《女醫明妃傳》最後祁玉吐血而亡，朱祁鎮被孫太後逼著登上了皇位，譚允賢扮成小太監逃出了皇宮，最後壹點點的寫成了《女醫雜言》，而諾幹年後朱祁鎮也放棄了皇位，前去尋找譚允賢的下落。所以說，最後譚允賢也算是與朱祁鎮在壹起了。
朱祁鎮用盡三年的時間，將譚允賢壹起逃回了大明，而朱祁鎮的弟弟祁玉已經登上了皇位。這麽幾年的時間裏面，讓祁玉認識到了權力的強大，而且對於譚允賢在自己哥哥身邊這麽多年，祁玉可以說是懷恨在心，已經再也不是當年譚允賢愛著的那個人了。不過，譚允賢還是選擇了與祁玉在壹起，更是懷上了祁玉的孩子，這說明其實在譚允賢心中祁玉還是有壹定的位置，而祁玉更是因為譚允賢廢除了當時的皇後，最後兩個人陰陽相隔只能說是造化弄人了，自然裏面也是有壹定的外界因素。
吳太後對於譚允賢的各種挑刺，可以說是氣到了祁玉，更是最後吐血而亡，而譚允賢被吳太後推了壹把，懷的孩子也是流掉了。這麽多年的陪伴，譚允賢不可能對於朱祁鎮壹點感覺沒有，但是對於祁玉她還有她的責任。朱祁鎮被孫太後逼著登基，這裏面也有想要救下譚允賢的原因，因為孫太後想要讓譚允賢為祁玉陪葬，而在朱祁鎮登基後，就直接下旨廢除了陪葬的制度，也讓孫太後無計可施。而也正是因為祁玉和未出世孩子的死，譚允賢不能夠面對當時的朱祁鎮，最後選擇了離開皇宮。
在離開皇宮以後，譚允賢壹直潛心研究醫術，壹邊在給人看病壹邊寫下了醫書《女醫雜言》，漸漸的在百姓中傳開。朱祁鎮見到這本書以後，便將皇位傳給了朱見深，而且還大力的提高了女大夫在當時的地位，而自己去了民間開始尋找譚允賢的下落。在最後的最後，朱祁鎮來到了譚允賢的棲身之所，也是見到了自己日思夜想的人，而譚允賢手腕上帶的是朱祁鎮送她的手鐲。其實在這小小的細節裏面也可以看出，在譚允賢的心裏面也是有著朱祁鎮的地位的。
即使在後面沒有說明兩個人接下來的生活，但是心裏面還有著彼此的兩個人，再沒有了外界這麽多的幹擾因素以後，也算是可以相守在壹起了。?
《女醫明妃傳》是根據真實故事改編的，不論是當時的朝堂形勢變化，還是細小的家庭瑣事，譚允賢的身影都有出現過，而且不論是自己經歷過什麽，她想要懸壺濟世的想法壹直沒有改變過，即使在當時的時代裏面，女人想要行醫是壹件非常困難的事情，但是最後她還是做到自己想要做的事情，更甚至是成為了壹代名醫，可以說是為當時的女性爭取了不少的益處，更是激勵了我們現代女性的人權意識。