《懸崖上的金魚公主》主要講述了和母親生活在懸崖上的5歲小男孩宗介和壹只擁有海女兒魔法血統的金魚之間的故事。
首先，影片中各類的生物都是作者按照想象進行創作，而金魚更像是壹個人面玩偶，人的頭，沒有手腳玩偶似的的身體。
影片從波妞出逃開始，隨著波妞出逃的路線，鏡頭從波妞父親——邪惡魔法師藤本的潛艇漸漸轉移到了宗介所住的懸崖下的海邊。在這壹開場的轉移中，背景從流光溢彩的深海世界慢慢變成了骯臟、雜亂的人類社會的海底垃圾場，兩個場景形成了強烈的對比。
但是在色彩斑斕，生靈豐富的深海中，作者卻用陰冷的色調鋪滿邪惡魔法師潛艇的外表，上面附著灰色的貝殼，各類蟲子，和壹些灰暗的生物。而在表現懸崖上宗介的家時，卻用明亮的紅色、綠色、藍色、白色，並以淡藍色的天空為背景。這壹色彩上的安排淺顯得讓觀眾對片中角色的立場有了直觀的看法。
雖然影片表面層面上這壹片段表現的是忠貞不變的愛情，但是將兩個5歲小孩子相互之間的信任與好感提升到愛情的高度確實不太好接受。或許是作者希望通過小孩子最純真的感情來表達壹種類似於柏拉圖式的戀愛精神。而我更願意理解為作品中的宗介代表人類認識自然正確的價值觀，波妞代表了自然的影響在人類社會的壹種表現形式。表現人與自然的和諧才是作者這壹片段的真實目的。
影片另壹方面也如以前的作品壹樣，表達了壹種家庭的溫馨和人性美好的壹面。宮崎駿的作品多以感情真摯，內容充實見長。宗介的父親耕壹因為任職“小金井丸號”的船長而無法經常回家與家人團聚，通過船駛過家所在的懸崖時，用燈語和家人交流。
從宗介母親理繪和宗介的對話中時刻都能體現出對耕壹的關心和牽掛，這種家庭的溫馨並沒有因為語氣而變化，即使是理繪對耕壹生氣時，用燈語打出的“笨蛋”也是壹種無法斬斷的情感。
影片中人性美好的壹面被作者表現得極為出色，出現了很多溫情場景，充分表現了人性的樂觀、善良、包容、理解、互助、團結、友愛等。