故事簡介：
故事發生在戰國時代。出生於普通忍者家庭的亂太郎，為不負父母的厚望成為精英忍者而進入學忍術學校。 在那裏認識了富商的兒子新兵衛和戰爭中喪失父母的霧丸，並成為好友，組成了“三人組”。忍術學校的目的是培養“忍蛋”（即小忍者）。 在忍術學校裏有教授不同學科，性格各異的老師 ，高年級的天才忍者，女忍者，還有忍犬嘿呣嘿呣，古怪的校長大川平次渦正，非常之熱鬧！ 亂太郎們三人組在上課和考試中常常失敗，並且總是在問為什麽（很多問題常常不知所雲），但他們仍堅持著並立誌成為壹流的出色忍者。忍術學校的校長的變幻無常，總是作出奇奇怪怪的決定，因而發生了許多有趣的故事，亂太郎等也常卷入各種各樣的事件。 小忍者們充滿正義感，面對任何困難都努力解決。《忍者亂太郎》每集各有壹個故事，簡短、輕松、幽默，很有意思的壹部作品。
人物介紹：
豬名寺亂太郎，10歲，籍貫攝津，本名`豬名寺院亂太郎`，三流忍者家庭出身，立誌成為壹流忍者。外表頭發蓬亂，眼睛散光得厲害，總是戴著眼鏡。 特長是快跑，100m10秒跑完。為人天真，精力充沛，有點老好人，是三人組的領導者也是班裏的保健委員。與“三人組”其它兩位鬧過不少笑話。
摂津丸，10歲，籍貫攝津，在戰爭中失去父母，孤獨壹人，靠打工維持生活。為人非常吝嗇， 超級喜歡錢，幾乎所有的精力都放在打工賺錢上，便宜的東西總能吸引他。經典事件洗完澡後把梳子上的頭發收集起來賣，在戰場上賣盒飯，壹人同時打三份工。
福富，10歲，貿易商福富屋家的兒子。喜歡吃和睡覺。矮矮胖胖，頭發硬如鋼絲，有鼻炎，常常掛著鼻涕（有阿冒幫忙擦），常會說些無聊而又搞笑的話，回答老師的提問總能和吃聯系上。
分集劇情：
第1集 進入學院：
來自不同階層家庭的亂太郎、新兵衛、阿丸進入了壹所忍者學院學習忍術，他們很快成了好朋友，在這裏他們認識了女學生阿美、阿香、阿茂。在男女生聯歡會上，由於沒有經驗，他們遭到了女生的戲弄，挨了頓教訓。
第2集 奇怪的忍者：
亂太郎他們遇到壹個迷路的忍者，他丟失了要送的密函。經反復回憶，原來他把密函當廁紙用了。
院長出主意，在土井老師的教導下他們學習忍者的多種課程。吃盡苦頭的亂太郎三人想辦法用點心賄賂院長，結果適得其反。
第3集 消失的新兵衛：
蜘蛛子城和賀之潮城正在開戰。新兵衛在訓練中迷路，與賀之潮城的公子壹同被抓到蜘蛛子城。亂太郎、阿丸、土並老師和山田老師喬裝改扮前往營救。他們遇到不明身份的忍者宇奈仲，雙方壹場大戰之後，發現宇奈仲是山田老師的學生。新兵衛會否得救？
第4集 快樂的黃金周：
在“黃金周”，忍者學院的學員都可以回家休息。山田老師開始給他們送作業的旅行。亂太郎為逃避作業，說有家務要做；阿丸拉著土井老師在打零工掙錢。山田老師的作業單是送不出去了。他們來到新兵衛家，發現新兵衛被其父懷疑是賊……
第5集 劍術名家花房木之介：
忍術學院遇到“浩劫”——劍術名家花房木之介前往挑戰。大家推劍術高手戶部老師前往迎戰，結果令人啼笑皆非。
忍術學院最了不起的是誰？是女強人食堂大娘，還是院長或老師們？告訴妳，最了不起的是院長的那只狗黑木黑木，它的塑像矗立在學院最顯眼的地方。
第6集 潛入九之壹教室：
新兵衛、亂太郎、阿丸玩球。不小心球飛到隔壁女學員的花園，砸破了山田老師喜歡的盆景。新兵衛取球時被擒。眾男學員用“鬼怪術”潛入九之壹教室，欲營救新兵衛和皮球。球取回了，可新兵衛又失蹤了……
第7集 超壹流忍者龍王丸：
龍王丸是院長的同學,據說才貌雙全,是當年的白馬王子,亂太郎、阿丸、新兵衛三人代院長給他送信,見到的龍王丸奇醜無比,令他們十分失望.龍王丸讓他們幫著生擒盜賊，他們同盜賊戰鬥，小試身手，龍王丸原來真的很英俊，他的變身術十分高明。
第8集 比武大賽：
忍術學院舉行了比武大賽，勝者可免交壹年學費。亂太郎、阿丸、新兵衛三人歷盡周折，終於幫最需要錢的阿丸取得了冠軍，他們的友誼也散發出光輝。
第9集 秘使新九郎：
榆樹城和松蘑城交戰了。亂太郎三人代受傷的秘使新九郎前往松蘑城送壹封議和信。壹路上他們被人設計阻擋，而他們克服了重重困難，終於將信送到。
第10集 不會遊泳的海盜：
壹個暈船兼不會遊泳的海盜只好改行當山賊。亂太郎他們教會了他遊泳並送他回海上。結果，他又回到山裏，為什麽？原來……
第11集 巧遇不速之客：
壹個職業殺手不識地圖，錯把忍術學院當成竹筍城，將山田老師當成了同名的謀殺對象。
男女生編成小隊混合操練，他們的任務是上廚房偷食堂大娘的菜單。壹番辛苦後，菜單是偷到了，他們卻不得不吃爛菜和魚刺。
第12集 蘑菇山歷險記：
亂太郎三人迷路了。在蘑菇山，他們遇到了山賊洪田。洪田因為長相兇惡，不得不改行當了山賊。亂太郎他們幫他剪發修面改變了形象，重新開起了茶館。
花房術之介再次挑戰戶部老師。大吹大擂的他原來不堪壹擊，亂太郎出手就將他擊敗了。
第13集 爸爸的仇人：
壹位老奶奶念念不忘尋找六十年前的殺父仇人。亂太郎為幫她，去調查亂氣流道場她的仇人仲口水塘，卻發現是壹場誤會。老奶奶為此虛度了六十年的時光。
院長出主意，眾人要度暑假必須解壹道難題。亂太郎他們在解題中又學到了不少忍者的知識。
第14集 院長的字畫：
院長辦公室的字畫接連被毀壞。亂太郎他們所在的壹年三班負起破案的任務。作案者原來是院長自己。
阿美的父母聽到了“神的禦告”，“神”讓他們將阿美嫁給壹個路過的和尚。壹番調查之後，在家發現是院長的朋友，會“變身”的龍王丸搗的鬼，亂太郎他們找來了龍王丸的太太……
第15集 舞竹城主：
在這壹集裏，亂太郎、山田老師等人幫舞竹城主用計謀奪回了被侵占的舞竹城。
第16集 第三協榮丸的船：
不會遊泳的海盜又回來了，這壹次他丟失了他新造的船。亂太郎壹行找到了偷船賊棉田八方齋的老巢，設計炸毀了他從船上偷的石火炮，奪回了協榮丸的船。
第17集 新兵衛的煩惱：
新兵衛和阿丸為了小事鬧上了小矛盾。新兵衛尋找“好朋友護身符”，想恢復和阿丸的友誼。山本老師用“變身術”化身為壹個老奶奶，給新兵衛以啟迪。他們三人的友誼更加牢固。
秋天是考試的季節，亂太郎、阿丸、新兵衛想盡辦法考試作弊，土井老師卻將考場挪到室外。
第18集 大家的煩惱：
亂太郎壹行去三館城尋找過衛門被奪走的家傳寶刀“極樂丸”。他們用“調虎離山”計潛入城中，找到了那把寶刀。卻看到三把怪刀引發的壹串怪事。
第19集 珍貴的茶碗：
武士新出茂橋郎垂涎老奶奶家用做狗食缽的珍貴茶碗，為得到它，他派忍者放火燒了老奶奶的房子。大家去茂橋郎家奪回寶碗，教訓了茂橋郎。茶碗也不慎跌碎……
第20集 骨肉相逢：
忍者齊王丸到學校重新學習基本功，和失散多年的姐姐食堂大娘骨肉重逢。為了成全他們姐弟，山田老師決定辭職。
亂太郎他們和三個女生分別去找壹千年才長壹次的神奇蘑菇，被守護蘑菇的“鬼怪”抓住，要把他們煮了吃。
第21集 引蛇出洞：
亂太郎、阿丸、新兵衛在新學期開始以前要為上學期不及格的科目補考。山田老師教他們“引蛇出洞”術去偷土井老師的考試題。
壹年三班來了壹個新同學喜三太郎。大家以為他是富家子弟，對他大獻殷勤。
第22集 接受新任務：
亂太郎三人和二年壹班的高才生天才丸和救才丸比武，這壹場比武還憋著雙方老師的較量。亂太郎、阿丸、新兵衛開始表現不錯，最後壹招時，卻前功盡棄。
第23集 毒蛇和蠍子：
三年班的同學義賀齊丟失了他的寵物淳壹和純子。大家分頭尋找這兩個毒蛇和蠍子。喜三太郎和新兵衛不認識這兩只毒蟲，無意中把它們油炸和清蒸，義賀齊悲痛欲絕。
亂太郎三人對學業缺乏自信，破罐破摔，土井老師和院長設計要幫助他們恢復自信。
第24集 寶壇：
葡萄牙人卡斯特羅丟失了他的寶壇，亂太郎他們抓住小偷八方田貪心又迷信的特征，裝神弄鬼，逼得他將寶壇交還給卡斯特羅。
第25集 院長的小豆湯：
院長得了重感冒，暗暗希望學生們去看望他。可是眾人的表現氣得院長卷包袱要離開。大家極力挽留，亂太郎三人更是刻苦訓練，終於院長留下了。而亂太郎三人卻感冒了，並喝掉了食堂大娘給院長熬的小豆湯。
第26集 危險的行軍：
月黑風高，山田老師和土井老師帶學生們深夜行軍到壹所廢寺。他們智擒了寺裏的山賊兄弟，並挖到壹批寶物……