該劇曲折復雜的故事構架、豐滿生動的人物形象，頗具懸念的情節安排，使其成為難得的壹部反映刑警生活的佳作。(新浪娛樂評 ）
不同於其他涉案劇的結構，該劇幾乎沒有大場面的槍戰、追車等動作戲，也很少有犯罪過程的描述，而是利用年輕警官周馬根據連環殺人案中的壹個個細節來加以分析，用犯罪心理學來進行推理，大段的對白表面上節奏緩慢，實際上卻嚴謹完整，絲絲入扣，直至劇終才揭示出真兇和犯罪動機。這種故事結構的設置巧妙嚴謹。（演藝經紀人周嗣偉評 ）
劇中運用了大量的現代高科技偵破手段，比如現代解剖學、藥理學、犯罪心理學等。該劇在偵破手段方面的描寫是對傳統偵破劇破案手段的壹種顛覆，即以“推理→尋找推理證據→理清線索→攻破罪犯心理→找到犯罪證據’的線索代替了”犯罪證據→找到犯罪’的手段，讓人耳目壹新。（高級經濟師張昕評 ）
《沈默的證人》故事推進緩慢，如果不是從壹開始觀看，很難明白整個故事。線索單調，實際上故事進行到了壹半，因為出場人物太少，觀眾就已經猜到了罪犯是誰，在懸念設置上也過於簡單。（高級經濟師張昕評 ）