被佩恩殺死的。
佩恩入侵木葉，經過壹番大戰，修羅道向丁次發射了跟蹤導彈，此時卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他用最後的體力和查克拉發動了神威將導彈轉移到異空間，保護丁次。因為卡卡西說：這是為了拯救木葉的最好方法——將自己好不容易得來的情報交給能離開的人。
虛耗過度的卡卡西死前想起了琳、帶土、四代目火影以及他父親……綱手通過通靈獸感知到卡卡西死訊後，憤怒的破壞壹根柱子，鳴人回到木葉後，因變成仙人模式可以感覺到大家的查克拉，但沒有感覺到卡卡西的查克拉...
擴展資料：
TV動畫第379話（佩恩vs卡卡西）
劇情簡介：卡卡西為保護伊魯卡被迫和佩因開戰，在輪回眼面前，卡卡西的寫輪眼完全無法發揮作用。卡卡西發現無論是忍術攻擊還是物理攻擊都會被眼前的佩因彈開，就在這個時候，另壹個佩因從天而降，以壹人之力對抗兩個佩因，卡卡西陷入了困境，幸好丁次和他父親的及時支援，才使得卡卡西有喘息的機會；
然而這場戰鬥卻以卡卡西和丁座的犧牲而告終。到最後，鳴人成功感化佩恩的本體——長門，長門運用外道·輪回天生之術使全木葉村所有人復活，卡卡西也在精神世界中後醒來...