Are Not Alone（妳並不孤單）。Boe之臉第三次出現並死亡
04——博士和瑪莎回到了大蕭條時期的美國，看到了帝國大廈正在建築中，旁邊的公園則住滿了失業的人群，有人說公園裏的人不斷減少，每天都有人失蹤。博士決定壹探究竟，沒想到又是戴立克的壹個陰謀。
05——戴立克成功的與人類融合，而且還擁有了人類的感情，博士就想和人型戴立克合作，改造戴立克壹族。但是其他戴立克卻殺死了人型戴立克。最後博士和瑪莎以及壹名英勇的美國人合力瓦解了戴立克的陰謀。
06——英國的壹名著名教授從蠍子體內提取了壹些令他返老還童的物質和壹套機器，成功從70多歲的老人變成壹個20、30多歲的年輕人。但變異正在教授的體內發生，他變成了壹只巨大的蠍子，殺死了自己的合作夥伴。後來在約會瑪莎的妹妹的時候再次變身，還失去理智到處殺人，最終被博士阻止。
07——博士和瑪莎在太空旅行的途中誤上了壹艘無證采礦船，而船再過42分鐘後就會墜入太陽。在船上有兩個人不知何故體溫不斷提高，並且變得極度兇殘危險。後來博士才發現原來太陽上存在壹種生命體，由於采礦人員采礦時實際上是捉了他們的族人，所以它要報復船上的人。最後船上的人打開倉庫丟棄所有太陽物質後終於脫險。
08——博士為了躲避宇宙中的壹個嗜血家族而令自己變成人類，將所有記憶和力量隱藏在壹只懷表裏，化名約翰·史密斯(John
Smith)在英國的壹家著名大學當老師，瑪莎則成了他的黑人女仆，博士還和學校裏的護士長墜入愛河。然而外星人還是追來了，學校附近不斷有人被抓去做這個家族的寄生者，而被外星人控制的稻草人四處攻擊學生，更嚴重的是懷表丟了。
09——博士的身份暴露了，然而人類博士卻不敢面對，他放不下約翰·史密斯的生活和愛情。後來壹名學生把懷表交給博士，博士終於打開懷表，釋放自己的壹切記憶與能量。最終博士制裁了嗜血家族的四名人員：父親推進異空間，母親被鎖進了廢棄的白矮星的核心，妹妹被放到了鏡子中的世界，而哥哥則變成了壹個稻草人，至今仍在守望英國的土地。而且他們四個都得到了他們所想要的——永生。這時家族才明白，其實博士完全有能力對付他們，原先的逃跑躲避只是博士太仁慈，不想傷害他們。
10——壹名英國女生Sally
Sparrow在壹所“鬼屋”探險時撕開墻紙，墻上竟然有她的名字，還寫著“快逃，小心石像”的字眼。於是她第二天與壹位朋友壹同再來，她聽見門鈴響去開門，而她的朋友卻突然消失了。這時門外進來壹位自稱是她的朋友的孫子的人給了她壹封信，信上說“妳看到這封信的時候我剛剛消失了，到樓上拿走天使手中的鑰匙，小心石像……”他趕緊到警視廳報案，結果那個幫助他的警探也回到了過去，他們再次遇到時他已經年老得即將死去。後來她找到了她朋友的哥哥，從30多盤錄像中找到了博士說的話，原來博士和瑪莎因為接觸了天使石像，被石像困在過去，博士希望Sally幫忙把塔迪斯送到過去。Sally再次來到鬼屋，四個天使窮追不舍。最後她在博士的指導下，終於把塔迪斯送到了過去，同時讓天使成為了真正的石像。（本集獲2008年雨果獎最佳戲劇表現短片）
11——博士和瑪莎把塔迪斯停到了卡迪夫的時間裂縫上補充能量，壹直在卡迪夫等著博士的傑克·哈克尼斯在博士離開的前壹刻出現牢牢抓住塔迪斯，並被帶去了宇宙末日。傑克用博士被砍下的舊手（見第壹季特別篇）追蹤博士。博士向傑克解釋當初羅斯把他復活過來是用了時間的力量，使得他成為了時間軸上壹個不變的定點，不會年老不會死亡，這完全違反了自然定律。博士壹行人在那裏遇到了負責研究該火箭的教授亞納YANA（即YOU
ARE NOT
ALONE“妳並不孤單的”的英文簡寫)，在教授的請求下，博士答應幫助修好了火箭。而瑪莎發現教授居然有壹個和博士壹模壹樣的懷表，教授受到懷表的威脅而打開了懷表，變回了時間領主族人。原來他竟然是博士以前的族人法師Master，法師搶走了他迪斯Tardis，把博士壹行人留在了宇宙末日。博士無法可施，只能在最後壹刻鎖定塔迪斯的坐標和時間，使它只能往返於21世紀的地球和宇宙末日。
12——博士壹行人回到了地球，發現所有人都在打壹種不知含義的四節拍拍子，還發現自己錯過了首相大選，新首相竟然就是化名為薩克森的法師！法師為了抓住博士，在全國通緝博士三人。可是法師已經在地球壹段時間了，參與了大天使衛星網絡以及勇氣號航天飛船的制造。在成為了首相之後，他殺死了所有的內閣，並帶來壹種新的生物，還捉走了瑪莎的所有家人（這壹集中發現瑪莎的母親和壹群聯邦調查員壹起，原來是法師安排的）、博士和傑克，博士發現所謂的新生物竟然是宇宙末日的人類！原來法師將塔迪斯改裝成了謬誤機，法師不殺死博士，而是令博士加速老化了900年，並把他關在壹個籠子裏。法師把全地球的人當做奴隸為他制造武器，準備挑起宇宙大戰。
13——瑪莎用壹年的時間走遍了世界，說是要拿走為了防止時間族威脅地球而制造的4種化學藥劑，據說混合後可以殺死時間族並且令他們不再復活。然而最後壹種藥劑尚未得到，瑪莎卻被捉住了。在法師為宇宙大戰的爆發倒數時，所有人類壹起高呼：博士！博士！博士！地球人心靈的力量，加上大天使網絡，讓博士重獲新生。博士原諒了法師，而法師的夫人向他開了壹槍。法師將死時博士緊緊抱住他道：“快重生，我們是最後的時間領主，別留下我壹個！”可是法師說道：“那壹次，我聽到了戰鼓的聲音，我壹生註定是壹個戰士，我也只有像戰士壹樣死去才能帶來和平。”(每壹個時間領主幼年時都要面對壹個未經淬煉的時空，他們中有的會得到啟示，有的會逃跑，有的會瘋掉，法師見到後瘋了；而博士則是逃跑了)
最後博士火葬了法師，當他再次邀請瑪莎壹起旅行，瑪莎婉拒了他。Boe之臉的真正身份將在這壹集揭曉。
特別篇——《詛咒之旅》。博士的塔迪斯被追尾，肇事船居然是泰坦尼克號。原來壹家外星旅遊公司仿照泰坦尼克號制造了壹艘巨大的泰坦尼克號宇宙飛船。但是飛船卻連續遭遇不幸：防護罩被毀，裝上隕石群，船長死去，服務機器人嗜殺成性……