歷經艱難以後和湯島老人會合並見到了墨丘利獸，墨丘利獸指責人類沒有遵守約定，嚴重幹擾了數碼世界的秩序，對數碼獸實施殘酷的殺戮，然而湯島卻壹再強調人類什麽事情都沒有做。最後談判破裂，湯島壹面努力制造混亂局面，壹面把大壹行人送回了人類世界，自己卻留在了數碼世界。回到人類世界的大家決定去見見郁人的父母。 在見到郁人的父母後，郁人拒絕承認自己人類的身份，在大的開導下，他才準備融入這個家庭，並希望回到數碼世界，跟墨丘利獸告別。然而等待他們的，卻是墨丘利獸的死亡，而殺死它的，就是曾經和大的父親，郁人的父母以及湯島、薩摩壹同前往過數碼世界的倉田。
第六部
●普通篇（主要環繞各隊伍彼此爭奪Zone） 第壹期
第01話至第30話 壹天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，而成為了指揮官，與朋友們壹起來到了數碼世界中，在那裏認識了眾多的數碼獸同伴。然而他們將要擔負起拯救數碼世界的重任。為了防止企圖稱霸數碼世界的巴古拉軍而努力的收集著各個領域的水晶，令他們意想不到的是在數碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數碼世界中活躍著… ●邪惡的死亡指揮官與七個王國 第二期
第31話至第54話 經過了第30話中的東京大決戰後，數碼世界已經落入了巴古拉軍手中。為了讓數碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數碼世界。但是，數碼世界已經相比之前的旅程過了幾個月，數碼世界亦變成了巴古拉軍支配下的地獄世界。數碼世界被巴古拉軍分裂為七個國家（Land），並由七名可怕的巴古拉軍將軍所統治，而這七名巴古拉軍將軍就是本新篇章的主要敵人。此外，本篇章亦出現全新力量「超進化」。 ●穿越時空的少年獵人們 第三期
第55話至第79話 與巴古拉獸的最終決戰已經過去了壹年，工藤大器升上了中學二年級。不知從何時起陪伴在身邊的好友明裏和善二郎等人已經不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以籃球隊的名義繼續存在著，隊伍中有壹名尊敬著大器學長的成員—明石激。壹天，明石激被卷入了街上所發生的異變之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒險之旅即將展開新的篇章！