話說明朝開國初年，天下方平，民心未穩，北有前元作亂，南有明教殘毒，朱元璋寢食難安，意欲掃除余孽，壹統天下。遂廣設錦衣衛，督察朝野，采集民情，並親賜“天龍寶劍”給軍師劉伯溫，令其以退休國師之身份，名為辭官歸隱，實乃巡遊江南，微服私訪，告之曰：“天龍寶劍如朕親臨，遇貪官汙吏可先斬後奏，賢能俠士可授予官職”。臨行，劉伯溫為大明江山蔔算幾卦，囑咐幾句，遂開始了其頗具傳奇色彩的江南巡行。
遇英雄結伴江南行
且說劉伯溫出了大殿，行將遠涉江湖。忽掐指壹算，恐朝歌日久生變，深為君王安危擔憂，欲回殿示警，然守衛森嚴，答曰：“奉皇上口諭，吾皇休息，任何人不得入內打擾”，只好作罷。步出皇宮，衛士雲：“劉國師已歸隱，既無官銜，不得入宮”。劉伯溫長嘆壹聲：“罷了，多思無益，南巡去也”……
都市真個繁華，煙柳畫棟，風簾翠幕，參差十萬人家，市列珠璣，戶盈羅綺。叫賣聲、嘶鬧聲，菱歌簫鼓，竟比豪奢。劉伯溫滿城巡行，見人民富足，甚是欣慰。正笑意間，忽有張氏婦女啼曰：“妾夫客死異鄉，無銀安葬，今願賣身葬夫，恩公可願出十兩黃金?”劉伯溫憫其悲，感其情真，遂贈予50兩黃金，囑其好生安葬親夫，回鄉安頓，張氏拜謝而去。
眼見天色不早，劉伯溫投宿客棧。次日方下樓，便聞有客官曰：“林虎乃城中首富林家新過門的姑爺，林家為本城步政使，頗具勢力”，另壹酒徒曰：“吾與當朝胡丞相沾親，汝今識我，乃爾福也”。劉伯溫正尋思這蕓蕓眾生，無所不有，壹壯士慨嘆：“吾父畢生研究字義，竟無壹知己，今有壹絕謎，射中者酬以百金……”，眾皆嘩然不睬，恰林虎至此，其人不知深淺，欲解此迷，然百思不得其解，加之壯士譏諷之下，黔驢技窮，惱羞成怒，欲強辭加罪於壯士。壹清秀和尚出頭爭辯，林虎理屈，喝令家奴行兇捉拿二人。壯士壹身武藝，壹招“力劈華山”，唬得林虎等人狼狽逃竄。劉伯溫見二位英雄俠義，壹心想收此二人為我朝所用，於是上前寒暄，得知壯士名為古震，和尚俗名方澤，互通稱謂後相約結伴南巡。
行至城門，守衛曰：“林老爺正在通緝壹幹人犯，任何人不得出城”。劉伯溫暗思，這壹幹人犯豈不就是二位英雄?急忙折回城中，恰遇昨日欲賣身葬夫的張氏，張氏急曰：“林老爺欲對恩公不利，恩公可速往秘道出城”，並念出壹段字謎，暗示出城秘道所在，並贈予“乾卦”壹付。劉伯溫略作思索，得知秘道入口為壹古井，方位面向藥鋪，進秘道後只需依循“應左而右，應右而左，遇煙則進，遇火則退”便可出城(此處有壹分支劇情——當劉伯溫結識方、古二人後，繼續在酒店留宿三天，出店時會被林老爺帶人圍住。林老爺認出當朝國師，心下驚懼。劉伯溫自陳已告老退休，並規勸林老爺管教其婿。林虎聞聽劉伯溫已無實權，不由得惡從心生，率人上來行兇。擊敗林虎後劉伯溫亮出天龍寶劍，代天降旨，削去林老爺官職，財產充公，但也因此露了行蹤，以後多有仇敵襲擊)。
出得城來，壹行人趕往南方。登上武當山，過八卦陣，於後山小屋拜會劉伯溫之好友張三豐道長。彼此敘舊之余，談及梅霞山龍脈，劉伯溫決定壹尋龍脈，於是壹行人辭別武當東行。下山不久，便有無數土匪打劫，三人深入匪巢，欲討回公道。不巧，匪人三位當家不在，小首領大敗，讓劉伯溫等留下個萬兒，日後好有交代。
梅霞山龍分天地人
出了匪巢，前行不久進入梅霞山區。忽見壹野兔奔過，方澤、古震欲前去捉兔充饑，劉伯溫見此處龍氣升騰，取下“天龍寶劍”交予二人護身。二人追至壹空地，正遇地龍靈現，不料自己也被擊暈。壹個時辰後，劉伯溫發現二人仍未歸來，袖占壹卦，得知古、方二人有險，又查出此處山水相交，實屬龍虎交匯之地，必暗藏金龍奇穴。
再說方、古二人昏倒多時，只有古震醒來。劉伯溫告知古震，方澤撞龍之時為龍氣應天靈地氣之交，地龍擺尾之時，所受正面龍氣多古震十倍不止，唯有壹個月內得至寒之物，再以天龍寶劍之至陽正氣才能導之以正。且因能驚地龍使之靈動者唯有人龍，故劉伯溫推算方澤必是人中龍鳳，與大明國運有重大關聯，不可不救。當下命古震北往長白山，去尋取傳說中的“雪龍珠”，自己留看方澤病情，助其導氣以拖延時日。並又蔔得壹卦，囑咐古震此行須謹慎小心，凡事三思後行。古震得令，由北方出城，不日到達龍潭縣。
探仙境乾坤壹念間
古震壹路問去，得知龍潭縣歷來富足太平，尋思若非急需救治方兄弟，定要在此查個水落石出。正行間，遇壹賣花兒童，年幼喪父，替母賣花掙錢糊口，憐其命苦，賣花壹束，囑其速回家去，兒童答曰：“花未賣完，不能回家”，於是盡數賣下，問其何處采得，兒童喜笑曰：“今日天晚，我要回家為娘做飯，明日再來此處”。於是歇息壹晚，壹早起來，兒童至，告知古震縣東北有壹人間仙境。好奇往之，不慎落入地洞，發現洞內別有天地，真乃仙境也。環視，見太乙真人遺骨，旁有“殘缺神功”和“殘缺刀”及“坤卦”，操刀習之，果然厲害!掩埋真人遺骨，出洞打聽渡江船家。壹方姓員外曰：“鎮內原有五個船家，因得罪河神，江面艱險，只剩鎮北小屋老李壹家了”。遂前往詢問，壹夫人告之，如今不太平，決不輕易出船。遍尋未果，忽見河邊有壹老漢，往問之，老漢曰：“今日不適，明日方渡，如若今日非要渡江，客官可願親自撐船?”是與否，古震壹時不知如何回答。(此時需要玩者作出選擇，不同的選擇將影響古震今後的經歷，玩家可嘗試不同的劇情，直到治愈方澤後，劇情才重新回到同壹線索上。好了，花開兩朵，先表壹支——假設古震回答“是”。)
古震心想，救方兄弟要緊，再大的風浪，舍命也要取回“雪龍珠”，於是獨自撐船而去。船至江面，忽漏水沈落，古震壹招“大鵬展翅”躍上江岸，遇壹隊官兵擋住去路，道是元兵作亂，關隘已封。古震無奈，只好先回去稟明劉老爺子。
回到縣外渡口，遇壹紅顏李仙柔，二人結伴乘船回縣，因渡船被歹人擊穿，遂棄船遊至江邊。古問李如何能回縣上，李告曰伐竹為排可回。
回鎮後徑去客棧，如實稟告老爺子。劉伯溫道：“此乃天意，只好去找華佗了”。古震壹驚，心中詫異——莫非要去三國?!但見劉伯溫招來壹紙鶴，紙鶴翩翩，飛入壹戶人家——竟是李仙柔家，她爹爹病了，正好可同去求神醫治療。劉伯溫問道：“妳家可有秘道?”李答曰：“有，但從未用過，隨我來”。三人進入秘道，劉伯溫曰：“此乃仙家‘乾坤洞’，可洞察上下五千年”。洞口遇奇門遁甲神，劉伯溫自陳來意。原來劉伯溫上應天界紫微星，乃紫微星君轉世，諸神都須敬他三分。然奇門遁甲神乃奉玉帝旨鎮守於此，光憑交情不動武斷不能入洞。劉伯溫小試法術取勝，奇門遁甲神回天庭復命，劉伯溫口誦法咒，乾坤洞開，今古融匯……日轉星移，地換天變，竟然回到了戰火紛亂、屍橫遍野的三國時代。為防瘟疫，劉伯溫令古、李二人服下“補中益氣湯”。同時告誡二人不得泄露將來之事，否則顛倒乾坤，人世間必有大禍。
進入新野城中，欲拜訪劉備，守衛拒之。古震曰：“大膽，天龍寶劍在此，還不速速閃開!”。守衛大笑：“汝等何人，開此玩笑，吾只聽說過曹操有倚天劍，卻不曾聽說過‘天龍劍’，汝等快快離去!”。
於城中閑逛，遇百姓告曰：“欲見主公，須有賢人推薦信”，問：“城中誰為賢者”，曰：“城西石廣元”。逐往城西會石廣元，卻見石廣元正鬧壹怪病，腳腫異常。劉伯溫診脈推斷乃是腳氣病，用大豆、小豆和牛奶便可醫治。石廣元病愈，立即手書壹信，劉伯溫憑此信得見劉備，在縣衙壹睹劉、關、張及徐庶、周倉、關平、劉封等古人風采。劉伯溫提醒劉備需體恤民情——當前新野百姓正疾病叢生，患者死者不計其數，需急召名醫華佗前來普救百姓，以安民心。劉備聞言欣然應允，即刻派人去請華佗。三日後，請來神醫華佗。劉備因忙於三顧茅廬，分身乏術，故將此事全權交於劉伯溫作主。劉伯溫乘暇將方澤病情告知華佗陽之會即百會穴處，擠出瘀血方可。然配制“麻沸散”尚缺曼陀羅花，壹行三人只好出城尋花。忽遇曹仁等三員魏將正在圍攻趙雲，劉伯溫攜古震壹同加入戰團，助子龍擊退來敵。趙雲指點眾人去前方森林尋花。順道前行，兩名山賊擋在道間，擊敗他們得知前方林中有曼陀羅樹，但其中常有龍影，故無人敢入內。三人進入林中，但見壹人，竟是臥龍先生諸葛孔明。劉伯溫上前與孔明寒暄，孔明見來人談吐不俗，必是高人奇士，便向劉伯溫請教八陣之法。劉伯溫道出八陣玄機，二人切磋良久，相談甚歡。孔明依河洛之數，三日後布成壹八陣迷宮，李仙柔、古震依“左進右出，右進左出，出右進左，出左進右”之法走出八陣圖，得孔明“馬前歌”(全體智力增加)。隨後於林北采得曼陀羅花，回見華佗，配成“麻沸散”。李仙柔亦將其父病情告知神醫，神醫診斷為“屍厥癥”，取壹劑草藥交予李仙柔，令其將藥溫熱敷於病人兩脅下，同時以針刺“百會穴”，病可痊愈。之後華佗又與劉伯溫談論醫理良久，臨別將其鉆研多年之絕學《五禽戲》傳於古震，並送眾人三顆靈藥“華佗丹”。至此，三人此行目的已達，遂流轉時空，回到明朝，劉伯溫依華佗妙方治愈方澤與李老爹之癥。李老爹知劉伯溫乃當朝國師，便說出心裏話：“龍潭縣是安詳之地，然數月前壹批江湖人物控制此縣，並強迫縣民到縣東小島上采礦。因怕縣民逃走，他們封鎖江面，凡坐船出此縣者，多沒於江中，並假傳江中有蛟龍。老夫上次原欲將內情告知古兄弟，但因不知古兄弟底細而作罷”。劉伯溫聽罷即開始調查此事。(話說回來，當老船家問古震是否願獨自撐船過江時，假設古震答“否”。)
古震暗想：“吾不諳船術，還是明日渡江吧”，遂扶李老爹回家。結識李老爹之女李仙柔。次日，李仙柔為能醫治老父所患重癥，也隨古震同去長白山采藥。
船剛靠岸，便遇壹隊官兵擋住去路，道是元兵作亂，關隘已封。李仙柔拿出在員外家門前所拾之胡丞相令牌，令官兵退去。兩人出關北，行至兩山間，不慎跌入壹密洞，遇見西藏密宗紅教喇嘛。大喇嘛請求古震出手幫忙對付邪龍。原來那邪龍乃是陳友諒化身，只其死後三界不收，惡靈不滅，數年後吸天地靈氣，遂成龍形。成形不久便到處吞食人獸，曾被密宗紅教八大法師合力困於洞中。那邪龍又蠢蠢欲動……因古、李二人不是紅教中人，闖入長老居地不違教規，故大喇嘛請求二人去尋長老，爭取習全密宗九式手印，除去邪龍。二人當即應允，通過三長老層層考驗，終於學會九式手印。隨即來到邪龍洞中，合力施展手印，制服邪龍，並取得“雪龍珠”。那陳友諒化身之邪龍死前將畢生功力與千年真元傳給他三個兒子，看來惡根尚未除盡，將來仍有壹場苦戰……二人帶著雪龍珠回到龍潭縣，與李仙柔分手後古震見劉伯溫復命。劉伯溫以雪龍珠治愈方澤與李老爹的病癥。之後，李老爹將縣中怪事告知眾人，劉伯溫遂帶著古震展開調查。
滅匪巢智破水源案
劉伯溫與古震同去見方員外，壹語不和，員外欲抓二人為奴，送往小島，二人正愁無機會登島壹探，於是束手被縛，押往小島。
在縣東島上，從縣民口中得知方員外先前為人不錯，但自從改葬其父後，性情大變。且此山基石不穩，常有坍塌。正在此時，山崩復發，多人被埋於礦內，方員外之子大寶、二寶皆掩其中。劉、古二人趕來，方員外哭訴曰：“但求先生救命，吾願痛改前非，散盡家財，以贖前罪，只望保吾幼子壹命!”劉伯溫知其本非殘暴之人，其所為殘暴之事原是受壹風水方士之盅惑，且其暴行已遭天譴，便教他二條解救之法，助其渡過此劫。但觀方員外面相吉兇參半，日後福禍如何尚在於平日修為。
十日後回到方員外家，管家來報，那風水師攜三五人又來興風作浪。於是劉、古二人趕去制止，打敗風水師後，得知是胡丞相令人在此采運硝石，已三次運往梅霞山，目的不明。劉伯溫饒那方士壹命，幾人倉皇而去。方員外隨後趕來，忽見有蛙群藏身於墳穴，便命下人舉火燒其巢穴。劉伯溫感嘆曰：“方員外於祖墳處殺青蛙壹族，日後子孫雖富貴，但不久必有滅族之禍，此誠天意如此，實不可違也”。
鎮上之亂已平，劉伯溫返回李老爹家。告之其世代單傳、歷盡窮苦，皆因祖墳風水不佳之故。於是擇日、擇時辰於匪巢寨後地龍出沒之地為李家點穴改風水。忽然天昏地暗，莫非李家本無此福份或此寶地已有所屬?細問李仙柔，方知李家祖姓毛，因避戰禍改姓李，遂為於其墓穴旁尋得“坎卦”、“離卦”。回到鎮上，得知小孩家境好轉，李老爹也收了義子，眾人甚是高興。次日，劉伯溫告辭曰：“毛老爹壹族，日後必當大富大貴。老夫心願已了，需追查硝石之下落，便在此告辭。”仙柔姑娘請求同往，劉伯溫欣然同意，遂攜古、方、毛三年青人離開龍潭縣，趕奔梅霞山。
匪巢三位當家青面龍、赤蛟龍、火雲龍便是陳友瓊三子，現已收到其父邪龍臨終前傳送的三件法器，回到寨中，殺氣騰騰，專等劉伯溫壹行到來，壹來為報挑寨之恥，二來為報父仇。不日，劉伯溫壹行已至梅霞山山寨，先後擊敗二名首領及五位護法，進入寨內大廳，大戰三位寨主。鬥法中三名寨主合體化為三頭龍，天龍寶劍乃至剛之物，不敵此等陰功。劉伯溫為救眾人，以奇門遁甲之術渡大家逃難，自己身負重傷，所幸少林僧了空趕到，出手救眾人至野外草原。劉伯溫推知此龍原是青龍星之元神寄在三位寨主身上所化，屬阿修羅界，唯有以靈力打敗。了空告誡曰：“唯有佛家至陽至聖之‘舍利子’，方能克制青龍”。於是壹行人在西北風盡，東南風初起時，冒險進入西北方三界塔內，打敗人界、修羅界守護，登至最高層，對仙家說明來意。仙家曰：“唯能拔下石中劍之有緣人方可得到‘舍利子’”。於是由方澤拔去石中劍，得到“舍利子”及壹“震卦”。此後眾人與了空和尚再會，壹同趕往梅霞山山寨。了空本欲排解此番紛爭，超渡青龍星元神，怎奈青龍壹意要報當年朱元璋壹箭之仇，無奈之下了空使出萬字大法，古震施展密宗手印，方澤與毛仙柔各持兩顆舍利子，劉伯溫施奇門遁甲之如來八法聯合降服青龍，並得“巽卦”。青龍臨死前說道，雖不能親手取下朱元璋首級，卻要詛咒當今太子不得好死。劉伯溫忽憶起昨日夜觀星象，帝星旺，太子星墜，唯西南方可解太子之厄，遂領眾人前往西南方之安富縣。
到達安富縣，近晚先投宿。次日，聞縣民曰本地水源危機。遂晉見知縣，得知本縣與上遊清平縣因水源而發爭端，已有數人失蹤。劉伯溫囑縣令出榜安民，自已壹行人前往清平縣調查。
西行至清平縣，於客棧中被疑為外地不良之徒，抓去縣衙，被宋知府訓斥壹番，責令趕出清平縣。劉伯溫感覺事有蹊蹺，便在清平縣找尋水源，以期查出真相。從壹小妹妹口中得知水源已被知府派人封死，但在縣北壹水井旁往北三步有壹秘密入口。劉伯溫依言尋去，從秘密入口走入通道。行至水源入口，卻遇兩頭猛虎。打死大蟲後得“兌卦”壹付。繼續前行，發現水源充足，只是被人改道，流入壹山洞，僅剩壹小支流流向清平縣及安富縣。至洞口，方澤與仙柔搶先進山洞，許久未見出來。劉伯溫掐指壹算，並無大礙。進洞尋找，發現血跡。壹路追查，發現又壹秘道，正山窮水盡，有錦衣衛攔住去路，殺將過去，欲問出端倪，錦衣衛咬舌自盡。劉伯溫暗想：“朝野能調動錦衣衛者，屈指可數，主使必不簡單”。進壹步深入，又有弓弩隊擋道。追殺過去，發現引水進洞原是為冷卻鑄劍鍋爐，宋知府竟也在此督造兵器。聽宋知府之言方知，原來當朝胡丞相有壹“獵龍計劃”，妄圖顛覆朝廷。劉伯溫擎出“天龍寶劍”，殺敗宋知府，救出方澤和仙柔。不料壹蒙面黑衣人驟然現身，突下毒手，以塗有苗族血蟲之飛鏢射傷方澤，乘亂救走宋知府。古震忙解開方澤衣服以察傷情，卻發覺方澤原是女兒家，本名雲若水。劉伯溫診斷得知蟲毒已被種在任脈上，若蔓延至膻中穴，則必死無疑。
眾人立即起身趕往苗族尋求解治，途經安富縣，因水源問題已解，安富知縣引全縣百姓答謝劉伯溫，贈厚禮及“艮卦”壹付，至此八爻卦到齊，組成八卦鏡，卦神顯靈，四人功力盡皆大增。
訪苗疆除患定乾坤
壹行人返回清平縣客棧，見壹大嬸，曰苗人在西南山境，只能從縣北山洞過去。
進入苗境，壹苗女指點去找族長。族長給壹信物，請劉伯溫帶予隔壁大祭師。大祭師問明原由，道：“會此血蟲者，唯吾與師兄冷孤傲，因血蟲太過毒辣，吾從未用過。師兄貪戀富貴，十年前已離開師門，此等手法必是師兄所為。欲解此毒，須祭壇中之避血丹”。眾人從大祭師處取得母牛胎盤，來到祭壇，打敗守壇小鬼，得到“避血丹”，交予大祭師。大祭師以避血丹配合蒜頭及黑狗血，將雲若水體內蟲毒除去。
他便是冷孤傲，亦是*相胡惟庸壹黨，為虎作倀，癡望替胡打下江山，作壹代開國功臣，可笑壹枕黃梁未醒，便夢斷天龍劍下。
除此大患，劉伯溫思量：“胡丞相在外誅殺吾等，恐對皇上不利，且太子星墜，宜速回宮”。遂領眾人急回朝歌，參見聖上，知太子病故，太醫被殺。正欲道出“獵龍計劃”陰謀之詳情，朱元璋笑曰：“朕早已洞察壹切，此計劃正是朕所督導。朕已在胡惟庸府內安插眼線，此計劃實施之日便是亂黨喪命之時”，聞此言劉伯溫才放下心來，遂又向皇上引薦古震等人。
幾位俠士叩見皇上。朱無璋發現雲若水頗像當初戰亂時失散的妻子，又見她拿出其母所留玉佩，方知雲若水竟是自己失散多年的女兒，此刻父女終於團圓。
隔日，皇上封雲若水為紅雲公主，並收毛仙柔為義女，封紫雲公主，封古震禦前四品帶刀侍衛，封毛仙柔父親為龍潭縣知府。
劉伯溫經壹路細察，早已洞悉郎情女意，遂奏請皇上恩準，賜古震為駙馬，與紅雲公主、紫雲公主擇日完婚，皇上欣然應允。
劉伯溫見天下已定，宇內祥和，意欲功成身退。朱元璋見其去意甚堅，不便強留，遂準予劉伯溫次年告老還鄉。