1、作家不同。電視動畫片《櫻花忍法帖》由SevenArcsPictures制作，改編自山田正紀創作的小說作品《櫻花忍法帖Basilisk新章》，導演西村純二；而《甲賀忍法帖》是壹本於1958年12月至隔年11月之間連載於光文社的“面白俱樂部”雜誌上的小說，2003年，漫畫家瀨川雅樹將此部小說改編成漫畫作品，是山田著名的忍法帖系列（伊賀忍法帖、柳生忍法帖等）中的第壹部，作者是日本作家山田風太郎。
2、播出時間不同。電視動畫片《櫻花忍法帖》於2018年1月8日至6月18日播出，全24集；甲賀忍法帖，由日本動畫公司GONZO制作的電視動畫，***24集，於2005年4月開始播出。