公元199X年，世界遭到核武戰爭的全面洗禮後，山崩地裂，海水枯竭，人類文明大多毀於壹旦。不過，人類並沒有因此而滅亡，少數人仍然幸存了下來，活在這個淪為暴力統治的世界裏。
在烈日照耀下的荒漠中，壹名男子拖著疲憊的步伐前進，當他走到壹個村莊的時候，由於缺水及疲憊而倒了下去，被村人給關進牢房中。在牢中結識了原為小偷，現在也被關在同壹間牢房的男孩——巴托，以及看守的小女孩－琳兒。在村中長老的屋中，村人為了確定他到底是不是暴力組織Z的成員，脫下了他的上衣檢查是否有刺青，但是當長老壹見到他胸前呈北鬥七星形狀的傷痕時，大吃壹驚地認為這是不祥的預兆，而將他繼續關在牢中。沒多久，Z黨來襲擊這個村子，村中的自衛隊被屠殺殆盡，琳兒更是被對方的首領抓為人質，以逼迫村民就範。危急之際，破牢而出的健次郎施展北鬥神拳幹掉了Z黨的老大，平安地救出了琳兒，保住了這個村子。之後，健次郎離開了村子，繼續他的旅程，巴托因為崇拜健而跟著他走，長老則安慰流淚送別的琳兒：“北鬥出現的地方必有亂事，他是為了琳兒而離開的，因為這裏是琳兒的村子啊。”
旅途中健四郎收拾了暴力組織「King」中的黑桃和方塊，在King的本部南十字星城中，健次郎解決了嗜殺的梅花，更在King的首領——南鬥聖拳的希恩面前用絕招北鬥柔破斬痛宰了如肥豬壹般的紅心。在和希恩的對話中，說明了兩人為何由好友變為仇人，最後希恩在死前說出健次郎的未婚妻——尤莉婭已死的消息，使得這場因愛而生的決鬥畫下了休止符。
健和巴托停留在壹間頗具規模的交換站，巴托偶然看見琳兒被關在由以前特種部隊所組成的“神國”的卡車中，在救出琳兒後，健次郎順道去毀掉“神國”這個組織。善後工作完成後，他們來到了巴托的故鄉，幫助巴托的義母朵洋婆婆挖好水井。就在健次郎離開後，飛車黨頭目傑卡魯來犯，朵洋婆婆為了保護孩子而死，健次郎大怒，誓殺傑卡魯報仇！
經過壹連串的獵殺，被逼到走投無路的傑卡魯決定到雷比尼監獄放出號稱“不死惡魔”的重刑犯來對付健四郎，雖然對方為惡魔的化身，但是仍不敵健次郎的北鬥七死星點，和傑卡魯壹同到陰間報到。
為了使朵洋婆婆所收養的孩子有人收留，健次郎受某村落之托消滅來犯的“牙壹族”，為此認識了南鬥六聖星之壹的“南鬥水鳥拳”繼承人雷伊，以及酷似尤莉婭的瑪米婭。由於瑪米婭的弟弟被牙壹族所殺，為了瑪米婭的淚水，兩人聯手消滅了牙壹族的先鋒部隊。牙壹族的首領牙大王為了報復，利用雷伊失散的妹妹艾麗作人質，逼使健次郎和雷伊相鬥，不過兩人以聖極輪秘技詐死來瞞過牙壹族的首領，成功地救出了人質。
由艾麗的口中得知，有人以“胸前有七個傷痕的男人”為名，四處殘害無辜的民眾，破壞北鬥神拳的名聲，健次郎為了善盡北鬥神拳繼承人的職責，啟程討伐他那心術不正的三師兄——賈基。
從賈基的口中得知，當初希恩之所以會自他身邊奪走尤莉婭，完全是受到他的煽動蠱惑，健次郎頓時怒不可遏，將他的肉體從地球上抹殺了。賈基在臨死之際，告知健次郎他有兩個師兄還活著，健次郎震驚，心想：“我壹定要去見他們，特別是托奇，我非見到他不可。”
在壹間酒館中聽到有關“托奇突然變成殺人鬼”的傳聞，健次郎抱著疑問前往求證，在親眼目睹托奇的人體實驗後，健次郎悲憤地決定打倒托奇，但是面對自己壹向敬愛的二哥，健次郎卻下不了殺手，反而被點中穴道而動彈不得。危急之際，雷伊趕來揭穿了此“托奇”的真面目，原來他是南鬥門下壹派的阿米巴，受到世紀末霸主“拳王”的命令，假冒托奇之名研究人體身上的經脈穴道，面對這個破壞二哥及北鬥神拳名譽的阿米巴，健次郎不客氣地送他到地獄去懺悔，不過對於托奇的下落更是耿耿於懷。
經過瑪米婭的探訪，查出托奇被關在卡桑德拉監獄，於是健次郎和雷伊、瑪米婭壹同往卡山徳拉監獄出發。打敗了守衛大門的二神風雷拳傳人——風牙、雷牙兄弟並令他們心悅誠服，健次郎對上了兇殘的典獄長威格爾，壹番戰鬥之後，典獄長被送進了壹旁新挖的墓穴。此時拳王親衛隊出現欲將托奇移至別處，風牙與雷牙為守住通往托奇牢房的通道，撐住落下的巨石時被親衛隊暗算不幸犧牲，健次郎誓為他們復仇。拳王親衛隊眼看已來不及帶走托奇，決定殺掉他，但是他們根本不了解托奇，反而死在托奇的手下。兄弟相會，簡短的問候取代了千言萬語，卻在此時，騎著巨馬的拳王身影出現在琳兒他們所在的村子附近。
先趕回的雷伊在村外遇見負傷出來求援的巴托，回到了村中，又看見被打傷的琳兒，憤怒之火使得他當場令壹些拳王的部下變成碎塊，但是面對拳王壓倒性的神力，雷伊就算是用盡全力也無法傷他，反被點中“新血愁”穴道，使其生命僅剩下三天。健次郎趕到，欲和自稱拳王的北鬥長兄拉奧決鬥，不過卻被托奇阻止；托奇點了健四郎的穴道，要健次郎仔細看著他和拉奧的戰鬥，以從中領悟「柔拳」的精髓，因為「剛拳」對「剛拳」的戰鬥往往會導致玉石俱焚。托奇雖舍命壹戰，但久病的身體卻支持不住，眼看托奇就要死在拉奧的手裏，瑪米婭打算箭射拉奧，雷伊阻止道：“北鬥神拳二指真空把的絕技會使箭射回自己！”瑪米婭無奈道：“可是只剩我能出手了！”毅然扣下十字弓的板機。拉奧不顧雷伊的求情，接箭後射回瑪米婭，此時健次郎終於奮力沖破被托奇所點的穴道，擋住了這壹箭，和拉奧展開了壹場血淋淋的肉搏戰。
激戰過後，雙方都被對方的拳術給制住了，托奇分開了兩人，說道：“妳們自己應該很清楚自己已經不能再打鬥了。”拉奧的部下早已逃得壹個不剩，只能孤獨地騎著座騎“黑王”離去。
雷伊為了瑪米婭的安全，決定打倒南鬥六聖拳中，使用紅鶴拳的“妖星”——尤達。為了擊敗尤達，雷伊請求托奇幫他延長生命，被道奇點中「心靈臺」穴道的雷伊，因劇烈的痛苦而使得頭發全部轉白，不過他終於再現華麗的水鳥拳，令妖星消逝。之後雷伊與眾人道別，將自己關在壹間小屋中，靜待「義星」隕落。
拉奧因之前的激戰而靜養，此時以「聖帝」為名，南鬥六聖拳中的“極星”——薩奧沙逐漸顯露其野心，捕捉大量的孩童為奴仆，修建“聖帝十字陵”。健次郎在途中遇見了壹個使用南鬥白鷺拳的盲人拳法家，南鬥的“仁星”——修武，健次郎頓時想起修武是為救他壹命才自毀只眼，為了報恩他決定助修武壹臂之力，沒想到初戰聖帝便因為聖帝的身體之謎而戰敗被俘，修武之子希巴為救健四郎而犧牲，健次郎淚誓討回這筆血債，可惜傷重不支地昏倒在荒野中，此時拉奧突然出現，將健次郎帶回托奇所在的村子。
蘇醒後的健次郎無言安慰修武，但修武叫健次郎不必內疚，並說這也是仁星的宿命，自己以這個孩子為傲。
聖帝的先遣部隊終於發現了修武的基地，修武以健次郎重傷未愈，在飲食中下藥，要琳兒和巴托帶著健次郎由下水道離開，而自己則親戰聖帝，但在聖帝以眾多人質的性命要脅下，修武戰敗。此時昏迷中的健次郎突然聽見了修武靈魂的呼喊，起身向修武他們所在之處前進。
面對眾多聖帝部下的阻撓，拉奧和托奇突然出現，替健次郎開出壹條通路。
在十字陵前，薩奧沙命修武背負十字陵的最後壹塊石頭，登上十字陵的頂端。健次郎趕到陵頂時，薩奧沙壹槍射死了修武，悲憤交集的健次郎在十字陵再戰薩奧沙，由於解開了聖帝的身體之謎，因此面對淩厲的南鬥鳳凰拳，健次郎亦使出北鬥神拳的絕招應戰。擊敗聖帝之後，十字陵也跟著崩潰，拉奧在臨走前言道：“下次見面就是決戰之時。”
托奇決定和拉奧生死壹戰，在只親的墓前，親兄弟各展所長，剛拳和柔拳互不相讓，由於托奇已病入膏肓，面對拉奧的剛拳漸感力不從心，危急之際，托奇突然使出剛拳，將拉奧打得口吐鮮血，但拉奧知其是自點致命的「剎活孔」穴道才得到如此的力量，因此揮淚打倒托奇，不過兄弟之情使拉奧並沒有殺了托奇，拉奧說道：“對拳王造成威脅的托奇已經死了，如今只有和病魔奮戰的托奇。”兄弟死鬥到此畫下了句點。
拳界中的孤高之星——“天狼星”出現，他就是使用泰山天狼拳的拳士，同時也是尤莉婭的親哥哥龍牙，為了拳王的霸業而四處殺戮，甚至連托奇的村子也難逃毒手。為救托奇而前往龍牙城堡的健次郎，因龍牙詐稱托奇已死在其手而發怒，就在健次郎要給予他致命壹擊的時候，托奇突然出現，告知健次郎龍牙之所以如此做的真正目的，乃是為了使健次郎的拳法能夠完全地發揮，而且龍牙在瘋狂殺戮之前，就已經自我了斷了。在勉勵健次郎打倒拉奧後，托奇便抱著龍牙的身軀離開了人世。
南鬥六星已隕落了五顆，僅剩下南鬥最後的將星，而護衛將星的“南鬥五車星”們也在此時紛紛展開了行動。五車星中的“風”——希爾最先死於拉奧之手，其兄「炎」——修靈雖自焚欲和拉奧同歸於盡，可惜仍失敗。「山」——福多前往迎接健次郎，在知悉「炎」的死訊之後，命部下去找「雲」——舒殺來阻擋拳王的進攻，同時亦告知健次郎南鬥最後之將就是“慈母之星”——尤莉婭，當初希恩之所以願意背負殺害尤莉婭的罪名，完全是為了不使尤莉婭落入拉奧的手裏。
雲之舒殺終於出動，使計奪走了拉奧的坐騎－黑王，阻止了拉奧軍隊的進擊，但是在後來的決鬥中，修無常雖以絕招重傷拉奧，卻仍死於拉奧之手。
拉奧和健次郎同時抵達將星所在的城堡，拉奧直奔塔頂，而健次郎則被帶到地下的壹間房間等候由塔頂下來的尤莉婭。拉奧在塔頂遇上了五車星中的“海”——裏白，雖然裏白布下許多機關，但對拉奧完全起不了作用，就在裏白要被拉奧殺死的時候，健次郎趕到，和拉奧展開了決戰。
拉奧施展自創的驚人絕招，欲取健次郎的性命，緊要之際，健次郎突然使出北鬥神拳的最高境界——“無想轉生”重挫拉奧，拉奧心知不敵，閉目待死，誰知誤觸機關，整個人隨著樓頂掉落下去，竟掉到尤莉婭所在的房間，拉奧便趁此機會帶走尤莉婭，健次郎隨即決定追擊拉奧。
拉奧為克服內心的恐懼，前往福多所在的村子向其挑戰，福多不敵被殺，但拉奧心中對於“悲傷”的恐懼仍未消失。為領會“無想轉生”的奧義，拉奧決定殺掉尤莉婭。
拉奧在“北鬥練氣鬥座”約戰健次郎，琳兒和巴托被健次郎帶去見證這壹場決鬥，而拉奧亦將尤莉婭帶至決鬥的地點，在將尤莉婭托給琳兒和巴托代為照顧之後，拉奧和健次郎這壹場宿命的對決便開始了。這兩個拳法均達最高境界的高手相鬥，宛如赤子之爭，經過壹番驚天地泣鬼神的激戰之後，健次郎的拳頭擊碎了拉奧的霸業，拉奧說明尤莉婭雖然罹患絕癥，但之前自己將壹部分鬥氣輸入了尤莉婭體內還可以讓她再活幾年，要健次郎好好地陪伴她渡過剩下的日子；他只是點了尤莉婭的穴道，來減輕病情。語畢，拉奧便揮拳自盡，這壹場壯烈的決戰，也總算打上了休止符。
將拉奧葬在托奇的墓旁之後，健次郎便和尤莉婭騎著黑王馬離開，而琳兒和巴托雖然不舍，但是也只能流淚目送他們，伴隨著荒野的風，漸行漸遠……