熱振活佛向當時的國民黨中央政府呈報了辭去攝政王的請求，經國民黨中央批準，於藏歷金龍年（壹九四○年）十二月正式下野。金蛇年（壹九四壹年）正月壹日，達劄.阿旺協饒圖多旦巴傑增正式代理熱振政權。達劄在攝政期間，由於其層級地位太低，受到了各方面的鄙視和不滿。他為了提高身價，於壹九四六年六月的“國民大會”上，破例自行掛上了“傑布呼圖克圖”的頭銜，自封攝政王。
原約三年期限已到，達劄應“奉還政權”，但因達劄代理攝政後，就被親英分子利用和支配，遲遲不交政權，因此熱振和達劄之間的矛盾日益激化。熱振活佛曾給國民黨政府寫信要求給予軍火、財物等方面的援助，國民政府指示駐拉薩辦事處，暗地裏支援熱振組織力量，奪回攝政之職。當時西藏社會上要求熱振活佛再次出任攝政的呼聲甚高，引起了以達劄為首的親英勢力的恐懼，於是他們精心策劃了壹個“炸彈事件”，給熱振活佛加上莫須有的罪名，將他逮捕。熱振活佛被捕的消息傳到色拉寺後，引起該寺僧人的憤怒，於第二天占領了色拉寺烏考山頭和山腰，對準紮溪兵營開火。於是噶廈調動了三千名地方兵與色拉寺六、七百武裝僧人交戰，對峙數日，色拉寺僧人終因彈盡及受炮擊，色拉寺被攻陷。
當時國民黨蒙藏委員會得知熱振活佛被捕，拉薩騷亂後，致電西藏地方政府：“色拉寺為佛教聖地，不容摧毀，立即和平解決，並將詳情具報”。後西藏地方政府電覆中央政府：“因前任攝政熱振，企圖謀害現任攝政達劄呼圖克圖，故將熱振及關系重要的數人拘禁，色拉寺無知僧眾，附和熱振反對政府，經西藏僧侶民眾大會壹致同意，嚴加懲處。並無摧毀寺廟之事。所有中央在藏官員及旅藏漢商均當切實保護”。這些均為不實之詞。國民政府又致電西藏地方政府：“對熱振活佛，務必保護其安全”。但以達劄為首的親英分子，懼怕愛國力量大規模武裝暴動，加之除掉熱振活佛的心切，於是無視中央勸告，於壹九四七年五月七日，將熱振活佛秘密毒死在布達拉宮霞欽角的索達巴.細巴拉的壹間牢房裏，其他與熱振有聯系的人士亦受株連。
熱振活佛被害的噩耗傳到熱振寺後，引起熱振寺僧眾的悲憤，五百名僧人武裝起來，將駐紮在熱振寺拉章內的二十五名地方兵殺死二十四名，逃走壹名。噶廈調集地方兵壹千余人包圍了熱振寺，激戰七天七夜，終因寺僧和地方兵力量的懸殊，僧人不支，才向地方政府投降。只有以熱振活佛生前的親隨曲本.益西楚臣為首的四人（三名仆人）突圍而出，逃往青海西寧，並向當時的西康省主席劉文輝報告了“熱振事件”的原因和情況，請求援助。但劉文輝受了西藏地方政府的賄賂，對此事無動於衷。熱振曲本.益西楚臣後跟人民解放軍第十八軍進藏。
熱振活佛被害之後，達劄等親英派，為了掩人耳目，在暗害熱振活佛的同時，又在拉薩朗孜夏擺設了壹個所謂“熱振事件展覽”，其中展出的大部分實物、檔案都是偽造的，裏面摻雜了許多不實之詞。
五世熱振活佛雖然被親英分子所殺害，但他親近祖國、維護團結、反對帝國主義以及治理藏政的功德卻載入了史冊，他永遠活在藏族人民心中。